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万見
- PDB-4ycp: E. coli dihydrouridine synthase C (DusC) in complex with tRNATrp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ycp
タイトルE. coli dihydrouridine synthase C (DusC) in complex with tRNATrp
要素
  • tRNA-dihydrouridine synthase C
  • tRNATrp
キーワードOxidoreductase/RNA / tRNA modification / oxidoreductase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-dihydrouridine16 synthase activity / tRNA dihydrouridine synthesis / tRNA dihydrouridine synthase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
Dihydrouridine synthase, C-terminal recognition domain / tRNA-dihydrouridine(16) synthase / tRNA-dihydrouridine(16) synthase, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / Bacteriocin As-48; Chain A / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Aldolase class I ...Dihydrouridine synthase, C-terminal recognition domain / tRNA-dihydrouridine(16) synthase / tRNA-dihydrouridine(16) synthase, C-terminal / tRNA-dihydrouridine synthase / Bacteriocin As-48; Chain A / tRNA-dihydrouridine synthase, conserved site / DUS-like, FMN-binding domain / Dihydrouridine synthase (Dus) / Uncharacterized protein family UPF0034 signature. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / RNA / RNA (> 10) / tRNA-dihydrouridine(16) synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Byrne, R.T. / Jenkins, H.T. / Peters, D.T. / Whelan, F. / Stowell, J. / Aziz, N. / Kasatsky, P. / Rodnina, M.V. / Koonin, E.V. / Konevega, A.L. / Antson, A.A.
資金援助 英国, ロシア, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust098230 英国
RFBR13-04-40212-H comfi ロシア
RSF14-34-00023 ロシア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Major reorientation of tRNA substrates defines specificity of dihydrouridine synthases.
著者: Byrne, R.T. / Jenkins, H.T. / Peters, D.T. / Whelan, F. / Stowell, J. / Aziz, N. / Kasatsky, P. / Rodnina, M.V. / Koonin, E.V. / Konevega, A.L. / Antson, A.A.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-dihydrouridine synthase C
B: tRNATrp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9156
ポリマ－60,2422
非ポリマー6734
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.516, 98.516, 231.172
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-508-

HOH

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 tRNA-dihydrouridine synthase C / DusC


分子量: 35779.992 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-315 / 変異: C98A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: dusC, yohI, b2140, JW2128 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33371, 酸化還元酵素
#2: RNA鎖 tRNATrp


分子量: 24462.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 731469900

-
非ポリマー , 4種, 56分子

#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M Li2SO4 26% PEG 2K MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月5日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→49.26 Å / Num. obs: 22329 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 44.936 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.66 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.099 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bfa

4bfa


解像度: 2.55→49.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 21.303 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1127 5 %RANDOM
Rwork0.2081 ---
obs0.2095 21202 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.39 Å2 / Biso mean: 49.616 Å2 / Biso min: 24.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å2-0.26 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→49.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2398 1287 42 52 3779
Biso mean--46.32 38.73 -
残基数----370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.00639260.016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.00229740.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.00356211.689
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04468843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5783214.86
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22211223.839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.99440915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9982115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0616200.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00436240.02
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0018840.02
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.31812302.673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.31812292.673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.56215344.008
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 93 -
Rwork0.321 1534 -
all-1627 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1395-0.39080.40312.84110.47742.963-0.0587-0.23610.03-0.04430.0155-0.11150.2076-0.20140.04320.072-0.0670.00370.198-0.00880.006327.7179-42.2182-4.3455
21.9897-0.15890.19252.11010.65643.2542-0.0419-0.2047-0.22090.15120.0872-0.11570.62970.2348-0.04530.1714-0.02390.00750.2080.0130.040436.3254-50.713-7.3043
33.4707-1.406-0.90492.06120.52172.6492-0.0985-0.18960.2570.08540.1658-0.3367-0.30280.2638-0.06730.1054-0.084-0.06280.2355-0.03460.12739.2024-32.1907-0.5191
43.8271.1705-1.27716.0735-1.16122.5255-0.0031-0.17650.42850.50970.1320.2966-0.6593-0.619-0.1290.25050.13660.01270.413-0.05040.057817.7742-30.413310.2686
50.17260.7768-0.05236.47010.95570.5126-0.0349-0.111-0.12370.2132-0.112-0.29440.21810.12140.1470.303-0.1055-0.00340.35620.07920.182625.105-55.83312.3847
65.3225-0.4140.09063.42641.06581.05070.07790.6801-0.1106-0.3552-0.34020.8822-0.1247-0.45280.26230.4459-0.074-0.11590.4717-0.04410.31249.6601-66.0161-1.413
73.1931-2.7799-0.73613.72682.17961.9877-0.08390.23890.4833-0.2745-0.1342-0.1829-0.41610.00160.21820.6845-0.0112-0.10510.5973-0.16850.62836.7879-70.9474-8.5474
817.52463.303316.57530.63613.103815.7174-0.5703-1.08670.8746-0.0231-0.22770.1784-0.6897-1.04780.7980.63150.0529-0.03750.4893-0.12870.513811.8122-58.81885.8729
90.3160.9911-0.36375.4445-3.61593.48620.0593-0.0733-0.15520.5085-0.1136-0.33310.0297-0.04450.05420.4918-0.04480.01850.3552-0.0180.132525.4969-52.594325.1533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2A46 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3A164 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4A258 - 315
5X-RAY DIFFRACTION5B5 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6B22 - 32
7X-RAY DIFFRACTION7B36 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8B43 - 47
9X-RAY DIFFRACTION9B48 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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