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- PDB-4yf5: Crystal structure of Rv1284 in the presence of polycarpine at aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yf5
タイトルCrystal structure of Rv1284 in the presence of polycarpine at acidic pH
要素Beta-carbonic anhydrase 1
キーワードLYASE / beta-carbonic anhydrase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-carbonic anhydrase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hofmann, A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Chemical probing suggests redox-regulation of the carbonic anhydrase activity of mycobacterial Rv1284.
著者: Nienaber, L. / Cave-Freeman, E. / Cross, M. / Mason, L. / Bailey, U.M. / Amani, P. / A Davis, R. / Taylor, P. / Hofmann, A.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年7月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen ...diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-carbonic anhydrase 1
B: Beta-carbonic anhydrase 1
C: Beta-carbonic anhydrase 1
D: Beta-carbonic anhydrase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2258
ポリマ－77,0234
非ポリマー2024
水4,486249
1
A: Beta-carbonic anhydrase 1
B: Beta-carbonic anhydrase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6134
ポリマ－38,5122
非ポリマー1012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
2
C: Beta-carbonic anhydrase 1
D: Beta-carbonic anhydrase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6134
ポリマ－38,5122
非ポリマー1012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7790 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.289, 153.932, 159.098
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

HOH

21A-322-

HOH

31C-303-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Beta-carbonic anhydrase 1 / Beta-CA 1 / Carbonate dehydratase 1 / mtCA 1


分子量: 19255.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: mtcA1, canA, MT1322 / プラスミド: pCR T7
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21AI / 参照: UniProt: P9WPJ6, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% PEG 400, 0.1 M NaH2PO4/Na-citrate, 10 mM polycarpine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95375 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95375 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.6 Å / Num. obs: 81481 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.7 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YLK

1ylk


解像度: 2→24.561 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.92 / 位相誤差: 27.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 4121 5.06 %
Rwork0.1973 --
obs0.2004 81481 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 4 249 5337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1137040
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9421922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02350.31291600.26752734X-RAY DIFFRACTION99
2.0235-2.04820.30881390.25032671X-RAY DIFFRACTION100
2.0482-2.07410.25021460.22882705X-RAY DIFFRACTION99
2.0741-2.10140.36641480.23262687X-RAY DIFFRACTION99
2.1014-2.13020.33691260.23562688X-RAY DIFFRACTION100
2.1302-2.16060.32751420.24952731X-RAY DIFFRACTION100
2.1606-2.19280.34061450.25212691X-RAY DIFFRACTION100
2.1928-2.22710.41731110.36942155X-RAY DIFFRACTION81
2.2271-2.26350.58081410.47812424X-RAY DIFFRACTION89
2.2635-2.30250.34481310.29792452X-RAY DIFFRACTION90
2.3025-2.34440.321740.21622617X-RAY DIFFRACTION100
2.3444-2.38940.28561530.20352733X-RAY DIFFRACTION100
2.3894-2.43820.23061370.18842719X-RAY DIFFRACTION100
2.4382-2.49110.34721420.20072690X-RAY DIFFRACTION100
2.4911-2.5490.31021600.20892690X-RAY DIFFRACTION100
2.549-2.61270.26851380.22162715X-RAY DIFFRACTION100
2.6127-2.68330.28681380.20512700X-RAY DIFFRACTION100
2.6833-2.76210.29321700.20242684X-RAY DIFFRACTION100
2.7621-2.85110.29371480.19932711X-RAY DIFFRACTION100
2.8511-2.95290.23381300.2022719X-RAY DIFFRACTION100
2.9529-3.07090.23621410.18052752X-RAY DIFFRACTION100
3.0709-3.21040.23821200.19252703X-RAY DIFFRACTION100
3.2104-3.37920.2531330.18132721X-RAY DIFFRACTION100
3.3792-3.59030.21651430.17182704X-RAY DIFFRACTION100
3.5903-3.86660.1991380.1662717X-RAY DIFFRACTION100
3.8666-4.25390.17581240.14542725X-RAY DIFFRACTION100
4.2539-4.86530.20251600.12642703X-RAY DIFFRACTION100
4.8653-6.11410.16911430.14862715X-RAY DIFFRACTION100
6.1141-24.56250.19231400.1612704X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2312-0.0307-0.01150.1962-0.04570.46090.13950.0773-0.0111-0.11230.08620.0287-0.04720.00020.30740.1196-0.0189-0.00430.0813-0.02380.1034-0.4294-36.2696-17.1685
20.21150.064-0.06550.2984-0.02180.5922-0.073-0.15-0.01380.1546-0.1930.0473-0.06010.1014-0.39590.0717-0.05480.04840.05180.03610.0923-28.57370.1824-22.8623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain B
2X-RAY DIFFRACTION2chain C or chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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