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- PDB-4yf9: Structure of N-acylhomoserine lactone acylase MacQ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yf9
タイトルStructure of N-acylhomoserine lactone acylase MacQ
要素(Protein related to penicillin acylase) x 3
キーワードHYDROLASE / Acylase / Ntn-hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob ...Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein related to penicillin acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Kusada, H. / Kimura, N.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Bifunctional quorum-quenching and antibiotic-acylase MacQ forms a 170-kDa capsule-shaped molecule containing spacer polypeptides
著者: Yasutake, Y. / Kusada, H. / Ebuchi, T. / Hanada, S. / Kamagata, Y. / Tamura, T. / Kimura, N.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein related to penicillin acylase
B: Protein related to penicillin acylase
C: Protein related to penicillin acylase
D: Protein related to penicillin acylase
E: Protein related to penicillin acylase
F: Protein related to penicillin acylase
G: Protein related to penicillin acylase
H: Protein related to penicillin acylase
I: Protein related to penicillin acylase
J: Protein related to penicillin acylase
K: Protein related to penicillin acylase
L: Protein related to penicillin acylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,98712
ポリマ－337,98712
非ポリマー00
水2,792155
1
A: Protein related to penicillin acylase
B: Protein related to penicillin acylase
C: Protein related to penicillin acylase
D: Protein related to penicillin acylase
E: Protein related to penicillin acylase
F: Protein related to penicillin acylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,9946
ポリマ－168,9946
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Protein related to penicillin acylase
H: Protein related to penicillin acylase
I: Protein related to penicillin acylase
J: Protein related to penicillin acylase
K: Protein related to penicillin acylase
L: Protein related to penicillin acylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,9946
ポリマ－168,9946
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.617, 90.113, 123.167
Angle α, β, γ (deg.)103.49, 104.96, 105.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Protein related to penicillin acylase / N-Acyl-L-homoserine lactone acylase / MacQ


分子量: 19231.340 Da / 分子数: 4 / 断片: alpha-chain, UNP residues 29-206 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
遺伝子: AVS7_00617 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1VBK6
#2: タンパク質・ペプチド
Protein related to penicillin acylase / N-Acyl-L-homoserine lactone acylase / MacQ


分子量: 2653.900 Da / 分子数: 4 / 断片: spacer peptide, UNP residues 207-233 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
遺伝子: AVS7_00617 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1VBK6
#3: タンパク質
Protein related to penicillin acylase / N-Acyl-L-homoserine lactone acylase / MacQ


分子量: 62611.613 Da / 分子数: 4 / 断片: beta-chain, UNP residues 234-806 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidovorax sp. MR-S7 (バクテリア)
遺伝子: AVS7_00617 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A1VBK6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, calcium acetate, PEG 3350 / PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 98361 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 15.02
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 2.79 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WYB

2wyb


解像度: 2.6→38.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 25.513 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.109 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24079 4943 5 %RANDOM
Rwork0.19591 ---
obs0.19818 93309 98.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.736 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.05 Å21.42 Å2-0.21 Å2
2---0.16 Å2-0.99 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23010 0 0 155 23165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01923614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1041.92732163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.73453016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.93422.9781088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.835153397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.79715196
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.23429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02118624
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 368 -
Rwork0.309 6826 -
obs--97.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81270.2337-0.38881.0704-0.35621.83410.06170.3381-0.0462-0.4992-0.04420.02630.34560.325-0.01750.44110.119-0.05850.1794-0.00780.0476-3.65795.5373-18.8227
20.8041-0.12970.63131.8251-0.17861.70210.15980.2677-0.12-0.3348-0.1833-0.14540.41560.58380.02350.35130.18460.06650.40330.00720.04989.43933.6506-14.8155
340.71366.13193.972714.079911.00958.63180.93270.47022.2347-0.3128-0.5138-0.5469-0.2609-0.3979-0.41890.6133-0.01730.07480.50320.2550.410125.80141.147114.811
40.0126-0.14610.25741.7115-3.02515.3543-0.0416-0.0548-0.0123-0.27560.5070.19920.5231-0.9595-0.46540.39260.1704-0.15590.6848-0.03410.63879.15110.12626.0242
50.4028-0.36030.28831.1844-0.32331.21060.15120.1411-0.1538-0.2733-0.1459-0.07990.44290.3626-0.00530.44070.1555-0.03030.2007-0.02260.12686.5939-9.7463-0.9805
60.80630.11220.58070.9251-0.13382.11190.0621-0.0514-0.0092-0.0126-0.01860.16330.09780.0962-0.04350.1209-0.00410.00210.0173-0.00630.0644-8.69279.021112.4674
71.3153-0.7614-0.28411.8485-0.03771.40030.0024-0.16920.08060.0601-0.001-0.17420.50590.1913-0.00140.22430.02270.01910.1938-0.0190.054224.935932.993623.7268
80.32240.17590.17541.6043-0.36830.67650.0359-0.070.0244-0.0285-0.0997-0.19320.46850.07110.06390.42780.06820.00770.2009-0.02240.043723.82227.818323.3817
923.9292-11.9522-1.522545.07779.80052.1939-0.2061-0.1097-1.2404-1.69910.08060.6453-0.32850.00070.12550.98550.20080.0880.67960.00340.094333.996812.3166-7.2035
103.6875-5.117110.56197.1038-14.660230.25630.13110.2702-0.0740.1647-0.12720.1059-0.30910.743-0.00390.7640.09740.06450.49470.01760.779529.927828.45131.3674
111.0262-0.2949-0.20710.6264-0.05071.2870.0392-0.01310.1044-0.0775-0.0753-0.20990.3020.33460.03610.14070.07780.0840.25360.0160.155436.454636.66796.3639
120.68670.2202-0.02720.65150.57761.75230.10260.19720.1758-0.1248-0.0379-0.02120.1537-0.1722-0.06470.14580.0310.04520.20050.06720.114312.92241.1057-4.4341
130.8564-0.5459-0.47091.5763-0.06022.2907-0.0816-0.0561-0.14130.13740.02360.14510.067-0.17220.0580.0621-0.07660.03240.1486-0.0250.19942.3968-41.20758.5948
141.056-0.07070.16832.1438-1.03021.8585-0.03990.0124-0.19020.23620.03280.4014-0.0157-0.28190.00710.0429-0.04950.06250.1878-0.04490.2311-5.5138-35.224959.3046
159.06464.047-3.49923.268421.001825.1961-0.7716-0.70360.3815-0.94941.13670.0635-0.60651.6838-0.36510.62270.17420.06360.58130.16210.1106-0.1667-2.56245.5374
160.45060.79180.73191.40581.29921.2025-0.2219-0.28230.4592-0.5236-0.52410.7418-0.4587-0.53990.7460.69810.24250.16330.6672-0.0690.87223.1314-20.900443.9727
170.9612-0.1172-0.32741.2878-0.04621.01460.00750.1773-0.0927-0.1289-0.00910.3165-0.0295-0.35320.00160.0406-0.0217-0.04960.2131-0.04890.1832-1.4413-29.640938.1697
181.0850.3574-0.36541.48780.02311.0390.0383-0.0603-0.0326-0.0568-0.0304-0.1107-0.00550.0814-0.0080.0111-0.01690.01190.0621-0.05250.127722.3505-31.175641.6577
191.62390.22520.01042.1516-0.55691.6495-0.0590.07740.12730.1310.1646-0.4795-0.3506-0.0985-0.10560.1192-0.0451-0.00030.1407-0.04980.258729.83745.302159.0967
203.21310.1819-1.6462.4397-0.08952.1919-0.13150.18190.03280.03440.2132-0.1367-0.3009-0.2097-0.08170.1238-0.0083-0.01030.1481-0.00960.123324.05523.340156.1922
2118.49281.3264.857710.17875.90014.3330.41540.7464-0.9530.2023-0.46560.41050.1935-0.11240.05030.4550.00430.12480.68710.18280.3691-2.8294-7.348370.6762
2245.28711.6492-8.73170.0658-0.32881.7204-1.0421-0.4262-2.3735-0.00660.2741-0.0780.1544-0.03990.7680.52110.1114-0.00540.7894-0.03740.554815.1293-5.717673.3897
231.79120.9831-2.48314.94872.87417.51390.1671-0.2634-0.18450.45420.4425-0.96250.02010.9702-0.60960.72510.0747-0.38420.1381-0.11180.388833.708-3.212292.0297
240.4470.1215-0.25662.1856-0.30770.9463-0.05880.02910.05730.59050.1485-0.2362-0.243-0.1286-0.08970.25760.0435-0.09150.1711-0.030.127821.8702-5.248777.685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2A66 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3B8 - 15
4X-RAY DIFFRACTION4B16 - 22
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 297
6X-RAY DIFFRACTION6C298 - 575
7X-RAY DIFFRACTION7D11 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8D118 - 178
9X-RAY DIFFRACTION9E8 - 15
10X-RAY DIFFRACTION10E16 - 21
11X-RAY DIFFRACTION11F1 - 337
12X-RAY DIFFRACTION12F338 - 575
13X-RAY DIFFRACTION13G12 - 82
14X-RAY DIFFRACTION14G83 - 178
15X-RAY DIFFRACTION15H8 - 14
16X-RAY DIFFRACTION16H15 - 22
17X-RAY DIFFRACTION17I1 - 361
18X-RAY DIFFRACTION18I362 - 574
19X-RAY DIFFRACTION19J12 - 124
20X-RAY DIFFRACTION20J125 - 178
21X-RAY DIFFRACTION21K8 - 17
22X-RAY DIFFRACTION22K18 - 23
23X-RAY DIFFRACTION23L1 - 13
24X-RAY DIFFRACTION24L14 - 575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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