PDB-6t57: Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-N-amidinopiperidine Derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t57

タイトル

Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-N-amidinopiperidine Derivative

要素

(Prothrombin) x 2
Hirudin variant-2

キーワード

HYDROLASE / COAGULATION / BLOOD CLOTTING / CONVERTION OF FIBRINOGEN TO FIBRIN / SERINE PROTEASE / PROTEASE / THROMBIN INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / Defective F8 cleavage by thrombin / ligand-gated ion channel signaling pathway ...cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / Defective F8 cleavage by thrombin / ligand-gated ion channel signaling pathway / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / positive regulation of protein localization to nucleus / response to wounding / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / heparin binding / regulation of cell shape / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of cell growth / : / G alpha (q) signalling events / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Hirudo medicinalis (医用ビル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Ngo, K. / Abazi, N. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thrombin in Complex with a D-Phe-Pro-N-amidinopiperidine Derivative
著者: Ngo, K. / Abazi, N. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t57.cif.gz	167 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t57.ent.gz	106.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t57	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ue7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4yes-d 1ktt-d 3biu-d 2c90-d 1c4v-d 3qto-d 6t89-d 3biv-d 6t8a-d 2zdv-d 4ue7-d 1wbg-d 1tbz-d 4bak-d 1nt1-d 2zfq-d 3rmm-d 1a3b-d 4bah-d 1b5g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#25 - 2002年1月
トロンビン (Thrombin)
類似性 (33)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (29)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
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ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
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インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#149 - 2012年5月
レプチン (Leptin)
類似性 (1)

登録構造単位

L: Prothrombin

H: Prothrombin

I: Hirudin variant-2

ヘテロ分子

36.3 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.290, 71.660, 73.245
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.679, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-403- HOH

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 LI

#1: タンパク質・ペプチド	Prothrombin / Coagulation factor II 分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質・ペプチド	Hirudin variant-2 分子量: 1491.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P09945

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 H

#2: タンパク質

Prothrombin / Coagulation factor II

分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 161分子

#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-J3I / (2~{S})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-phenyl-propanoyl]-~{N}-[(1-carbamimidoylpiperidin-4-yl)methyl]pyrrolidine-2-carboxamide 分子量: 400.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₂N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂HF₃O₂
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM NaH2PO4, 350 mM NaCl, 27% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.568→43.735 Å / Num. obs: 48242 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.52 % / B_iso Wilson estimate: 23.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.049 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 15.03
反射シェル	解像度: 1.57→1.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.28 / Num. unique obs: 7633 / CC_1/2: 0.856 / R_rim(I) all: 0.567 / R_sym value: 0.482

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UE7

4ue7

解像度: 1.57→43.73 Å / SU ML: 0.1915 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.462
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2131	2411	5 %
R_work	0.1926	45815	-
obs	0.1936	48226	96.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→43.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2285	0	61	155	2501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	2448
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8883	3321
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	434
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.354	1473

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.57-1.6	0.3468	133	0.3283	2543	X-RAY DIFFRACTION	92.18
1.6-1.63	0.32	142	0.2952	2685	X-RAY DIFFRACTION	96.25
1.63-1.67	0.2806	142	0.2597	2696	X-RAY DIFFRACTION	96.33
1.67-1.71	0.2623	141	0.2286	2674	X-RAY DIFFRACTION	96.37
1.71-1.76	0.2867	141	0.2313	2684	X-RAY DIFFRACTION	96.81
1.76-1.81	0.2222	142	0.2271	2692	X-RAY DIFFRACTION	96.46
1.81-1.87	0.2725	135	0.2267	2572	X-RAY DIFFRACTION	91.92
1.87-1.94	0.2505	144	0.2095	2727	X-RAY DIFFRACTION	97.29
1.94-2.02	0.228	142	0.1991	2707	X-RAY DIFFRACTION	97.54
2.02-2.11	0.2219	143	0.1991	2711	X-RAY DIFFRACTION	97.37
2.11-2.22	0.2573	143	0.1907	2714	X-RAY DIFFRACTION	97.34
2.22-2.36	0.2122	143	0.2044	2716	X-RAY DIFFRACTION	96.65
2.36-2.54	0.227	141	0.1976	2691	X-RAY DIFFRACTION	95.87
2.54-2.79	0.2264	146	0.2041	2758	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.79-3.2	0.1892	144	0.1912	2737	X-RAY DIFFRACTION	97.4
3.2-4.03	0.2043	142	0.1665	2700	X-RAY DIFFRACTION	96.05
4.03-43.73	0.1674	147	0.1706	2808	X-RAY DIFFRACTION	97.4

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.00635166290672	0.000426978675179	0.0034150804133	0.00110807451498	0.000156697499882	0.00154494061577	0.0100009388112	0.0216979424534	0.0189635097964	-0.0193199829649	-0.0895001571242	-0.0467081737193	-0.0882656001766	-0.0103107808445	-2.36881025419E-5	0.259437950815	0.0986529062601	0.0345907561261	0.247946582051	0.0318809631692	0.274225075098	4.94914514637	14.9353701238	18.278825931
2	0.00698273126691	0.0094704940033	-0.00198628660356	0.0373866928644	-0.0170664756441	0.00909549584811	-0.000615233052377	0.00792718220605	0.00665749661577	-0.0065659202591	-0.0294743509154	0.0144036138215	-0.0405192070638	-0.0401461490221	-0.00783883556169	0.217025619432	0.125685835161	0.024990657578	0.282012134825	-0.020695287824	0.306844925314	-3.55504713391	12.4809009712	20.8773182981
3	0.00815979471533	0.00382591016807	0.00237485316786	0.00430993922481	-0.00161678942489	0.0059118641333	0.020426492322	-0.00776774281273	-0.00145370104764	0.0316575691357	0.0175318323691	0.0375971666056	0.0038790119733	-0.0349190187624	0.00405025765115	0.208720322464	0.0542481450162	0.0723824686944	0.241980568333	-0.0202621418805	0.305567658625	-0.501554321621	5.94408056505	33.1683880079
4	0.00523114457567	0.000229169719416	0.00470398281696	0.00316342316453	-0.0039069346811	0.00472892295532	0.146927290257	0.0609523166232	-0.0339897481475	-0.0370066976608	-0.0474057440296	0.0605863922662	0.00739975728316	-0.0453932640996	-6.33098996129E-5	0.249264542026	0.0859506993086	-0.0460309613987	0.25779222826	-0.0445325218537	0.282795541136	1.20342284445	0.978119234056	17.232028534
5	0.0704091458278	-0.0074496046172	0.0164046699469	0.0571201768211	-0.0129456182032	0.0979003905888	0.0600563630613	0.157684005205	-0.089773503106	-0.0991730453769	-0.0602918708285	0.00917865623534	0.106947387297	0.05225414078	0.0079885910486	0.345413438473	0.329666786217	0.0275381593589	0.414891782725	-0.0481325015492	0.19875539682	15.332668176	-0.778076831957	8.65249566109
6	0.0498363091841	-0.0901713068041	-0.00700749339387	0.172480264777	-0.0127537323282	0.0547095428231	0.105898982908	0.130238649169	0.0133984299556	-0.0240628525135	0.0394166318121	-0.0573812129067	0.0276336417074	0.0244340633046	0.24501902442	0.280215159934	0.399345986342	0.00245575832912	0.457595569969	-0.0473712808233	0.242582044533	23.3076798615	-6.77650184	14.3743233309
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13	0.0858101720595	0.0779262336649	0.010521595557	0.0857907204183	-0.000823954549365	0.0606974460209	0.169900532897	0.0572113482081	-0.0798731375827	0.0252411307944	-0.0909165337324	0.0970015175411	0.132823495885	0.0328034947296	0.124932987986	0.228776634515	0.0901337813476	-0.012855097034	0.167819222164	-0.0234265457385	0.242335520714	10.4637527914	-1.11532691941	26.8909652626
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15	0.0138599375179	-0.0102822989272	-0.0152494362413	0.00810213388146	0.0118465707467	0.0168929335932	0.0265942680437	0.0349440718043	-0.0034478471356	-0.00318173787778	0.00425020227143	-0.00932263132974	0.0148356497507	-0.00944433908453	0.0134315658192	0.669730534387	0.370547354353	3.92328943759E-5	0.733076398824	-0.108193485937	0.301532240201	11.7090081131	-1.31278926303	-2.8278478229

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1C through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 8 through 14B)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 14C through 14K)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 16 through 29 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 30 through 50 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 51 through 60I)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 61 through 80 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 81 through 103 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 104 through 140 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 141 through 164 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 165 through 179 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 180 through 193 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 194 through 231 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 232 through 246 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'I' and (resid 517 through 527 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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