PDB-4ykp: Mnemiopsis leidyi ML032222a iGluR LBD serine complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ykp

タイトル

Mnemiopsis leidyi ML032222a iGluR LBD serine complex

要素

ML032222a iGluR

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Glutamate Receptor / Ion Channel

機能・相同性

機能・相同性情報

ligand-gated monoatomic ion channel activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mnemiopsis leidyi (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Alberstein, R.G. / Mayer, M.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Glycine activated ion channel subunits encoded by ctenophore glutamate receptor genes.
著者: Alberstein, R. / Grey, R. / Zimmet, A. / Simmons, D.K. / Mayer, M.L.

履歴

登録	2015年3月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月18日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ykp.cif.gz	317.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ykp.ent.gz	264.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ykp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ykp_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ykp_full_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示
XML形式データ	4ykp_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	4ykp_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/4ykp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/4ykp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ykiSC 4ykjC 4ykkC 4zdmC 4ykv PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cmb-d 4yki-d 4ykk-d 5ybg-1 3g3g-d 3ijx-1 4ykj-d 3ijx-2 2xx8-2 4x48-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ML032222a iGluR

B: ML032222a iGluR

ヘテロ分子

58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.862, 123.420, 54.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ML032222a iGluR 分子量: 28961.559 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現詳細: The construct contains residues K409-E526 and T682-S815 of the ML032222a ligand binding domain connected by a synthetic GT linker 由来: (組換発現) Mnemiopsis leidyi (無脊椎動物) / 遺伝子: ML032222a / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: A0A0R4I973*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	The construct contains residues K409-E526 and T682-S815 of the ML032222a ligand binding domain ...The construct contains residues K409-E526 and T682-S815 of the ML032222a ligand binding domain connected by a synthetic GT linker

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Reservoir: 23% PEG 8K, 100 mM Cacodylate, 150 mM MgS04. Protein buffer: 100 mM NaCl, 10 mM HEPES, pH 7.0, 0.5 mM EDTA, 100 mM serine, no added glycine PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→40 Å / Num. obs: 92758 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.46→1.49 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4YKI

4yki

解像度: 1.46→38.976 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 16.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1639	4632	5.05 %	Random
R_work	0.1367	87140	-	-
obs	0.1381	91772	94.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→38.976 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4006	0	25	743	4774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4274
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.256	5776
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.953	1578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	614
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	761

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4578-1.4743	0.2411	128	0.2245	2318	X-RAY DIFFRACTION	75
1.4743-1.4917	0.2483	137	0.2173	2672	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4917-1.5099	0.2276	151	0.2017	2723	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5099-1.529	0.1893	137	0.1863	2764	X-RAY DIFFRACTION	89
1.529-1.5491	0.2229	149	0.1749	2766	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5491-1.5703	0.194	153	0.1722	2756	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5703-1.5928	0.2113	155	0.1691	2776	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5928-1.6166	0.2061	130	0.1615	2815	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6166-1.6418	0.1714	156	0.154	2830	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6418-1.6687	0.1756	151	0.1545	2824	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6687-1.6975	0.1785	160	0.1571	2893	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6975-1.7284	0.1803	156	0.1502	2822	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7284-1.7616	0.2047	147	0.149	2928	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7616-1.7976	0.1688	154	0.142	2885	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7976-1.8367	0.1641	164	0.141	2920	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8367-1.8794	0.1635	153	0.1452	2952	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8794-1.9264	0.1435	158	0.1384	2945	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9264-1.9785	0.1555	145	0.129	2995	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9785-2.0367	0.1589	161	0.1317	3002	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0367-2.1024	0.1518	163	0.1235	2987	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1024-2.1776	0.1566	146	0.1252	3056	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1776-2.2647	0.1453	162	0.1268	3007	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2647-2.3678	0.1666	139	0.1272	3059	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3678-2.4926	0.1761	149	0.1294	3029	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4926-2.6487	0.1724	162	0.1355	3050	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6487-2.8532	0.1673	166	0.1403	3074	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8532-3.1402	0.1529	155	0.1349	3078	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1402-3.5943	0.1441	165	0.124	3063	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5943-4.5274	0.1417	177	0.1096	3087	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5274-38.9895	0.1653	203	0.1423	3064	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3147	-0.2908	0.0362	1.017	-0.6863	0.5792	0.069	-0.0601	-0.145	-0.012	-0.025	-0.0309	0.1253	0.0944	-0.0418	0.1117	0.0039	-0.0111	0.1273	0.0073	0.1746	20.4449	54.3678	50.7059
2	0.8898	0.0711	0.3714	0.8901	0.5517	1.7118	-0.0021	-0.0183	0.0079	0.0609	-0.0347	-0.1913	0.0397	0.224	0.0117	0.1047	0.0129	-0.0273	0.1349	0.0132	0.1829	26.125	57.8547	51.7624
3	1.8019	0.087	0.4871	1.5194	0.0149	1.7767	-0.01	-0.1808	-0.0794	0.0654	0.0011	0.1792	0.095	-0.1719	0.0144	0.105	-0.0115	0.0015	0.1259	0.0118	0.1724	5.8815	56.5284	55.8755
4	2.1626	0.2336	0.4236	0.3862	0.1226	1.1364	-0.0615	0.3916	-0.1054	-0.1349	0.0176	0.0275	0.0087	-0.031	0.0657	0.1538	-0.0047	-0.0161	0.1673	-0.0222	0.1782	2.7754	60.9322	37.2284
5	1.1957	0.1805	-0.9555	1.2845	-0.4108	4.0002	0.0069	-0.1415	0.0622	0.1424	-0.0214	-0.1051	-0.0663	-0.0652	0.0541	0.1061	-0.003	-0.0333	0.1331	0.0168	0.1608	22.9553	71.9434	51.9728
6	6.5641	-1.104	0.4187	6.0287	-0.7881	3.8366	-0.3375	0.6594	-0.0842	-0.4449	0.0746	0.093	0.0099	-0.028	0.2265	0.1504	-0.0344	-0.0019	0.2235	-0.0128	0.1637	24.2957	62.3526	35.6437
7	2.1203	0.1315	-0.8869	0.5424	0.5998	2.5188	-0.0165	-0.0953	-0.0988	0.0693	0.0139	0.0451	0.1645	-0.0468	0.0428	0.1011	0.0095	-0.0216	0.0938	0.0086	0.1049	7.1186	91.0313	53.4394
8	1.1665	0.0162	-0.1142	2.5377	0.3886	1.3203	0.0289	0.0819	0.1568	0.0147	-0.0031	-0.0902	-0.2168	-0.1533	-0.0119	0.1178	0.029	-0.0153	0.1248	0.0049	0.1174	4.3108	99.1323	44.7107
9	1.495	0.0538	-0.504	1.0131	0.0797	1.2328	-0.0046	-0.133	0.0403	0.0421	0.0156	-0.054	-0.0524	0.0906	-0.0103	0.0842	0.0008	-0.0184	0.0891	-0.003	0.0826	15.526	93.4855	53.6045
10	1.0003	0.1457	-0.8337	0.1955	-0.2697	1.6371	-0.0133	0.0922	-0.0686	-0.0451	-0.0077	-0.0244	0.0128	0.0224	0.0206	0.0966	-0.0043	-0.02	0.1064	-0.0109	0.0991	24.8999	88.4858	36.0703
11	0.9046	-0.0512	0.7116	0.7092	0.123	2.9234	0.0269	0.0532	-0.1717	0.0391	-0.0239	0.0944	0.1908	0.0153	0.044	0.0914	-0.0056	-0.0067	0.1185	-0.0144	0.1514	4.4811	79.3878	50.1314
12	2.2271	0.4586	-1.7856	0.4449	-0.4646	1.4483	-0.192	1.0341	0.1156	-0.4565	0.0625	-0.1841	-0.1987	0.059	0.0304	0.2146	-0.0283	-0.0138	0.4438	0.0059	0.1554	5.4494	88.9135	29.2171

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:28)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 29:55)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 56:88)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 89:220)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 221:241)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 242:251)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 1:21)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 22:41)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 42:86)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 87:220)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 221:244)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 245:255)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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