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- PDB-4ydp: Crystal structure of N-terminal PDZ domain of ZASP in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydp
タイトルCrystal structure of N-terminal PDZ domain of ZASP in complex with myotilin C-terminal peptide.
要素LIM domain-binding protein 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ZASP/LDB3 / myotilin / striated muscle Z-disc / sarcomere
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle structure development / muscle alpha-actinin binding / sarcomere organization / filamentous actin / pseudopodium / stress fiber / cytoskeletal protein binding / adherens junction / protein kinase C binding / Z disc ...muscle structure development / muscle alpha-actinin binding / sarcomere organization / filamentous actin / pseudopodium / stress fiber / cytoskeletal protein binding / adherens junction / protein kinase C binding / Z disc / heart development / actin binding / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / perinuclear region of cytoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Zasp-like motif / ZASP-like motif / Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. ...Zasp-like motif / ZASP-like motif / Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / LEUCINE / LIM domain-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Grishkovskaya, I. / Onipe, A. / Kontaxis, G. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of N-terminal PDZ domain of ZASP in complex with myotilin C-terminal peptide.
著者: Grishkovskaya, I. / Onipe, A. / Kontaxis, G. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2015年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIM domain-binding protein 3
B: LIM domain-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9778
ポリマ－18,1272
非ポリマー8516
水2,612145
1
A: LIM domain-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4894
ポリマ－9,0631
非ポリマー4253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LIM domain-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4894
ポリマ－9,0631
非ポリマー4253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.900, 95.500, 28.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 83 / Label seq-ID: 2 - 84

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 LIM domain-binding protein 3 / Protein cypher / Z-band alternatively spliced PDZ-motif protein


分子量: 9063.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDB3, KIAA0613, ZASP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75112
#2: 化合物
ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.45 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 6000, imidazole

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.666
11H+L, -K, -L20.334
反射解像度: 1.4→47.75 Å / Num. obs: 24577 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 61.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2pkt

2pkt


解像度: 1.4→47.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.656 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.012 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1565 1195 4.9 %RANDOM
Rwork0.1236 ---
obs0.1252 23381 92.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.78 Å2 / Biso mean: 13.354 Å2 / Biso min: 6.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.82 Å20 Å21.57 Å2
2--2.02 Å20 Å2
3---1.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 0 35 145 1420
Biso mean--26.56 29.71 -
残基数----166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021309
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.951783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96132873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2895177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53626.08746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.46515211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.384152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02281
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1751.196692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1741.194691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5091.797860
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.32732566
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.277556
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.65352637
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4473 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.402→1.438 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 48 -
Rwork0.18 1053 -
all-1101 -
obs--54.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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