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万見
- PDB-4yk8: Crystal structure of the Atg101-Atg13 complex from fission yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yk8
タイトルCrystal structure of the Atg101-Atg13 complex from fission yeast
要素
  • Autophagy protein 13
  • Meiotically up-regulated gene 66 protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Autophagy / HORMA
機能・相同性
機能・相同性情報


Macroautophagy / Atg1/ULK1 kinase complex / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / protein kinase regulator activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / autophagosome assembly / mitophagy ...Macroautophagy / Atg1/ULK1 kinase complex / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / protein kinase regulator activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / autophagosome assembly / mitophagy / autophagosome / meiotic cell cycle / macroautophagy / protein transport / protein kinase binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 101 / Autophagy-related protein 13, N-terminal / Autophagy-related protein 101 / Autophagy-related protein 13 / Autophagy-related protein 13 / Cell Cycle, Spindle Assembly Checkpoint Protein; Chain A / HORMA domain / HORMA domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 101 / Autophagy protein 13
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Suzuki, H. / Noda, N.N.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and Technology AgencyCREST 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan25111004 日本
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of the Atg101-Atg13 complex reveals essential roles of Atg101 in autophagy initiation.
著者: Suzuki, H. / Kaizuka, T. / Mizushima, N. / Noda, N.N.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年7月22日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meiotically up-regulated gene 66 protein
B: Autophagy protein 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8812
ポリマ－47,8812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.822, 83.389, 91.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Meiotically up-regulated gene 66 protein / Autophagy-related protein 101


分子量: 20626.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: mug66, atg101, SPAC25H1.03 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O13978
#2: タンパク質 Autophagy protein 13 / Meiotically up-regulated gene 78 protein


分子量: 27254.457 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 32-269 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: atg13, mug78, SPAC4F10.07c / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O36019

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4M sodium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.2% D-fructose 1,6-diphosphate trisodium salt octahydrate, 0.2% glycerol phosphate disodium salt hydrate, 0.2% L-O-phosphoserine, 0.2% phytic acid ...詳細: 4M sodium chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.2% D-fructose 1,6-diphosphate trisodium salt octahydrate, 0.2% glycerol phosphate disodium salt hydrate, 0.2% L-O-phosphoserine, 0.2% phytic acid sodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.0000, 1.0070
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.0071
反射解像度: 3→43.75 Å / Num. all: 11052 / Num. obs: 11052 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
REFMAC精密化
Cootモデル構築
PHASES位相決定
HKL-2000data processing
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→43.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 3348694.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 562 5.3 %RANDOM
Rwork0.267 ---
obs0.267 10666 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 77.6132 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 92.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.79 Å20 Å232.45 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3---11.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→43.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2643 0 0 0 2643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 74 4.2 %
Rwork0.342 1691 -
obs--98.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/protein_rep.paramCNS_TOPPAR/protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR/dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR/water_rep.paramCNS_TOPPAR/water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR/ion.paramCNS_TOPPAR/ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR/carbohydrate.paramCNS_TOPPAR/carbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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