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万見
- PDB-4ykh: Thirty minutes iron loaded human H ferritin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ykh
タイトルThirty minutes iron loaded human H ferritin
要素Ferritin heavy chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / ferroxidase / Ferritin heavy chain / iron homeostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / negative regulation of ferroptosis / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / autophagosome / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Mangani, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Iron binding to human heavy-chain ferritin.
著者: Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Bernacchioni, C. / Ciambellotti, S. / Turano, P. / Mangani, S.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,33225
ポリマ－21,2561
非ポリマー1,07724
水5,819323
1
A: Ferritin heavy chain
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)535,978600
ポリマ－510,13624
非ポリマー25,842576
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_565z,-y+1,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_565-z,-y+1,-x1
crystal symmetry operation29_554z,x+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation30_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation31_554-z,-x+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation32_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation41_555x,z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation42_554-x,z+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation43_555-x,-z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation44_554x,-z+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation81_455y-1/2,z+1/2,x1
crystal symmetry operation82_555-y+1/2,z+1/2,-x1
crystal symmetry operation83_455y-1/2,-z+1/2,-x1
crystal symmetry operation84_555-y+1/2,-z+1/2,x1
crystal symmetry operation85_455y-1/2,x+1/2,-z1
crystal symmetry operation86_555-y+1/2,-x+1/2,-z1
crystal symmetry operation87_455y-1/2,-x+1/2,z1
crystal symmetry operation88_555-y+1/2,x+1/2,z1
Buried area107470 Å2
ΔGint-599 kcal/mol
Surface area140620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.050, 184.050, 184.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

FE2

21A-206-

FE2

31A-207-

FE2

41A-209-

MG

51A-214-

CL

61A-305-

HOH

71A-386-

HOH

81A-425-

HOH

91A-437-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein


分子量: 21255.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pET9A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase

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非ポリマー , 5種, 347分子

#2: 化合物 ChemComp-BCN / BICINE / N,N-ビス(2-ヒドロキシエチル)グリシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 2.0 M magnesium chloride, 0.1 M Bicine pH 9.0 / PH範囲: 7.7 - 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→29.1 Å / Num. obs: 41531 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.52→1.6 Å / 冗長度: 17.3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AJO

3ajo


解像度: 1.52→28.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.937 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18713 2086 5 %RANDOM
Rwork0.16473 ---
obs0.16583 39434 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.587 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.52→28.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1410 0 34 323 1767
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0071.9552168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4215211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.46625.43592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.59215310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.477158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.541.129731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9181.687922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5971.209858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.62211.5392831
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.559 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 139 -
Rwork0.171 2874 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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