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- PDB-4yee: beta2 carbohydrate binding module (CBM) of AMP-activated protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yee
タイトルbeta2 carbohydrate binding module (CBM) of AMP-activated protein kinase (AMPK) in complex with glucosyl-beta-cyclodextrin
要素5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding module (CBM) / AMP-activated protein kinase (AMPK) / glycogen
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine shuttle / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / nucleotide-activated protein kinase complex / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to nutrient levels / fatty acid biosynthetic process ...AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Carnitine shuttle / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / nucleotide-activated protein kinase complex / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to nutrient levels / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / apical plasma membrane / protein kinase binding / enzyme binding / signal transduction / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-alpha-D-Glucosyl-beta-cyclodextrin / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mobbs, J. / Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Gooley, P.R. / Griffin, M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: Determinants of oligosaccharide specificity of the carbohydrate-binding modules of AMP-activated protein kinase.
著者: Mobbs, J.I. / Koay, A. / Di Paolo, A. / Bieri, M. / Petrie, E.J. / Gorman, M.A. / Doughty, L. / Parker, M.W. / Stapleton, D.I. / Griffin, M.D. / Gooley, P.R.
履歴
登録2015年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年10月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_branch_scheme / pdbx_molecule_features / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 3.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
G: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
H: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
I: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
J: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
K: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
L: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
M: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
N: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
O: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
P: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
Q: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
R: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,82255
ポリマ－180,40018
非ポリマー25,42237
水30,2111677
1
A: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5224
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5224
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5224
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4293
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4293
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4293
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3372
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5224
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5224
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3372
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4293
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
L: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4293
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
M: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4293
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
N: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5224
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
O: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3372
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
P: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4293
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,4072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
17
Q: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3372
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
18
R: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3372
ポリマ－10,0221
非ポリマー1,3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)204.538, 96.432, 118.724
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / AMPK subunit beta-2


分子量: 10022.198 Da / 分子数: 18 / 断片: UNP residues 74-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkab2 / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QZH4
#2: 多糖
Cyclic alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...Cyclic alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-glucopyranose-(1-6)]alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1315.142 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: 6-O-alpha-D-Glucosyl-beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,8,8/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g6-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: in 0.2 M lithium chloride, 20% w/v PEG 6000 and 0.1 M sodium HEPES pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.38 Å / Num. obs: 127116 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F15

2f15


解像度: 2→43.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.721 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22463 6385 5 %RANDOM
Rwork0.16872 ---
obs0.1715 120729 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20.2 Å2
2--0.51 Å2-0 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11966 0 1698 1677 15341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01914172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.682.06319551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.785329262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.88251493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.33624.966590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.503151892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5491532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.22572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022987
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2811.7566008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2811.7566007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0962.6197480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0962.627481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.972.3718163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.972.3728164
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0173.49812069
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.49418.09416025
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.49318.09516026
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 486 -
Rwork0.237 8833 -
obs--98.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84220.36370.17932.32070.18641.0063-0.12730.03970.008-0.04690.0044-0.0820.0065-0.0030.12290.0730.0059-0.05020.03340.00290.136546.5913-14.19728.354
21.504-0.54110.38281.14420.34492.10250.0183-0.0494-0.0496-0.00510.04350.04770.1589-0.0138-0.06180.10550.0325-0.03460.06590.03240.062280.7416-10.6268-7.7423
31.06320.26080.2191.67340.00470.8024-0.0148-0.0623-0.0423-0.090.03590.0933-0.0397-0.0123-0.02120.10110.0129-0.0240.0276-0.00060.123255.03419.78037.0712
40.69890.25420.12271.32340.35872.06270.0641-0.08880.04230.0091-0.0051-0.0079-0.0704-0.0539-0.0590.06570.0304-0.03110.1076-0.01630.067283.4867-32.022338.6194
51.6695-0.4816-0.3790.6639-0.18751.30180.0186-0.14990.05960.00380.0279-0.00440.04890.1264-0.04640.050.0073-0.02960.1069-0.01080.088471.72990.322324.1846
61.6747-0.3415-1.21271.56970.13211.33430.1346-0.09670.2506-0.09490.0804-0.0327-0.1140.1696-0.2150.0976-0.0142-0.00510.0461-0.04650.130685.692214.7243-9.1694
72.7216-1.0169-0.22761.85-0.0330.6447-0.0044-0.03180.11450.06080.0196-0.0292-0.03-0.1492-0.01520.02990.0444-0.05010.0948-0.05380.207228.4516-3.078322.2418
81.8693-1.2834-0.72281.99870.74612.5094-0.11680.2302-0.02450.0701-0.0964-0.07930.1937-0.25090.21320.03630.0051-0.00920.1086-0.0770.085383.6766-15.6799-39.3329
91.8362-0.353-0.98711.55430.42941.70090.2409-0.26410.23710.0982-0.1030.1021-0.04860.3062-0.13790.0973-0.04380.02270.1439-0.10760.105554.032111.086237.1028
102.0227-0.1378-1.39990.40540.2561.57290.08760.29660.213-0.00260.1051-0.0855-0.0514-0.4339-0.19270.04950.0215-0.01120.24280.04690.1364101.34023.351521.9451
113.66180.8670.42991.05260.38371.71850.0032-0.5057-0.2055-0.0894-0.2161-0.0218-0.1326-0.31150.21290.0551-0.028-0.04430.27950.02780.116265.1923-48.987931.3705
122.9072-0.26430.2631.0084-0.12441.59570.02070.33110.04610.17620.0065-0.071-0.0872-0.4191-0.02730.09020.0344-0.04840.26720.03660.102664.8037-4.0819-26.1552
130.61210.48190.10171.0219-0.46112.14030.0648-0.14830.06310.0304-0.09950.19450.01270.05080.03470.08450.0141-0.01330.0761-0.00490.12245.2042-12.542838.459
141.1514-0.31280.661.4248-1.08944.67530.15530.0403-0.05970.07660.0892-0.0346-0.2366-0.3758-0.24450.13530.06450.00370.0930.06320.131485.5293-30.075213.3252
152.3564-0.5504-0.37331.80280.24360.9418-0.0325-0.0364-0.0794-0.08990.0814-0.15810.06250.0867-0.0490.05610.0551-0.01770.0931-0.00430.104102.5762-46.560419.2985
161.4013-1.33-0.93972.22120.63621.7155-0.0265-0.1319-0.13470.09160.09370.1803-0.21390.0691-0.06720.0924-0.03690.0440.0902-0.05020.1344116.91768.795740.9917
173.00291.0093-0.79030.92930.64623.0743-0.2145-0.2012-0.4781-0.0797-0.0597-0.17120.128-0.02060.27410.1041-0.00250.00070.02510.04520.174384.441632.981513.6761
181.8402-1.3641-0.191.4210.85253.2613-0.42210.0169-0.0240.37750.2310.28270.57920.23480.19110.2992-0.00190.01430.33730.32120.369583.706131.493838.5789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A75 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2B74 - 156
3X-RAY DIFFRACTION3C74 - 156
4X-RAY DIFFRACTION4D78 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5E72 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6F72 - 156
7X-RAY DIFFRACTION7G74 - 156
8X-RAY DIFFRACTION8H72 - 156
9X-RAY DIFFRACTION9I72 - 156
10X-RAY DIFFRACTION10J72 - 156
11X-RAY DIFFRACTION11K75 - 156
12X-RAY DIFFRACTION12L75 - 156
13X-RAY DIFFRACTION13M72 - 156
14X-RAY DIFFRACTION14N73 - 156
15X-RAY DIFFRACTION15O73 - 156
16X-RAY DIFFRACTION16P72 - 156
17X-RAY DIFFRACTION17Q73 - 156
18X-RAY DIFFRACTION18R73 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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