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万見
- PDB-4yh4: Crystal structure of human BRD4(1) in complex with 4-[(5-phenylpy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yh4
タイトルCrystal structure of human BRD4(1) in complex with 4-[(5-phenylpyridin-3-yl)carbonyl]-3,4-dihydroquinoxalin-2(1H)-one (compound 19d)
要素Bromodomain-containing protein 4BRD4
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / BRD4(1)
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / 染色体 / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Suto, R.K.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Discovery of a new chemical series of BRD4(1) inhibitors using protein-ligand docking and structure-guided design.
著者: Duffy, B.C. / Liu, S. / Martin, G.S. / Wang, R. / Hsia, M.M. / Zhao, H. / Guo, C. / Ellis, M. / Quinn, J.F. / Kharenko, O.A. / Norek, K. / Gesner, E.M. / Young, P.R. / McLure, K.G. / Wagner, ...著者: Duffy, B.C. / Liu, S. / Martin, G.S. / Wang, R. / Hsia, M.M. / Zhao, H. / Guo, C. / Ellis, M. / Quinn, J.F. / Kharenko, O.A. / Norek, K. / Gesner, E.M. / Young, P.R. / McLure, K.G. / Wagner, G.S. / Lakshminarasimhan, D. / White, A. / Suto, R.K. / Hansen, H.C. / Kitchen, D.B.
履歴
登録2015年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7744
ポリマ－15,3301
非ポリマー4443
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.799, 44.436, 77.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / BRD4 / Protein HUNK1 / BRD4


分子量: 15329.598 Da / 分子数: 1 / 断片: Bromodomain 1 (UNP residues 44-170) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pJExpress401 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-Y81 / 4-[(5-phenylpyridin-3-yl)carbonyl]-3,4-dihydroquinoxalin-2(1H)-one


分子量: 329.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15N3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 20% w/v PEG3350, 0.6 mM ligand

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 30557 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.425 / Net I/av σ(I): 44.208 / Net I/σ(I): 17.8 / Num. measured all: 421531
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.33-1.38140.30811.329831.4211100
1.38-1.4314.10.24130251.463100
1.43-1.514.10.18630011.565100
1.5-1.5814.10.14530281.533100
1.58-1.6814.20.11630061.553100
1.68-1.8114.10.09430421.401100
1.81-1.99140.07630521.389100
1.99-2.2713.70.06530591.346100
2.27-2.8713.20.0631191.317100
2.87-5012.50.0532421.25199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
REFMAC5.8.0049精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.33→33.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / SU B: 1.226 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1466 1538 5.1 %RANDOM
Rwork0.1073 28879 --
obs0.1093 30417 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.01 Å2 / Biso mean: 17.0817 Å2 / Biso min: 2.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-0 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→33.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1061 0 32 249 1342
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.021244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.31621708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.37132811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2345154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88925.93259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7915236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.144154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0211429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7721.096559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.591.088557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1561.643712
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.95332452
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.12547
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.05352608
LS精密化 シェル解像度: 1.332→1.367 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 113 -
Rwork0.117 2067 -
all-2180 -
obs--98.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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