PDB-4yjy: Crystal structure of Type III polyketide synthase from Oryza sativa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yjy

タイトル

Crystal structure of Type III polyketide synthase from Oryza sativa

要素

Chalcone synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / Polyketide Synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

chalcone synthase / naringenin-chalcone synthase activity / flavonoid biosynthetic process / polyketide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa subsp. indica (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Wongsantichon, J. / Robinson, R.C. / Yew, W.S.

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2015
タイトル: Synthetic Polyketide Enzymology: Platform for Biosynthesis of Antimicrobial Polyketides
著者: Go, M.K. / Wongsantichon, J. / Cheung, V.W.N. / Chow, J.Y. / Robinson, R.C. / Yew, W.S.

履歴

登録	2015年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yjy.cif.gz	312.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yjy.ent.gz	255.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yjy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yjy_validation.pdf.gz	425.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yjy_full_validation.pdf.gz	428.8 KB	表示
XML形式データ	4yjy_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	4yjy_validation.cif.gz	46.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/4yjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/4yjy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2d51-d 7bus-d 5wx5-3 1u0v-d 1bi5-1 6dx9-d 3ov2-2 5wx4-1 1d6f-1 1u0u-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chalcone synthase 1

B: Chalcone synthase 1

86.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.420, 99.728, 169.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chalcone synthase 1 / Polyketide synthase / OsCHS1 / Naregenin-chalcone synthase 分子量: 43288.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. indica (イネ) / 遺伝子: CHS1, CHS, OsI_035120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2ZEX7, chalcone synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 2 M ammonium sulfate / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→30 Å / Num. obs: 92381 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 5.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→28.889 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.54 / 位相誤差: 17.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1856	4601	5 %
R_work	0.1588	-	-
obs	0.1602	92109	99.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→28.889 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5985	0	0	464	6449

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6136
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.056	8313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.712	2286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	934
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1088

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8597-1.8808	0.2726	130	0.2071	2652	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8808-1.9029	0.1829	133	0.1833	2938	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9029-1.9261	0.2028	149	0.1737	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9261-1.9505	0.1815	171	0.161	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9505-1.9762	0.1883	147	0.1541	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9762-2.0032	0.1752	144	0.1573	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0318	0.1939	153	0.1634	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0318-2.0622	0.2055	149	0.1589	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0622-2.0944	0.1922	139	0.1538	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0944-2.1287	0.2202	169	0.1511	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1287-2.1654	0.201	158	0.1485	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1654-2.2048	0.1786	169	0.1487	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.2471	0.2021	133	0.1485	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2471-2.293	0.1705	142	0.1524	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.293-2.3428	0.1878	177	0.1545	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3428-2.3973	0.2015	154	0.16	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3973-2.4572	0.1997	136	0.1629	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4572-2.5236	0.197	152	0.1613	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5236-2.5978	0.2018	135	0.1677	2933	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5978-2.6816	0.2171	152	0.1742	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6816-2.7774	0.2154	158	0.1767	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7774-2.8885	0.1919	137	0.1751	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8885-3.0198	0.2017	154	0.1807	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0198-3.1789	0.1864	151	0.1712	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1789-3.3778	0.1921	189	0.1656	2920	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3778-3.6381	0.1855	167	0.1566	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6381-4.0034	0.1678	142	0.1447	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0034-4.5807	0.158	171	0.133	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5807-5.7636	0.1672	177	0.1453	2978	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7636-28.8923	0.1802	163	0.17	3148	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4595	0.0777	0.0101	1.256	-0.0248	1.097	0.0011	0.0456	-0.0211	-0.3672	-0.0041	0.1079	-0.0023	-0.0454	-0.0135	0.1928	0.0202	-0.0361	0.1673	-0.0088	0.1686	0.1123	26.864	52.9282
2	0.6327	0.1519	-0.0951	1.0996	0.124	1.1407	0.0725	-0.0878	0.1247	0.0338	-0.0605	0.1221	-0.2962	-0.0182	0.0002	0.196	0.0066	0.0178	0.2185	-0.0182	0.2188	0.8303	46.2372	75.8617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 1 through 393)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 5 through 393)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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