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- PDB-4yis: Crystal Structure of LAGLIDADG Meganuclease I-CpaMI Bound to Uncl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yis
タイトルCrystal Structure of LAGLIDADG Meganuclease I-CpaMI Bound to Uncleaved DNA
要素
  • (DNA (28-MER)) x 2
  • Meganuclease I-CpaMI
キーワードhydrolase/dna / Hydrolase-DNA complex / LAGLIDADG / homing endonuclease / meganuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / LAGLIDADG endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Hallinan, J.P. / Kaiser, B.K. / Stoddard, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM105691 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Indirect DNA Sequence Recognition and Its Impact on Nuclease Cleavage Activity.
著者: Lambert, A.R. / Hallinan, J.P. / Shen, B.W. / Chik, J.K. / Bolduc, J.M. / Kulshina, N. / Robins, L.I. / Kaiser, B.K. / Jarjour, J. / Havens, K. / Scharenberg, A.M. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2015年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年5月18日Group: Database references
改定 1.32016年6月15日Group: Database references
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Meganuclease I-CpaMI
B: Meganuclease I-CpaMI
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
C: DNA (28-MER)
D: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,19016
ポリマ－101,6796
非ポリマー51110
水66737
1
A: Meganuclease I-CpaMI
E: DNA (28-MER)
F: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1068
ポリマ－50,8403
非ポリマー2665
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9090 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
2
B: Meganuclease I-CpaMI
C: DNA (28-MER)
D: DNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0848
ポリマ－50,8403
非ポリマー2445
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.869, 91.799, 139.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12E
22C
13F
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYSAA5 - 2991 - 295
21SERSERLYSLYSBB5 - 2991 - 295
12DCDCDCDCEC1 - 281 - 28
22DCDCDCDCCE1 - 281 - 28
13DGDGDTDTFD1 - 281 - 28
23DGDGDTDTDF1 - 281 - 28

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Meganuclease I-CpaMI


分子量: 33652.527 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 122-416 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryphonectria parasitica (菌類) / 遺伝子: mtSrRNA I4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O20960

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ECFD

#2: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8439.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (28-MER)


分子量: 8747.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 47分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 26% PEG 3350, 5mM DDT, 5mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月6日
放射モノクロメーター: Varimax HF Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 23588 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.368 / Net I/av σ(I): 8.473 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 74772
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.930.69223081.3893.9
2.9-3.023.10.5122941.38893.7
3.02-3.153.10.36723341.50394.5
3.15-3.323.20.23823381.47494.9
3.32-3.533.20.16423421.46594.9
3.53-3.83.30.12723811.4995.7
3.8-4.183.30.09723591.3194.9
4.18-4.793.20.07323911.18195
4.79-6.033.20.06823851.12594.1
6.03-5030.05824561.38791.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QQY

3qqy


解像度: 2.89→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 21.579 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.48 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2737 1065 5 %RANDOM
Rwork0.2173 ---
obs0.2202 20174 94.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.46 Å2 / Biso mean: 41.837 Å2 / Biso min: 22.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.58 Å20 Å20 Å2
2---3.74 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4570 2280 25 37 6912
Biso mean--84.77 55.79 -
残基数----691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0167264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2531.65510263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.098313299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3085576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33424.836213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.96215808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6271516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1953.9992322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1853.9922316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.265.9852886
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A164340.1
12B164340.1
21E22600.02
22C22600.02
31F22500.04
32D22500.04
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.965 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 81 -
Rwork0.373 1433 -
all-1514 -
obs--92.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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