[日本語] English
万見
- PDB-4yga: CDPK1, from Toxoplasma gondii, bound to inhibitory VHH-1B7 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yga
タイトルCDPK1, from Toxoplasma gondii, bound to inhibitory VHH-1B7
要素
  • Calmodulin-domain protein kinase 1
  • VHH-1B7
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Serine/Threonine Protein Kinase / VHH Domain / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the Director1DP5OD017892 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Allosteric activation of apicomplexan calcium-dependent protein kinases.
著者: Ingram, J.R. / Knockenhauer, K.E. / Markus, B.M. / Mandelbaum, J. / Ramek, A. / Shan, Y. / Shaw, D.E. / Schwartz, T.U. / Ploegh, H.L. / Lourido, S.
履歴
登録2015年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月9日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
B: VHH-1B7
C: Calmodulin-domain protein kinase 1
D: VHH-1B7
E: Calmodulin-domain protein kinase 1
F: VHH-1B7
G: Calmodulin-domain protein kinase 1
H: VHH-1B7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,55224
ポリマ－295,9108
非ポリマー64116
水00
1
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
B: VHH-1B7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1386
ポリマ－73,9782
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Calmodulin-domain protein kinase 1
D: VHH-1B7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1386
ポリマ－73,9782
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Calmodulin-domain protein kinase 1
F: VHH-1B7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1386
ポリマ－73,9782
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Calmodulin-domain protein kinase 1
H: VHH-1B7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1386
ポリマ－73,9782
非ポリマー1604
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.920, 91.067, 106.641
Angle α, β, γ (deg.)88.71, 108.27, 90.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Calmodulin-domain protein kinase 1


分子量: 58535.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)V2RpAcYc-LIC+LamP / 参照: UniProt: Q9BJF5
#2: 抗体
VHH-1B7


分子量: 15442.187 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-LOBSTR-RIL
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% w/v PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 4% v/v 1-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→73.04 Å / Num. obs: 53985 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 10.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.94→70.67 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 33.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 1715 3.18 %
Rwork0.2258 --
obs0.227 53942 92.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94→70.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17332 0 16 0 17348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00317635
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77523853
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.636231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032735
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94-3.02650.34831400.31933822X-RAY DIFFRACTION81
3.0265-3.12420.33551350.30744421X-RAY DIFFRACTION94
3.1242-3.23590.32851470.29584449X-RAY DIFFRACTION94
3.2359-3.36540.32451410.28324245X-RAY DIFFRACTION90
3.3654-3.51860.31671430.27194500X-RAY DIFFRACTION95
3.5186-3.70410.30191540.25994459X-RAY DIFFRACTION95
3.7041-3.93620.30911510.23034431X-RAY DIFFRACTION93
3.9362-4.240.21471330.1984302X-RAY DIFFRACTION91
4.24-4.66670.20791480.18494459X-RAY DIFFRACTION95
4.6667-5.34170.26721360.19794402X-RAY DIFFRACTION93
5.3417-6.72920.29711360.24944393X-RAY DIFFRACTION93
6.7292-70.69060.22151510.20244344X-RAY DIFFRACTION92

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る