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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rib
タイトルCrystal structure of the trimeric neck and carbohydrate recognition domain of human surfactant protein D in complex with L-glycero-D-manno-heptose
要素Pulmonary surfactant-associated protein D
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / SURFACTANT PROTEIN / CARBOHYDRATE RECOGNITION / DOMAIN TRIMERIC
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / clathrin-coated endocytic vesicle / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Regulation of TLR by endogenous ligand / Surfactant metabolism / collagen trimer / surfactant homeostasis ...Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / clathrin-coated endocytic vesicle / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Regulation of TLR by endogenous ligand / Surfactant metabolism / collagen trimer / surfactant homeostasis / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of interleukin-2 production / lung alveolus development / macrophage chemotaxis / endocytic vesicle / positive regulation of phagocytosis / negative regulation of T cell proliferation / multivesicular body / receptor-mediated endocytosis / regulation of cytokine production / reactive oxygen species metabolic process / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / carbohydrate binding / lysosome / defense response to bacterium / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Collectin, C-type lectin-like domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A ...Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Lung surfactant protein D coiled-coil trimerisation / Collectin, C-type lectin-like domain / : / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose / Pulmonary surfactant-associated protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wang, H. / Head, J. / Kosma, P. / Sheikh, S. / McDonald, B. / Smith, K. / Cafarella, T. / Seaton, B. / Crouch, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Recognition of heptoses and the inner core of bacterial lipopolysaccharides by surfactant protein d.
著者: Wang, H. / Head, J. / Kosma, P. / Brade, H. / Muller-Loennies, S. / Sheikh, S. / McDonald, B. / Smith, K. / Cafarella, T. / Seaton, B. / Crouch, E.
履歴
登録2007年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pulmonary surfactant-associated protein D
B: Pulmonary surfactant-associated protein D
C: Pulmonary surfactant-associated protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,80815
ポリマ－51,8173
非ポリマー99112
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.200, 107.441, 55.506
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Pulmonary surfactant-associated protein D / SP-D / PSP-D / Lung surfactant protein D


分子量: 17272.209 Da / 分子数: 3 / 断片: neck and carbohydrate recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFTPD, PSPD, SFTP4 / プラスミド: PET30A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTABLUE / 参照: UniProt: P35247
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-GMH / L-glycero-alpha-D-manno-heptopyranose / L-glycero-alpha-D-manno-heptose / L-glycero-D-manno-heptose / L-glycero-manno-heptose / L-GLYCERO-D-MANNO-HEPTOPYRANOSE / (6S)-6-(ヒドロキシメチル)-α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 210.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O7
識別子タイププログラム
LDmanHepSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
L-gro-a-D-manHeppIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.26 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 12% PEG 8000, 150MM NACL, 10MM CACL2, 100MM HEPES , PH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 59219 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.842.50.28334200.88985.3
1.84-1.892.80.23739500.89899.7
1.89-1.942.90.18539870.88999.7
1.94-230.14739740.88599.8
2-2.0630.12140100.85499.7
2.06-2.1330.139530.88199.9
2.13-2.2230.08739840.81699.7
2.22-2.3230.07740140.81999.7
2.32-2.443.10.06839680.88599.8
2.44-2.63.10.05939740.79699.8
2.6-2.83.10.05540150.97199.7
2.8-3.083.10.04740190.95799.6
3.08-3.523.10.04239981.07799.9
3.52-4.443.20.03839700.96699.1
4.44-503.20.03939831.03597.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→50 Å / FOM work R set: 0.889 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 5906 9.9 %
Rwork0.186 --
obs-58210 97.3 %
溶媒の処理Bsol: 46.549 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 27.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.535 Å20 Å22.05 Å2
2--0.463 Å20 Å2
3---2.073 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3459 0 51 460 3970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.13741.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00512
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6272
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8342.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4hep.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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