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- PDB-4yjw: Crystal structure of a DUF3829 family protein (BVU_3067) from Bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yjw
タイトルCrystal structure of a DUF3829 family protein (BVU_3067) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 1.80 A resolution
要素DUF3829 family protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS UNKNOWN FUNCTION / All alpha protein / PF12889 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性Uncharacterised protein PF12889, N-terminal DUF3829 / : / Domain of unknown function (DUF6845) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha / DUF3829 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a DUF3829 family protein (BVU_3067) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF3829 family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5621
ポリマ－19,5621
非ポリマー00
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.766, 70.766, 67.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 DUF3829 family protein


分子量: 19562.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (strain ATCC 8482 / DSM 1447 / NCTC 11154) (バクテリア)
株: ATCC 8482 / DSM 1447 / NCTC 11154 / 遺伝子: BVU_3067 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A6L4U0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 2.40M ammonium sulfate, 0.1M Bicine pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月4日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.652 Å / Num. obs: 16483 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.17 % / Biso Wilson estimate: 21.665 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16.13 / Num. measured all: 187648
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.8-1.860.6510.7391.912263285928580.8431100
1.86-1.940.8170.6052.919008322332230.664100
1.94-2.030.9090.4274.419963311731170.465100
2.03-2.130.9610.2686.918244284328430.291100
2.13-2.270.9830.1821020532319431940.199100
2.27-2.440.9910.13912.819050295229520.151100
2.44-2.690.9940.10516.719929308530850.114100
2.69-3.070.9970.07422.619338299229920.08100
3.07-3.870.9990.04335.619617305730570.047100
3.87-28.6520.9990.0314719704308430730.03499.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XDSNovember 3, 2014 BUILT=20141118データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.2精密化
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→28.652 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9532 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9459 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE SAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. A UNMODELED DENSITY BLOB AT THE TWO-FOLD AXIS (NEAR A62) COULD BE EXPLAINED BY A BENZOIC ACID-LIKE COMPOUND.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1947 832 5.06 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
obs0.1743 16437 99.99 %-
原子変位パラメータBiso max: 116.07 Å2 / Biso mean: 28.9582 Å2 / Biso min: 9.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2102 Å20 Å20 Å2
2---0.2102 Å20 Å2
3---0.4204 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.202 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.652 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1236 0 0 184 1420
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d658SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes45HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes195HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1325HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion174SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1726SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1325HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1809HARMONIC20.84
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.51
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.92 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 145 4.98 %
Rwork0.1972 2768 -
all0.1987 2913 -
obs--99.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.4158 Å / Origin y: -2.5951 Å / Origin z: 17.8809 Å
111213212223313233
T-0.052 Å2-0.0055 Å2-0.0191 Å2--0.045 Å2-0.026 Å2---0.0273 Å2
L1.763 °2-1.886 °2-0.2327 °2-1.9631 °20.1342 °2--0.8344 °2
S-0.1163 Å °-0.133 Å °0.2104 Å °0.124 Å °0.1746 Å °-0.2959 Å °-0.1108 Å °-0.0296 Å °-0.0583 Å °
精密化 TLSグループSelection details: {A|34 - 186}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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