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- PDB-4yki: Mnemiopsis leidyi ML032222a iGluR LBD glycine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yki
タイトルMnemiopsis leidyi ML032222a iGluR LBD glycine complex
要素ML032222a iGluR
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Glutamate Receptor / Ion Channel
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated monoatomic ion channel activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / ML032222a iGluR
類似検索 - 構成要素
生物種Mnemiopsis leidyi (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Alberstein, R.G. / Mayer, M.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Glycine activated ion channel subunits encoded by ctenophore glutamate receptor genes.
著者: Alberstein, R. / Grey, R. / Zimmet, A. / Simmons, D.K. / Mayer, M.L.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22015年11月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ML032222a iGluR
B: ML032222a iGluR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1946
ポリマ－57,9232
非ポリマー2714
水14,718817
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.944, 123.388, 54.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ML032222a iGluR


分子量: 28961.559 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct contains residues K409-E526 and T682-S815 of the ML032222a ligand binding domain connected by a synthetic GT linker
由来: (組換発現) Mnemiopsis leidyi (無脊椎動物) / 遺伝子: ML032222a / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: A0A0R4I973*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 817 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細The construct contains residues K409-E526 and T682-S815 of the ML032222a ligand binding domain ...The construct contains residues K409-E526 and T682-S815 of the ML032222a ligand binding domain connected by a synthetic GT linker

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Reservoir: 18% PEG 8K, 100 mM Cacodylate, 150 mM MgS04. Protein buffer: 100 mM NaCl, 10 mM HEPES, pH 7.0, 0.5 mM EDTA, 2 mM Na glutamate, no added glycine
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→40 Å / Num. obs: 169396 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 64.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S50

1s50


解像度: 1.21→31.871 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.39 / 位相誤差: 16.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1613 14490 5.05 %Random selection
Rwork0.1335 ---
obs0.1349 144200 84.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→31.871 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4006 0 16 817 4839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2185913
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7451629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006782
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2104-1.22410.25181080.18662420X-RAY DIFFRACTION23
1.2241-1.23860.1692120.17513912X-RAY DIFFRACTION36
1.2386-1.25370.17692660.16865305X-RAY DIFFRACTION50
1.2537-1.26950.20263580.16346374X-RAY DIFFRACTION60
1.2695-1.28620.17924060.16687185X-RAY DIFFRACTION67
1.2862-1.30390.17554300.15647940X-RAY DIFFRACTION74
1.3039-1.32250.18464600.16158382X-RAY DIFFRACTION79
1.3225-1.34220.18674560.15498708X-RAY DIFFRACTION82
1.3422-1.36320.18814700.15158975X-RAY DIFFRACTION84
1.3632-1.38550.19325230.14249133X-RAY DIFFRACTION86
1.3855-1.40940.17174850.14359399X-RAY DIFFRACTION88
1.4094-1.43510.18055140.14239771X-RAY DIFFRACTION91
1.4351-1.46270.16075120.13359638X-RAY DIFFRACTION91
1.4627-1.49250.17675100.13449816X-RAY DIFFRACTION92
1.4925-1.5250.15215200.12859895X-RAY DIFFRACTION92
1.525-1.56040.17295320.124210006X-RAY DIFFRACTION94
1.5604-1.59950.1475530.124310058X-RAY DIFFRACTION94
1.5995-1.64270.17075170.120210131X-RAY DIFFRACTION95
1.6427-1.6910.16375520.126310165X-RAY DIFFRACTION95
1.691-1.74560.15075070.123410267X-RAY DIFFRACTION96
1.7456-1.8080.15555460.128210274X-RAY DIFFRACTION96
1.808-1.88040.14845540.128410379X-RAY DIFFRACTION97
1.8804-1.9660.15275360.127310379X-RAY DIFFRACTION97
1.966-2.06960.14575800.125510443X-RAY DIFFRACTION98
2.0696-2.19920.14365170.122910566X-RAY DIFFRACTION98
2.1992-2.3690.16215340.126210533X-RAY DIFFRACTION98
2.369-2.60730.17435060.137110600X-RAY DIFFRACTION99
2.6073-2.98430.17055870.141410548X-RAY DIFFRACTION99
2.9843-3.7590.15135730.133910624X-RAY DIFFRACTION99
3.759-31.88170.16356660.136310519X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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