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- PDB-4yfu: Crystal structure of open Bacillus fragment DNA polymerase bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yfu
タイトルCrystal structure of open Bacillus fragment DNA polymerase bound to DNA and dTTP
要素
  • DNA polymerase
  • Primer DNA
  • Template DNA
キーワードTransferase/DNA / protein-DNA complex / Transferase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site ...DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Wu, E.Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Jeffress Trust 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: The Closing Mechanism of DNA Polymerase I at Atomic Resolution.
著者: Miller, B.R. / Beese, L.S. / Parish, C.A. / Wu, E.Y.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Refinement description
改定 1.22015年9月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02022年4月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase
D: DNA polymerase
B: Primer DNA
C: Template DNA
E: Primer DNA
F: Template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,91010
ポリマ－146,6476
非ポリマー1,2634
水24,6991371
1
A: DNA polymerase
B: Primer DNA
C: Template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1485
ポリマ－73,3243
非ポリマー8242
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase
E: Primer DNA
F: Template DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7625
ポリマ－73,3243
非ポリマー4382
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.230, 108.100, 151.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 Primer DNA


分子量: 2714.811 Da / 分子数: 2 / 断片: Primer DNA oligonucleotide / 変異: none / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Template DNA


分子量: 4329.830 Da / 分子数: 2 / 断片: Template DNA oligonucleotide / 変異: none / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase


分子量: 66279.062 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA polymerase I, 5'-to-3' exonuclease-deficient / 変異: D598A/F710Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1C9K5, DNA-directed DNA polymerase
#4: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 1373分子

#5: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H17N2O14P3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: ~50% ammonium sulfate, MES pH 5.8, magnesium sulfate, methyl pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月23日
放射モノクロメーター: Si111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.7 Å / Num. obs: 241163 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.61 % / Biso Wilson estimate: 28.063 Å2 / Rmerge F obs: 0.079 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.991 / Net I/σ(I): 13.33 / Num. measured all: 1111808
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.5-1.593.380.5580.4982.7912594238744372590.58496.2
1.59-1.70.2760.3365.1517821936897368900.377100
1.7-1.830.1540.1968.2216202432998329860.219100
1.83-2.010.0920.11912.0916063732756327200.13399.9
2.01-2.590.0470.06719.0626340453950538070.07599.7
2.59-3.170.0330.05324.5210510321676215790.0699.6
3.17-4.470.030.0527.27865216908167520.05799.1
4.470.0320.0526.5637827971491700.05894.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
DENZOデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
REFMAC位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.5→44.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2548 / WRfactor Rwork: 0.2152 / FOM work R set: 0.8326 / SU B: 1.589 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0755 / SU Rfree: 0.0796 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 11140 4.6 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.1966 230017 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.56 Å2 / Biso mean: 28.759 Å2 / Biso min: 4.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9307 836 118 1371 11632
Biso mean--28.98 39.05 -
残基数----1200
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.01910669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5291.90814644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16551203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62524.224464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.335151788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6061577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.21621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0217694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6742.4114683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4013.6075863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4562.885986
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 836 -
Rwork0.292 15865 -
all-16701 -
obs--93.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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