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- PDB-4yig: vaccinia virus D4/A20(1-50) in complex with dsDNA containing an a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yig
タイトルvaccinia virus D4/A20(1-50) in complex with dsDNA containing an abasic site and free uracyl
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
  • DNA polymerase processivity factor component A20
  • Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / uracyl DNA glycosylase / DNA complex / virus replication
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA replication / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1880 / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Helix Hairpins / Helix non-globular ...Helix Hairpins - #1880 / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URACIL / DNA / Uracil-DNA glycosylase / DNA polymerase processivity factor component OPG148
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者tarbouriech, N. / burmeister, W.P. / iseni, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agencyanr-13-bsv8-0014 フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Vaccinia Virus Uracil-DNA Glycosylase in Complex with DNA.
著者: Burmeister, W.P. / Tarbouriech, N. / Fender, P. / Contesto-Richefeu, C. / Peyrefitte, C.N. / Iseni, F.
履歴
登録2015年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22015年7月29日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
B: DNA polymerase processivity factor component A20
C: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
E: Uracil-DNA glycosylase
F: DNA polymerase processivity factor component A20
G: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
I: Uracil-DNA glycosylase
J: DNA polymerase processivity factor component A20
K: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,79415
ポリマ－115,45812
非ポリマー3363
水97354
1
A: Uracil-DNA glycosylase
B: DNA polymerase processivity factor component A20
C: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5985
ポリマ－38,4864
非ポリマー1121
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Uracil-DNA glycosylase
F: DNA polymerase processivity factor component A20
G: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5985
ポリマ－38,4864
非ポリマー1121
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Uracil-DNA glycosylase
J: DNA polymerase processivity factor component A20
K: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')
L: DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5985
ポリマ－38,4864
非ポリマー1121
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.092, 136.092, 161.073
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21G
31K
12D
22H
32L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6 / Label seq-ID: 1 - 10

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
11DCDCDTDTCC1 - 10
21DCDCDTDTGG1 - 10
31DCDCDTDTKK1 - 10
12DADADGDGDD22 - 31
22DADADGDGHH22 - 31
32DADADGDGLL22 - 31

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.531761, -0.845811, 0.04282), (0.845334, 0.527034, -0.087439), (0.051389, 0.082694, 0.995249)1.13413, 75.95432, -25.52794
3given(-0.613223, -0.789907, 0.002149), (0.783515, -0.60791, 0.128648), (-0.100313, 0.080573, 0.991688)-72.04012, 35.43469, -59.17456
4given(1), (1), (1)
5given(0.544174, -0.835047, 0.081061), (0.838317, 0.537385, -0.091885), (0.033168, 0.117956, 0.992465)1.86461, 75.28272, -27.71732
6given(-0.635708, -0.77113, 0.035109), (0.769264, -0.629081, 0.111759), (-0.064094, 0.098054, 0.993115)-73.71944, 35.64613, -58.07341

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 AEIBFJ

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / UDG


分子量: 26729.486 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (strain Copenhagen) (ウイルス)
遺伝子: UNG, D4R / 発現宿主: Escherichia coli BL21(de3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P20536, uracil-DNA glycosylase
#2: タンパク質 DNA polymerase processivity factor component A20


分子量: 5777.560 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: A20R / 発現宿主: Escherichia coli BL21(de3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P20995

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 CGKDHL

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*(ORP)P*AP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 2892.878 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*G)-3')


分子量: 3086.070 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 57分子

#5: 化合物 ChemComp-URA / URACIL / ウラシル


分子量: 112.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.2M ammonium chloride, 10% W/V PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.86 Å / Num. obs: 46345 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OD8,1SSP

4od8

1ssp


解像度: 2.7→48.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.5 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.386 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22764 2227 4.8 %RANDOM
Rwork0.17993 ---
obs0.18227 44109 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.761 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20.14 Å20 Å2
2--0.29 Å2-0 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→48.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6558 1188 24 54 7824
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0188082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.821.82411187
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.348316404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4565804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.46824.227291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.443151170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2861527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.9437.0743234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.9437.0743233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.30210.5974032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.30110.5974033
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.817.6914848
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.8097.6914849
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.70211.3877156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.00460.3419428
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.00460.3459427
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11C304loose positional0.385
11G304loose positional0.355
11K304loose positional0.375
22D318loose positional0.295
22H318loose positional0.315
22L318loose positional0.455
11C304loose thermal8.9510
11G304loose thermal6.1810
11K304loose thermal13.5310
22D318loose thermal13.0710
22H318loose thermal6.6710
22L318loose thermal15.0510
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 160 -
Rwork0.316 3275 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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