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- PDB-4ycv: Crystal structure of cladosporin in complex with plasmodium lysyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ycv
タイトルCrystal structure of cladosporin in complex with plasmodium lysyl-tRNA synthetase
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードligase/ligase inhibitor / Inhibitor / Complex / LysRS / cladosporin / ligase-ligase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cladosporin / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.406 Å
データ登録者Fang, P. / Wang, J. / Guo, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100136 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106134 米国
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Specific Inhibition of tRNA Synthetase by an ATP Competitive Inhibitor.
著者: Fang, P. / Han, H. / Wang, J. / Chen, K. / Chen, X. / Guo, M.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Other
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
C: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,2948
ポリマ－239,1254
非ポリマー1,1694
水1267
1
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1474
ポリマ－119,5622
非ポリマー5852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area39750 Å2
手法PISA
2
C: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1474
ポリマ－119,5622
非ポリマー5852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area39370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.632, 112.098, 170.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 59781.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫)
株: isolate NF54 / 遺伝子: PFNF54_04763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W7JP72, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-KRS / cladosporin / (3R)-3-[[(2R,6S)-6-methyloxan-2-yl]methyl]-6,8-bis(oxidanyl)-3,4-dihydroisochromen-1-one / クラドスポリン


分子量: 292.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: tri-sodium citrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.28357 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28357 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 34869 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 62.81 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.198 / Rpim(I) all: 0.114 / Rrim(I) all: 0.229 / Χ2: 0.97 / Net I/av σ(I): 6.98 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 134325
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.4-3.523.70.53833880.7630.3120.6240.99294.5
3.52-3.663.70.44533370.8350.2590.5161.03893.4
3.66-3.833.70.35533650.9030.2030.410.99294.1
3.83-4.033.80.29533730.9260.1690.3411.04794
4.03-4.283.80.20734540.9610.1190.2390.94995.3
4.28-4.613.80.15534770.9760.0890.1791.00596.5
4.61-5.083.90.14835660.9810.0840.1710.97798.7
5.08-5.8140.19636060.9660.1110.2260.97799.6
5.81-7.3240.1836010.970.1020.2080.89499.5
7.32-504.10.05437020.9970.030.0620.8799.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PG3

4pg3


解像度: 3.406→49.9 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 1708 4.94 %
Rwork0.2302 32841 -
obs0.2315 34549 95.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.92 Å2 / Biso mean: 58.4645 Å2 / Biso min: 25.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.406→49.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15170 0 84 7 15261
Biso mean--46.14 32.69 -
残基数----1935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24621260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072765
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3395634
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4058-3.52750.31771490.28853008315788
3.5275-3.66870.31461460.29373120326691
3.6687-3.83560.29251840.25593145332993
3.8356-4.03770.2991680.25823218338694
4.0377-4.29060.27431560.22693299345595
4.2906-4.62170.2331830.23298348197
4.6217-5.08630.22191800.20423385356599
5.0863-5.82140.24341840.242334313615100
5.8214-7.33060.25041860.242334153601100
7.3306-49.90560.22991720.190335223694100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.1776 Å / Origin y: -25.7328 Å / Origin z: 39.1554 Å
111213212223313233
T0.2548 Å2-0.039 Å20.0314 Å2-0.3347 Å20.0371 Å2--0.3284 Å2
L0.1665 °2-0.123 °2-0.0671 °2-0.3407 °20.2898 °2--0.4324 °2
S-0.0286 Å °0.0737 Å °-0.0075 Å °0.0195 Å °0.041 Å °-0.0124 Å °0.0542 Å °0.0418 Å °-0.0193 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA78 - 581
2X-RAY DIFFRACTION1allB77 - 581
3X-RAY DIFFRACTION1allC78 - 581
4X-RAY DIFFRACTION1allD79 - 581
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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