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- PDB-4ydu: Crystal structure of E. coli YgjD-YeaZ heterodimer in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydu
タイトルCrystal structure of E. coli YgjD-YeaZ heterodimer in complex with ADP
要素
  • tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
  • tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
キーワードTRANSFERASE / YgjD-YeaZ complex / t6A transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosylation-dependent protein binding / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / maintenance of translational fidelity / metallopeptidase activity / iron ion binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Zhang, W. / Collinet, B. / Perrochia, L. / Durand, D. / Van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: The ATP-mediated formation of the YgjD-YeaZ-YjeE complex is required for the biosynthesis of tRNA t6A in Escherichia coli.
著者: Zhang, W. / Collinet, B. / Perrochia, L. / Durand, D. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2015年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年3月4日ID: 4WOS
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
D: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,46225
ポリマ－125,8264
非ポリマー2,63721
水7,891438
1
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,20212
ポリマ－62,9132
非ポリマー1,28910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
D: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,26113
ポリマ－62,9132
非ポリマー1,34811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.620, 68.480, 87.070
Angle α, β, γ (deg.)109.38, 92.66, 117.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA2 - 3362 - 336
21ALAALABB2 - 3362 - 336
12GLYGLYCC2 - 2292 - 229
22GLYGLYDD2 - 2292 - 229

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999348, -0.010999, -0.03438), (-0.012022, -0.999487, -0.0297), (-0.034035, 0.030094, -0.998967)31.03395, 85.02357, -73.11006

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / YgjD / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine ...YgjD / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD


分子量: 36879.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tsaD, gcp, ygjD, b3064, JW3036 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05852, EC: 2.6.99.4
#2: タンパク質 tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / YeaZ / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB


分子量: 26033.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tsaB, yeaZ, b1807, JW1796
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P76256

-
非ポリマー , 5種, 459分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 % / 解説: thin plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 30% PEG4000, 0.3M Lithium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate and 0.1 M HEPES
PH範囲: 7.2 - 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.38 Å / Num. obs: 55653 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.97 % / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 95.69

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IVP

2ivp


解像度: 2.33→49.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 12.862 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25265 2783 5 %RANDOM
Rwork0.20229 ---
obs0.20479 52870 97.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.15 Å2-0.05 Å2
2--0.08 Å20.53 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→49.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8410 0 164 438 9012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0198753
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.028288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.98211914
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.777318992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01651129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59623.642335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.955151351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8381556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0219933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9182.4144541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9012.4064527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7843.6025653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7843.6025654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7272.7384212
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7272.7384213
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0313.9896262
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.2155.10510337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.1675.08410217
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11B4834medium positional0.280.5
22B3334medium positional0.410.5
11D4834medium thermal2.682
22D3334medium thermal2.872
LS精密化 シェル解像度: 2.247→2.305 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 201 -
Rwork0.236 3818 -
obs--95.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6676-0.10630.23130.82790.24472.0776-0.0472-0.26110.02220.1160.09170.0648-0.0354-0.2581-0.04450.03910.0225-0.00440.15190.04130.06156.44634.856-22.067
20.780.11790.34710.36820.19861.5686-0.02310.0929-0.0623-0.02880.02870.0274-0.01740.0237-0.00560.02620.0090.01790.04110.02990.0537-25.82652.035-48.606
31.3572-0.53860.09151.7098-0.23751.26230.06520.10220.0564-0.0786-0.03770.0148-0.0369-0.1145-0.02750.02610.00490.00030.05990.02850.01542.48240.952-60.642
41.10960.401-0.26341.3152-0.73082.0080.0092-0.04340.02150.01960.0109-0.0058-0.0218-0.0241-0.02010.0270.02820.0160.03560.01890.013-28.69144.647-10.42
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 336
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 338
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 230
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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