PDB-4yk2: Crystal Structure of the BID Domain of Bep9 from Bartonella clarr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yk2

タイトル

Crystal Structure of the BID Domain of Bep9 from Bartonella clarridgeiae

要素

Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS

キーワード

PROTEIN BINDING / SSGCID / Bartonella clarridgeiae / Bep9 / VirB-translocated Bartonella effector protein / BID domain / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

BID domain of Bartonella effector protein (Bep) / Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS

機能・相同性情報

生物種

Bartonella clarridgeiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The BID Domain of Type IV Secretion Substrates Forms a Conserved Four-Helix Bundle Topped with a Hook.
著者: Stanger, F.V. / de Beer, T.A. / Dranow, D.M. / Schirmer, T. / Phan, I. / Dehio, C.

履歴

登録	2015年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yk2.cif.gz	107.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yk2.ent.gz	81.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4yk2_validation.pdf.gz	453.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yk2_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
XML形式データ	4yk2_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	4yk2_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/4yk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yk/4yk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yk1SC 4yk3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dj4-d 2crz-d 6j98-d 5e2x-4 3wx4-d 6yj0-d 2kcc-d 5pod-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BaclA.17330.i

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS

B: Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS

ヘテロ分子

34.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.680, 62.310, 71.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-410- HOH

#1: タンパク質	Bartonella effector protein (Bep) substrate of VirB T4SS / BepE 分子量: 16773.988 Da / 分子数: 2 / 断片: BID domain (UNP residues 64-201) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella clarridgeiae (バクテリア) 株: CIP 104772 / 73 / 遺伝子: BARCL_1032 / プラスミド: BaclA.17330.i.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E6YIM5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1:1 24.7 mg/mL protein and MCSG1(c8) (0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate/HCl, pH 5.6, 25% PEG4000), cryoprotectant: 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月26日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 21863 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.3 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_rim(I) all: 0.068 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 19.33 / Num. measured all: 106806

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.1		0.89	0.548	3.18	7902	1608	1597	0.611	99.3
2.1-2.16		0.933	0.433	4.11	7613	1552	1544	0.483	99.5
2.16-2.22		0.954	0.352	4.97	7536	1533	1525	0.393	99.5
2.22-2.29		0.97	0.269	6.23	7243	1464	1458	0.3	99.6
2.29-2.37		0.975	0.23	7.34	6990	1425	1419	0.256	99.6
2.37-2.45		0.974	0.201	8.23	6731	1371	1369	0.225	99.9
2.45-2.54		0.983	0.159	10.14	6724	1368	1366	0.177	99.9
2.54-2.65		0.99	0.123	12.82	6323	1287	1286	0.138	99.9
2.65-2.76		0.993	0.103	15.05	6104	1243	1242	0.115	99.9
2.76-2.9		0.996	0.079	18.9	5817	1184	1180	0.088	99.7
2.9-3.06		0.997	0.063	22.49	5555	1136	1133	0.07	99.7
3.06-3.24		0.998	0.052	26.85	5227	1072	1065	0.058	99.3
3.24-3.47		0.998	0.04	32.88	4991	1031	1027	0.045	99.6
3.47-3.74		0.998	0.034	39.1	4540	942	933	0.038	99
3.74-4.1		0.999	0.029	44.64	4236	881	875	0.033	99.3
4.1-4.58		0.999	0.026	47.91	3772	799	791	0.029	99
4.58-5.29		0.999	0.023	48.98	3400	722	716	0.026	99.2
5.29-6.48		0.999	0.028	41.72	2822	618	602	0.031	97.4
6.48-9.17		1	0.022	51.81	2191	493	476	0.024	96.6
	9.17	0.999	0.018	59.59	1089	303	259	0.021	85.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4YK1

4yk1

解像度: 2.05→46.844 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	1082	4.96 %
R_work	0.1711	20744	-
obs	0.1732	21826	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.44 Å² / B_iso mean: 37.2438 Å² / B_iso min: 16.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→46.844 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1676	0	39	171	1886
B_iso mean	-	-	110.7	41.36	-
残基数	-	-	-	-	213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1795
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983	2426
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.47	701

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.05-2.1433	0.2446	134	0.2056	2563	2697	99
2.1433-2.2563	0.2312	130	0.179	2544	2674	99
2.2563-2.3976	0.2189	135	0.173	2569	2704	100
2.3976-2.5827	0.226	142	0.1734	2561	2703	100
2.5827-2.8426	0.2211	131	0.1777	2601	2732	100
2.8426-3.2539	0.2658	141	0.1779	2593	2734	100
3.2539-4.0992	0.2064	133	0.1582	2621	2754	99
4.0992-46.8562	0.1741	136	0.1664	2692	2828	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.288	0.1362	-0.182	0.2739	0.2775	0.4703	-0.1146	0.3562	0.0176	-0.2173	0.1507	-0.171	0.0952	0.3185	-0.023	0.2895	0.0322	0.0185	0.2647	0.0199	0.2013	35.5144	35.7765	-14.2421
2	0.5894	0.2278	-0.031	0.7755	-0.4443	1.0991	0.0509	-0.0133	0.0655	0.0673	-0.1335	-0.0009	-0.0987	-0.1072	-0.0001	0.166	0.0521	-0.0242	0.1849	-0.0177	0.2217	31.292	41.8928	3.6984
3	0.6011	-0.0321	-0.6196	0.6018	-0.4596	1.0295	-0.0501	0.1268	0.225	-0.3205	-0.1184	0.1265	-0.2504	-0.1574	-0.0066	0.2378	0.0526	-0.0594	0.2207	0.0342	0.2689	32.078	44.394	-5.4766
4	0.5138	-0.3269	0.5821	0.1948	-0.3435	0.5537	-0.1007	-0.2292	-0.0243	0.2267	-0.0447	0.0934	0.028	0.0515	-0.0096	0.3212	-0.0614	-0.0028	0.3342	0.0073	0.2084	31.7184	32.1261	30.0796
5	0.0469	0.0648	-0.0383	0.1012	-0.1033	0.221	0.0399	-0.1272	0.1153	-0.1876	0.0952	-0.0444	0.5839	-0.3254	0.0027	0.2422	-0.0014	-0.0339	0.2866	-0.034	0.2405	28.741	27.3527	12.3608
6	0.1262	-0.0255	-0.0949	0.0062	0.0189	0.0678	-0.0887	0.0163	0.0725	0.3389	-0.0973	-0.2028	-0.146	0.5044	0.0004	0.3061	-0.0622	-0.0636	0.3413	0.0439	0.2958	35.8929	38.0517	17.2641
7	0.1728	0.2783	-0.2422	0.4369	-0.384	0.3341	-0.0179	-0.0789	0.2581	0.0213	-0.1244	0.4669	-0.4219	-0.1939	-0.0003	0.3024	0.0184	-0.0052	0.2598	-0.0499	0.2604	24.7427	41.2803	13.3742
8	0.2006	0.0988	0.108	0.2068	-0.1529	0.2428	0.1563	-0.0946	-0.0008	-0.0365	-0.0535	0.2456	0.3931	-0.1775	-0.0038	0.3052	-0.0926	-0.0338	0.2802	-0.0445	0.3183	14.0879	26.9288	8.0096
9	0.9001	-0.4623	0.2454	1.8016	0.2764	0.1791	-0.283	-0.2229	0.1285	0.4993	-0.0516	0.1062	-0.3361	0.0424	-0.1911	0.3614	-0.1337	-0.0121	0.3477	-0.0245	0.2041	27.8187	37.7721	24.823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 73 through 103 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 104 through 150 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 179 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 73 through 102 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 103 through 109 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 110 through 119 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 120 through 136 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 137 through 159 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 160 through 178 )	B

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