PDB-4yj2: Crystal structure of tubulin bound to MI-181

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yj2

タイトル

Crystal structure of tubulin bound to MI-181

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / alpha-tubulin / beta-tubulin / stathmin / MI-181 / cell cycle inhibitor complex / microtubule / cytoskeleton

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

McNamara, D.E. / Torres, J.Z. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structures of potent anticancer compounds bound to tubulin.
著者: McNamara, D.E. / Senese, S. / Yeates, T.O. / Torres, J.Z.

履歴

登録	2015年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yj2.cif.gz	894.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yj2.ent.gz	732.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yj2_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yj2_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	4yj2_validation.xml.gz	73.4 KB	表示
CIF形式データ	4yj2_validation.cif.gz	98.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/4yj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/4yj2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4yj3C 4o2bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6lsm-d 6agk-d 5xi5-d 6pc4-d 5osk-d 6brf-d 5fnv-d 5z4p-d 5lyj-d 5ylj-d 6y6d-d 5lov-d 5yz3-d 5kx5-d 4tv8-d 5xaf-d 5h74-d 5mf4-d 6fjm-d 7jfr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.830, 157.650, 181.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The tubulin-stathmin-TTL biological assembly contains chains A, B, C, D, E, and F

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Brain / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Brain / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16883.197 Da / 分子数: 1 / Fragment: Stathmin-like domain / Mutation: F64W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 132分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-4ED / 5,6-dimethyl-2-[(E)-2-(pyridin-3-yl)ethenyl]-1,3-benzothiazole 分子量: 266.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₄N₂S
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 100 mM MES/imidazole, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 6% (w/v) PEG 4000, 7% glycerol CRYO Paratone-N oil

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→90.72 Å / Num. obs: 92610 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 62.87 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.973 / Net I/σ(I): 17.79

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.67	0.62	1.108	1.64	43170	6833	6771	1.205	99.1
2.67-2.74	0.734	0.921	2.11	45058	6566	6532	0.995	99.5
2.74-2.82	0.837	0.721	2.71	44798	6484	6481	0.779	100
2.82-2.91	0.885	0.558	3.57	42852	6241	6235	0.603	99.9
2.91-3	0.924	0.435	4.51	40776	6068	6062	0.472	99.9
3-3.11	0.952	0.315	5.92	36940	5871	5862	0.343	99.8
3.11-3.22	0.975	0.237	8.16	40083	5683	5680	0.256	99.9
3.22-3.36	0.986	0.181	10.5	38186	5480	5478	0.195	100
3.36-3.51	0.992	0.131	14.04	35956	5253	5250	0.142	99.9
3.51-3.68	0.995	0.102	17.72	33511	5008	4997	0.11	99.8
3.68-3.88	0.997	0.075	22.14	30184	4804	4788	0.082	99.7
3.88-4.11	0.998	0.06	28.23	31647	4532	4527	0.065	99.9
4.11-4.39	0.999	0.049	33.35	29511	4284	4283	0.053	100
4.39-4.75	0.999	0.04	39.26	26693	3994	3991	0.043	99.9
4.75-5.2	0.999	0.039	38.61	23232	3673	3657	0.042	99.6
5.2-5.81	0.999	0.039	39.86	23480	3377	3376	0.042	100
5.81-6.71	0.999	0.037	40.72	19947	2966	2962	0.04	99.9
6.71-8.22	0.999	0.029	49.64	15909	2545	2521	0.031	99.1
8.22-11.63	0.999	0.024	63.61	13220	2001	2001	0.026	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	8.48 Å	90.72 Å
Translation	8.48 Å	90.72 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE	January 10, 2014	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS	January 10, 2014	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4O2B

4o2b

解像度: 2.6→90.718 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2311	9261	10 %	RANDOM
R_work	0.1882	83334	-	-
obs	0.1925	92595	99.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 189.59 Å² / B_iso mean: 76.1453 Å² / B_iso min: 29.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→90.718 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16908	0	224	111	17243
B_iso mean	-	-	67.81	53.91	-
残基数	-	-	-	-	2137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	17637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.551	23853
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	2595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3088
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.518	6513

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6-2.6295	0.3393	302	0.3116	2723	3025	98
2.6295-2.6604	0.3337	304	0.2892	2730	3034	100
2.6604-2.6929	0.338	303	0.2807	2732	3035	99
2.6929-2.727	0.3222	305	0.2688	2746	3051	100
2.727-2.7629	0.3214	306	0.2718	2757	3063	100
2.7629-2.8007	0.2985	305	0.2644	2737	3042	100
2.8007-2.8407	0.3451	307	0.2494	2767	3074	100
2.8407-2.8831	0.3189	306	0.2473	2752	3058	100
2.8831-2.9282	0.2949	306	0.2426	2751	3057	100
2.9282-2.9762	0.2748	307	0.2406	2762	3069	100
2.9762-3.0275	0.2783	304	0.237	2740	3044	100
3.0275-3.0826	0.2801	309	0.2314	2781	3090	100
3.0826-3.1419	0.2776	304	0.2318	2730	3034	100
3.1419-3.206	0.2676	308	0.2314	2775	3083	100
3.206-3.2757	0.2735	310	0.2271	2788	3098	100
3.2757-3.3519	0.2325	303	0.2147	2731	3034	100
3.3519-3.4357	0.269	309	0.2149	2785	3094	100
3.4357-3.5286	0.2791	308	0.2102	2769	3077	100
3.5286-3.6325	0.2437	308	0.2027	2773	3081	100
3.6325-3.7497	0.2389	310	0.1859	2791	3101	100
3.7497-3.8837	0.2082	306	0.1829	2751	3057	100
3.8837-4.0392	0.2221	311	0.1713	2797	3108	100
4.0392-4.2231	0.2064	308	0.1638	2769	3077	100
4.2231-4.4457	0.1972	311	0.1492	2802	3113	100
4.4457-4.7242	0.1748	310	0.1352	2795	3105	100
4.7242-5.089	0.1821	311	0.1425	2793	3104	99
5.089-5.601	0.2119	315	0.1728	2833	3148	100
5.601-6.4113	0.2334	314	0.1809	2829	3143	100
6.4113-8.0768	0.1956	318	0.169	2863	3181	99
8.0768-90.7728	0.2026	333	0.1664	2982	3315	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4426	0.1124	-0.2963	5.7986	-1.2861	2.7726	0.0033	-0.1294	0.2169	0.415	0.383	0.5971	-0.8071	-0.5854	-0.3732	0.6485	0.1579	0.1337	0.6126	0.197	0.5169	-31.5884	88.2198	-51.872
2	1.8764	1.0571	-0.4803	4.4961	-1.393	4.4945	0.1043	0.1984	0.2181	-0.379	0.0221	-0.141	-0.3124	-0.0036	-0.1127	0.5058	0.0332	0.066	0.4462	0.0986	0.4618	-19.1189	82.2553	-65.9884
3	1.1479	0.3049	0.7411	5.986	-1.5363	3.1452	-0.2045	0.3666	0.0711	-1.2224	0.2588	-0.2422	-0.0094	0.0226	-0.0486	0.5493	0.0025	0.1552	0.5598	0.0968	0.4634	-18.8995	83.0896	-73.4226
4	4.0263	1.731	-1.8055	6.7832	-5.3982	2.0626	-0.2268	0.4054	-0.3202	-1.0635	0.9084	0.4585	1.059	-1.8495	-0.5789	0.5581	-0.1371	-0.1045	0.6491	0.1479	0.61	-32.6647	61.8437	-60.4603
5	4.4451	1.6073	0.1077	2.0426	-0.5349	1.4484	-0.142	-0.9352	-0.7188	-0.265	-0.3531	0.3387	-0.2994	1.0723	0.5477	0.5531	0.0697	0.1199	0.4469	0.1714	0.5948	-23.0835	74.4559	-54.5546
6	7.043	2.8549	-1.7808	4.5241	-1.328	6.0723	0.3934	-0.3271	0.9745	0.6528	-0.2484	0.1009	-1.3639	0.3961	-0.1514	0.6412	-0.0388	0.0391	0.4047	-0.0105	0.5014	-15.811	70.0978	-19.1604
7	3.0458	0.9051	-0.5949	6.0565	-0.5987	3.2922	0.1377	-0.5512	-0.0385	0.5213	0.0718	0.5108	-0.4952	-0.3784	-0.2235	0.4564	0.0281	0.0798	0.6493	0.0963	0.4796	-28.7709	56.319	-14.536
8	3.3407	-2.4494	0.4043	9.0354	-2.9556	4.9444	-0.037	0.2612	0.1782	0.0291	0.0861	0.1712	-0.2322	-0.3875	-0.0643	0.2688	-0.0531	0.0327	0.4438	0.1073	0.392	-24.0832	53.3022	-26.0547
9	9.7904	-0.9633	1.7724	2.9357	0.9216	4.9243	-0.0094	0.5947	-0.2376	0.1479	-0.1543	-0.6918	0.3296	1.2267	0.1298	0.4994	0.0122	0.0396	0.7287	0.3107	0.5794	-5.0185	50.926	-28.2317
10	2.6174	-0.2632	0.1192	2.4994	-0.4807	4.389	0.0531	0.3067	0.5813	0.0254	-0.1539	-0.3986	-0.5312	0.6893	0.1214	0.4425	-0.0845	0.0308	0.5125	0.1746	0.5128	-10.0097	62.1691	-35.7945
11	3.5538	1.9112	1.8316	4.0061	0.9885	4.4971	-0.345	0.4145	0.1368	-0.5914	0.1454	-0.4326	-0.264	0.9868	0.1684	0.4239	-0.0337	0.0741	0.6629	0.1625	0.5193	-6.2083	60.8154	-44.7688
12	2.5788	5.1202	-3.8789	9.7554	-8.4745	7.7674	-0.4461	0.2417	-0.3915	-0.8383	-0.1211	-1.1141	0.887	-0.0001	0.5336	0.4604	0.0794	0.0661	0.5234	0.0814	0.4869	-15.1706	42.178	-34.0847
13	2.6362	1.8807	-2.7326	7.3017	-5.9907	2.119	-0.5274	0.5982	-0.3222	-1.4506	0.2136	0.2216	1.5592	-1.0065	0.3086	0.5692	-0.0902	-0.089	0.589	-0.0343	0.4814	-25.4989	38.1552	-31.0032
14	2.1041	1.1129	0.1258	4.3858	-0.1037	2.2723	-0.0087	-0.3142	0.201	0.3405	0.0317	0.1591	-0.2379	-0.2259	-0.0118	0.3571	0.0771	0.0344	0.4712	0.0132	0.3725	-20.1094	33.1839	12.125
15	1.1206	0.6149	0.1805	2.0263	-1.0583	2.5039	-0.0297	0.061	-0.0173	-0.0964	-0.0848	-0.2725	0.0872	0.3991	0.1297	0.2896	0.0765	0.039	0.3525	0.0376	0.3571	-7.6646	26.0459	-3.0298
16	9.1052	3.1933	-2.0746	8.7268	0.6276	4.9928	0.2473	-1.6976	0.3448	0.8308	0.0505	-0.1399	0.0826	0.4009	-0.3257	0.7149	0.1555	0.0541	1.0041	0.022	0.4325	-16.891	9.4588	44.1997
17	2.2325	0.2468	-0.7017	2.008	-0.3048	3.6317	-0.0896	-0.7368	-0.3554	0.5855	0.0863	0.1547	0.4642	0.0659	-0.0078	0.6799	0.0599	0.0623	0.7123	0.2012	0.4854	-20.5561	-1.5462	33.227
18	1.9429	0.7232	-0.4652	2.9908	-0.4431	3.8496	-0.1292	-0.4446	-0.379	0.1802	0.0503	-0.1493	0.5786	0.4219	0.09	0.5531	0.154	0.0407	0.5661	0.132	0.461	-8.8308	-3.9012	21.1988
19	5.943	0.4265	-3.3224	1.0663	1.3353	4.2205	-0.3374	-0.3068	-0.8316	0.0728	0.1528	0.1914	1.1288	-0.5276	0.119	0.8986	-0.0351	0.0732	0.6078	0.2543	0.7697	-30.2853	-16.2566	23.9432
20	5.9019	5.0827	-1.3855	8.5955	-3.8057	2.5514	-0.1434	0.496	0.3837	-0.7745	0.6725	0.7893	0.032	-0.6103	-0.519	1.0858	0.1042	-0.0456	0.6957	0.177	0.5935	-27.6017	92.5199	-82.0578
21	0.3059	1.157	-1.4741	3.4129	-3.5356	4.5923	-0.0441	0.089	0.0272	-0.2863	0.6041	0.5662	0.4545	-0.924	-0.5256	0.483	-0.064	0.045	0.8472	0.246	0.7655	-42.7199	28.8222	-4.9935
22	6.4394	-3.7314	-1.1288	8.9953	-1.4598	8.0777	-0.5451	-0.5528	-1.1455	0.13	0.2017	0.2646	2.1164	0.6418	0.4125	0.9858	0.1001	0.1765	0.6407	0.1638	0.6527	-6.134	54.7053	-69.8233
23	3.8927	-1.4076	-1.6643	4.5775	1.6125	4.6935	-0.0004	1.328	-0.9165	-1.1695	-0.5679	1.2721	0.3003	-1.5629	0.5286	1.0847	-0.2012	-0.1051	1.4118	-0.271	0.8746	-13.8179	58.7209	-104.7307
24	3.5702	-0.4224	-2.6938	1.8866	-0.1774	5.3959	-0.6042	0.1502	-0.9117	-0.2408	0.2852	0.0174	1.4373	0.1185	0.2862	1.0893	-0.0358	0.1865	0.5169	-0.0677	0.7032	3.0439	56.2556	-91.8723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:180)	A	1 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 181:311)	A	181 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 312:401)	A	312 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 402:436)	A	402 - 436
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 437:439)	A	437 - 439
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 1:88)	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 89:127)	B	89 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 128:197)	B	128 - 197
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 198:223)	B	198 - 223
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 224:295)	B	224 - 295
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 296:373)	B	296 - 373
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 374:401)	B	374 - 401
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 402:438)	B	402 - 438
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 1:197)	C	1 - 197
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 198:440)	C	198 - 440
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 1:88)	D	1 - 88
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 89:295)	D	89 - 295
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 296:401)	D	296 - 401
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 402:441)	D	402 - 441
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain E and resid 5:46)	E	5 - 46
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E and resid 47:141)	E	47 - 141
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain F and resid 1:66)	F	1 - 66
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain F and resid 67:198)	F	67 - 198
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain F and resid 199:378)	F	199 - 378

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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