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- PDB-4yes: Thrombin in complex with (S)-(4-chloro-2-((1-(5-methyl-1H-pyrrole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yes
タイトルThrombin in complex with (S)-(4-chloro-2-((1-(5-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)pyrrolidine-2-carboxamido)methyl)phenyl)methanaminium
要素
  • Hirudin
  • Thrombin heavy chain
  • Thrombin light chain
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Sulfo-hirudin / Inhibitor / Complex / Thrombin / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of serine-type peptidase activity / positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway ...negative regulation of serine-type peptidase activity / positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain ...Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-1-[(5-methyl-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]-L-prolinamide / Chem-45S / Prothrombin / Hirudin variant-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Orth, P.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Improved Stability of Proline-Derived Direct Thrombin Inhibitors through Hydroxyl to Heterocycle Replacement.
著者: Chobanian, H.R. / Pio, B. / Guo, Y. / Shen, H. / Huffman, M.A. / Madeira, M. / Salituro, G. / Terebetski, J.L. / Ormes, J. / Jochnowitz, N. / Hoos, L. / Zhou, Y. / Lewis, D. / Hawes, B. / ...著者: Chobanian, H.R. / Pio, B. / Guo, Y. / Shen, H. / Huffman, M.A. / Madeira, M. / Salituro, G. / Terebetski, J.L. / Ormes, J. / Jochnowitz, N. / Hoos, L. / Zhou, Y. / Lewis, D. / Hawes, B. / Mitnaul, L. / O'Neill, K. / Ellsworth, K. / Wang, L. / Biftu, T. / Duffy, J.L.
履歴
登録2015年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
H: Hirudin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1647
ポリマ－35,4513
非ポリマー7124
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.770, 71.190, 72.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AH

#1: タンパク質・ペプチド Thrombin light chain / Coagulation factor II


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質・ペプチド Hirudin / Hirudin-1 / Hirudin-I / Lepirudin


分子量: 1574.618 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 54-65 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: AC-Gly-Asp-Phe-Glu-Glu-Ile-Pro-Glu-Glu-Tys-Leu-Gln / 由来: (合成) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P01050

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 B

#2: タンパク質 Thrombin heavy chain / Coagulation factor II


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 234分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-45S / N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-1-[(5-methyl-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]-L-prolinamide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 374.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23ClN4O2
参照: N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-1-[(5-methyl-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]-L-prolinamide
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 28 % PEG 2000 MMe, 100mM BisTris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 53201 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.041 / Net I/av σ(I): 21.332 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 177031
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.5530.5471.844720.934180.2
1.55-1.623.10.4452.450200.95390.7
1.62-1.693.20.3353.353081.03195.8
1.69-1.783.30.2424.654381.06997
1.78-1.893.50.1726.953681.17397.2
1.89-2.043.50.117954061.09797.3
2.04-2.243.30.08411.554721.05498.1
2.24-2.563.50.06814.755051.0198.6
2.56-3.233.40.0519.155461.04999
3.23-503.40.03727.356660.99599.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.11.4精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
BUSTER2.11.4精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A2C

1a2c


解像度: 1.5→21.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9499 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9367 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1067 2.01 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.2095 53182 94.95 %-
原子変位パラメータBiso max: 102.4 Å2 / Biso mean: 30.4147 Å2 / Biso min: 12.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9952 Å20 Å23.6111 Å2
2--3.3912 Å20 Å2
3---3.604 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.228 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→21.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2343 0 47 231 2621
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d850SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes61HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes354HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2451HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion301SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2915SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2451HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3318HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.31
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3098 72 2.37 %
Rwork0.267 2972 -
all0.268 3044 -
obs--94.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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