PDB-4yl5: Structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase from Acine...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yl5

タイトル

Structure of a putative phosphomethylpyrimidine kinase from Acinetobacter baumannii

要素

Putative phosphomethylpyrimidine kinase

キーワード

TRANSFERASE / putative phosphomethylpyrimidine kinase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylpyrimidine kinase / phosphomethylpyrimidine kinase activity / hydroxymethylpyrimidine kinase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii IS-123 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Characterization of an Acinetobacter baumannii Monofunctional Phosphomethylpyrimidine Kinase That Is Inhibited by Pyridoxal Phosphate.
著者: De Vitto, H. / Belfon, K.K.J. / Sharma, N. / Toay, S. / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lukacs, C.M. / Choi, R. / Udell, H.S. / Willis, S. / Barrera, G. / Beyer, O. / Li, T.D. / Hicks, K.A. / ...

履歴

登録	2015年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list ...entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yl5.cif.gz	104.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yl5.ent.gz	78.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4yl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4yl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ywrC 4c51S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iib-d 3w6s-1 4gkl-2 4fq7-d 1yrz-1 4f11-d 5z5d-d 5z5f-d 1vi9-1 4dk4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-AcbaC.00867.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative phosphomethylpyrimidine kinase

ヘテロ分子

27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative phosphomethylpyrimidine kinase

ヘテロ分子

A: Putative phosphomethylpyrimidine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.820, 108.100, 88.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-406- HOH
2	1	A-415- HOH

#1: タンパク質	Putative phosphomethylpyrimidine kinase 分子量: 27730.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-255 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii IS-123 (バクテリア) 遺伝子: ACINIS123_0279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J5A2R3, UniProt: A0A0J9X285*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Microlytics MGSC1 screen, c8: 25% PEG 4000, 200mM ammonium citrate, 100mM Na citrate/HCl, pH 5.6; AcbaC.00867.a.B1.PW37632 at 22 mg/ml, tray 261062, puck pma4-8; cryo: 20% EG

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 31564 / Num. obs: 31307 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 21.2 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_rim(I) all: 0.042 / Χ²: 1.006 / Net I/σ(I): 23.94 / Num. measured all: 141847

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74		3.8	0.783	0.409	2.39	6037	2336	2162	0.5	92.6
1.74-1.79			0.877	0.326	3.45	7123	2208	2155	0.386	97.6
1.79-1.84			0.929	0.283	4.65	8732	2199	2198	0.326	100
1.84-1.9			0.967	0.203	6.99	9277	2124	2124	0.23	100
1.9-1.96			0.982	0.169	9.1	10102	2060	2059	0.189	100
1.96-2.03			0.987	0.138	11.11	9901	2002	1999	0.154	99.9
2.03-2.11			0.994	0.099	15.14	9499	1928	1928	0.111	100
2.11-2.19			0.996	0.077	18.78	9137	1852	1852	0.086	100
2.19-2.29			0.997	0.063	22.21	8787	1789	1787	0.071	99.9
2.29-2.4			0.998	0.052	26.18	8448	1704	1704	0.059	100
2.4-2.53			0.998	0.044	30.7	8023	1627	1623	0.05	99.8
2.53-2.69			0.998	0.04	33.81	7595	1546	1545	0.045	99.9
2.69-2.87			0.999	0.034	38.43	7081	1437	1437	0.039	100
2.87-3.1			0.999	0.029	44.03	6758	1380	1380	0.033	100
3.1-3.4			0.999	0.026	50.59	6061	1247	1247	0.03	100
3.4-3.8			0.999	0.023	54.86	5539	1149	1149	0.026	100
3.8-4.39			0.999	0.021	60.59	4848	1009	1008	0.023	99.9
4.39-5.38			1	0.018	62.2	4143	869	868	0.02	99.9
5.38-7.6			1	0.019	58.28	3179	693	693	0.021	100
	7.6		0.999	0.016	59.3	1577	405	389	0.018	96

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.32 Å	46.18 Å
Translation	4.32 Å	46.18 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
BALBES		位相決定
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1965)	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4c51

4c51

解像度: 1.7→29.41 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1767	1647	5.26 %	Random selection
R_work	0.16	29647	-	-
obs	0.1609	31294	99.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.33 Å² / B_iso mean: 28.5359 Å² / B_iso min: 12.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→29.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1634	0	8	187	1829
B_iso mean	-	-	33.29	39.13	-
残基数	-	-	-	-	227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	2349
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	289
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.333	614

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.75	0.2655	143	0.2415	2286	2429	93
1.75-1.8065	0.2612	141	0.2103	2398	2539	98
1.8065-1.8711	0.2143	133	0.1914	2460	2593	100
1.8711-1.946	0.1956	146	0.1705	2442	2588	100
1.946-2.0345	0.2304	152	0.1732	2460	2612	100
2.0345-2.1418	0.1777	151	0.1592	2439	2590	100
2.1418-2.2759	0.1653	133	0.1594	2498	2631	100
2.2759-2.4515	0.1621	124	0.1457	2492	2616	100
2.4515-2.6981	0.1614	130	0.1554	2491	2621	100
2.6981-3.0882	0.1943	124	0.1643	2524	2648	100
3.0882-3.8893	0.165	134	0.1522	2533	2667	100
3.8893-29.4144	0.1497	136	0.1486	2624	2760	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4277	0.2814	0.4003	1.9136	0.3308	2.9153	0.1099	-0.0238	-0.0059	-0.0033	-0.0157	-0.0119	0.0376	0.0206	-0.0775	0.1208	0.0061	-0.0004	0.1132	-0.0001	0.1064	2.1559	31.7813	28.1272
2	2.2972	0.0695	-1.3728	1.1195	0.5815	2.7498	0.044	-0.0812	-0.0627	0.1295	-0.0075	0.0358	0.2406	-0.0355	-0.0253	0.1715	-0.0169	-0.0232	0.1426	0.0221	0.1402	0.7452	29.1926	42.2032
3	3.6826	-2.016	1.2001	7.9536	-3.2607	5.7563	0.1158	-0.4538	0.2788	0.4674	0.1728	0.6173	-0.4347	-0.3677	-0.2558	0.2738	-0.0715	0.0492	0.2379	-0.0489	0.2536	-4.7372	39.8581	51.0933
4	7.3883	-1.7834	-1.4636	9.5378	-0.4095	5.183	0.2076	-0.3743	0.5484	0.4287	-0.1971	0.5637	-0.3779	-0.6329	-0.0376	0.2522	-0.0475	0.0641	0.2017	-0.0654	0.3502	-1.8553	46.0199	47.533
5	2.7737	0.3794	1.1285	1.1972	0.7736	3.9002	-0.0307	-0.1924	0.4488	-0.051	0.0203	0.0238	-0.2475	-0.067	0.0299	0.2102	-0.0428	0.0415	0.1342	-0.059	0.2132	3.8153	48.606	37.5943

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 9:90 )	A	9 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 91:158 )	A	91 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 159:186 )	A	159 - 186
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 187:217 )	A	187 - 217
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 218:245 )	A	218 - 245

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