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- PDB-4yh8: Structure of yeast U2AF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yh8
タイトルStructure of yeast U2AF complex
要素
  • Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
  • Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
キーワードSPLICING / RRM / Zn-finger / 3' splice site
機能・相同性
機能・相同性情報


U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal complex ...U2AF complex / poly-pyrimidine tract binding / pre-mRNA 3'-splice site binding / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2 snRNP / U2-type prespliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nuclear speck / mRNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
U2 auxiliary factor small subunit / U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...U2 auxiliary factor small subunit / U2 snRNP auxilliary factor, large subunit, splicing factor / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Splicing factor U2AF 59 kDa subunit / Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yoshida, H. / Park, S.Y. / Urano, T. / Obayashi, E.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology20112006 日本
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: A novel 3' splice site recognition by the two zinc fingers in the U2AF small subunit.
著者: Yoshida, H. / Park, S.Y. / Oda, T. / Akiyoshi, T. / Sato, M. / Shirouzu, M. / Tsuda, K. / Kuwasako, K. / Unzai, S. / Muto, Y. / Urano, T. / Obayashi, E.
履歴
登録2015年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Splicing factor U2AF 23 kDa subunit
B: Splicing factor U2AF 59 kDa subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1404
ポリマ－33,0092
非ポリマー1312
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.616, 112.704, 57.198
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-445-

HOH

21B-218-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Splicing factor U2AF 23 kDa subunit / U2 auxiliary factor 23 kDa subunit / U2AF23 / U2 snRNP auxiliary factor small subunit


分子量: 25066.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SPAP8A3.06 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09176
#2: タンパク質 Splicing factor U2AF 59 kDa subunit / U2 auxiliary factor 59 kDa subunit / U2AF59 / U2 snRNP auxiliary factor large subunit


分子量: 7942.985 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 93-161 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: prp2, mis11, SPBC146.07 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36629
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 1000, 0.1M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 32806 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→35.545 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 1583 4.83 %
Rwork0.1912 --
obs0.1924 32782 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1926 0 2 208 2136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0532658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.837757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005353
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.697-1.75180.29671330.25582511X-RAY DIFFRACTION89
1.7518-1.81440.2791620.24012790X-RAY DIFFRACTION99
1.8144-1.88710.25991420.22632830X-RAY DIFFRACTION100
1.8871-1.97290.2541270.21422865X-RAY DIFFRACTION100
1.9729-2.0770.26151460.20322818X-RAY DIFFRACTION100
2.077-2.20710.21571500.20272859X-RAY DIFFRACTION100
2.2071-2.37740.20661430.19912848X-RAY DIFFRACTION100
2.3774-2.61660.23991410.20212864X-RAY DIFFRACTION100
2.6166-2.99510.22861540.20212871X-RAY DIFFRACTION100
2.9951-3.77280.2131230.1842923X-RAY DIFFRACTION100
3.7728-35.55320.18411620.16673020X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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