PDB-4yfj: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Ib

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yfj

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Ib

要素

Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / GNAT FOLD / ANTIBIOTIC RESISTANCE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NIAID

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Xu, Z. / Evdokimova, E. / Yim, V. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Ib
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2015年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2015年3月18日	ID: 4W83
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yfj.cif.gz	141.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yfj.ent.gz	111 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bo4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hmn-2 6bvc-1 2bei-d 2eui-1 2pdo-4 4pz0-d 3qse-1 2q4v-d 1iz0-d 4f06-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95031

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase

B: Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase

ヘテロ分子

41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.024, 77.024, 128.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase 分子量: 20163.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aac(3)-Ib / プラスミド: PNIC-CH / 詳細 (発現宿主): PNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51407
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 28% PEG 8000, 0.25 M (NH4)2SO4, 0.1 M imidazole pH 7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 18322 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.99
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BO4

1bo4

解像度: 2.2→24.357 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2359	916	5 %	Random selection
R_work	0.1789	-	-	-
obs	0.1817	18302	90.01 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.357 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2390	0	35	230	2655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2466
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.995	3358
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.975	876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	386
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	426

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1999-2.3158	0.3197	133	0.2501	2508	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3158-2.4607	0.274	130	0.225	2488	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4607-2.6505	0.2927	130	0.2067	2458	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6505-2.9169	0.248	127	0.208	2430	X-RAY DIFFRACTION	89
2.9169-3.338	0.2499	130	0.1861	2475	X-RAY DIFFRACTION	90
3.338-4.202	0.2115	132	0.1511	2506	X-RAY DIFFRACTION	90
4.202-24.3586	0.2127	134	0.1612	2521	X-RAY DIFFRACTION	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2678	-1.4737	0.8357	7.2247	-2.1204	5.7866	0.2325	0.2018	-0.1206	-0.0503	-0.0269	-0.0139	0.2455	-0.2063	-0.2275	0.2274	-0.0194	-0.0197	0.3307	-0.0817	0.2714	-31.2594	4.3563	-15.1916
2	6.2444	4.9522	0.7464	8.6979	0.8891	1.9267	0.1245	-0.1129	-0.3208	-0.1013	-0.0791	-0.2814	0.2851	0.1164	-0.0396	0.2594	0.0478	-0.0216	0.3401	-0.0126	0.2164	-19.0403	4.3563	-9.9901
3	8.5658	-1.1533	-5.0248	4.9172	2.9977	4.3924	-0.1876	-0.6336	-0.0396	0.5481	0.0634	0.0138	0.7158	-0.3652	0.1857	0.5769	-0.0175	-0.0626	0.4879	0.0551	0.2668	-19.3107	3.1535	4.7897
4	6.7317	-6.1607	6.1277	5.4353	-5.5883	5.4351	-0.1562	-0.5436	-0.4272	-0.1478	0.5389	0.0398	0.1948	-0.7953	-0.4603	0.3328	-0.0706	0.0846	0.6318	-0.0952	0.4726	-31.792	23.4213	3.4475
5	5.6837	-2.3867	-1.6224	5.2324	-0.0103	7.3656	0.1654	-0.0758	0.6875	0.1718	-0.0173	0.2628	-0.5269	0.0689	-0.0716	0.2758	-0.082	0.0718	0.2752	-0.0537	0.4553	-13.5766	32.1566	-7.0536
6	3.7194	3.0972	1.8898	6.3219	3.6349	3.5735	0.102	-0.4803	0.607	0.1735	-0.0885	0.3786	-0.2716	0.111	-0.0047	0.3052	-0.0665	0.0969	0.4614	-0.1191	0.3926	-22.8533	26.8413	-1.3842
7	8.0545	4.2473	0.7423	2.6456	0.934	9.026	-0.1417	-0.0475	0.6285	-0.097	-0.0844	0.4856	-0.2415	-0.2427	0.1817	0.2299	0.0315	0.1152	0.3423	-0.0805	0.4443	-30.3314	26.2941	-4.3719
8	8.7682	-8.1244	-4.0144	8.6123	5.2385	5.4523	0.0713	-0.6392	0.5174	0.2256	0.5214	-0.5735	0.0362	0.6232	-0.5448	0.3452	-0.1032	-0.0117	0.5325	0.0247	0.3686	-19.2346	15.2004	5.8086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 24:73)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 74:143)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 144:165)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 166:176)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 22:84)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 85:126)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 127:144)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 145:176)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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