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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yff | ||||||
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タイトル | TNNI3K complexed with inhibitor 2 | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase TNNI3K | ||||||
キーワード | Transferase/Transferase Inhibitor / kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bundle of His cell to Purkinje myocyte communication / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac conduction / regulation of heart rate / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...bundle of His cell to Purkinje myocyte communication / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac conduction / regulation of heart rate / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å | ||||||
データ登録者 | Shewchuk, L.M. / Wang, L. / Lawhorn, B.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Identification of Purines and 7-Deazapurines as Potent and Selective Type I Inhibitors of Troponin I-Interacting Kinase (TNNI3K). 著者: Lawhorn, B.G. / Philp, J. / Zhao, Y. / Louer, C. / Hammond, M. / Cheung, M. / Fries, H. / Graves, A.P. / Shewchuk, L. / Wang, L. / Cottom, J.E. / Qi, H. / Zhao, H. / Totoritis, R. / Zhang, G. ...著者: Lawhorn, B.G. / Philp, J. / Zhao, Y. / Louer, C. / Hammond, M. / Cheung, M. / Fries, H. / Graves, A.P. / Shewchuk, L. / Wang, L. / Cottom, J.E. / Qi, H. / Zhao, H. / Totoritis, R. / Zhang, G. / Schwartz, B. / Li, H. / Sweitzer, S. / Holt, D.A. / Gatto, G.J. / Kallander, L.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yff.cif.gz | 415.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yff.ent.gz | 343.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yff.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yff_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4yff_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4yff_validation.xml.gz | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yff_validation.cif.gz | 50.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yff | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34888.363 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 521-831 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNI3K, CARK / プラスミド: pFASTBAC / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) 参照: UniProt: Q59H18, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-4CV / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 8% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, and 0.1M Hepes pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.06→50 Å / Num. obs: 30089 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Χ2: 2.233 / Net I/av σ(I): 20.486 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 103684 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.07→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 39.507 / SU ML: 0.327 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.07→20 Å
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拘束条件 |
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