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万見
- PDB-4yip: X-ray structure of the iron/manganese cambialistic superoxide dis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yip
タイトルX-ray structure of the iron/manganese cambialistic superoxide dismutase from Streptococcus mutans
要素Superoxide dismutase [Mn/Fe]
キーワードOXIDOREDUCTASE / cambialistic
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Mn/Fe]
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Russo Krauss, I. / Merlino, A. / Pica, A. / Sica, F.
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2015
タイトル: Fine tuning of metal-specific activity in the Mn-like group of cambialistic superoxide dismutases
著者: Russo Krauss, I. / Merlino, A. / Pica, A. / Rullo, R. / Bertoni, A. / Capasso, A. / Amato, M. / Riccitiello, F. / De Vendittis, E. / Sica, F.
履歴
登録2015年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Mn/Fe]
B: Superoxide dismutase [Mn/Fe]
C: Superoxide dismutase [Mn/Fe]
D: Superoxide dismutase [Mn/Fe]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,5858
ポリマ－94,3624
非ポリマー2234
水4,990277
1
A: Superoxide dismutase [Mn/Fe]
B: Superoxide dismutase [Mn/Fe]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2934
ポリマ－47,1812
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Superoxide dismutase [Mn/Fe]
D: Superoxide dismutase [Mn/Fe]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2934
ポリマ－47,1812
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.964, 82.879, 72.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Mn/Fe]


分子量: 23590.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09738, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28-33% PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate buffer at pH 6.0, 3% acetonitrile

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 43458 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LIO

3lio


解像度: 2.15→31.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.424 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25854 2181 5 %RANDOM
Rwork0.19346 ---
obs0.19671 41189 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.367 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å20 Å2-0.62 Å2
2--1.11 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→31.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6395 0 4 277 6676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0196593
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7311.9359026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.675814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.725.016321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.977151001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2041520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.152→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 156 -
Rwork0.262 2842 -
obs--92.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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