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- PDB-4ycb: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ycb
タイトルStructure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE
要素N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
キーワードISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / 2,5,8,11-TETRAOXATRIDECANE / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Kappock, T.J. / Sullivan, K.L. / Mullins, E.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE
著者: Sullivan, K.L. / Tranchimand, S. / Kappock, T.J.
履歴
登録2015年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Other
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,39912
ポリマ－37,6092
非ポリマー79010
水7,080393
1
A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,59648
ポリマ－150,4378
非ポリマー3,15940
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area35960 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area42960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.803, 99.803, 164.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-205-

SO4

21A-306-

HOH

31A-477-

HOH

41A-497-

HOH

51B-480-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-CAIR mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase


分子量: 18804.639 Da / 分子数: 2 / 変異: W34F, W165F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)
遺伝子: purE, AZ09_02690 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase

-
非ポリマー , 6種, 403分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-PGF / 2,5,8,11-TETRAOXATRIDECANE / 2,5,8,11-テトラオキサトリデカン


分子量: 192.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCL, 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月22日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 90070 / Num. obs: 90070 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 12.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 48.1
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2fw1

2fw1


解像度: 1.35→31.56 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1492 3547 3.94 %same as 2fw1
Rwork0.1401 ---
obs0.1405 89999 99.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→31.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2323 0 48 393 2764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112640
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1283625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1171011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.35-1.36850.2591250.23392983X-RAY DIFFRACTION86
1.3685-1.3880.21721320.20973268X-RAY DIFFRACTION96
1.388-1.40880.19671390.18933413X-RAY DIFFRACTION99
1.4088-1.43080.18351400.17733411X-RAY DIFFRACTION100
1.4308-1.45420.15661410.16173445X-RAY DIFFRACTION100
1.4542-1.47930.17751420.15353462X-RAY DIFFRACTION100
1.4793-1.50620.16951420.14463458X-RAY DIFFRACTION100
1.5062-1.53520.15991420.13823459X-RAY DIFFRACTION100
1.5352-1.56650.14541440.1363445X-RAY DIFFRACTION100
1.5665-1.60060.15991370.1373448X-RAY DIFFRACTION100
1.6006-1.63780.16241440.13553453X-RAY DIFFRACTION100
1.6378-1.67880.13371420.12783472X-RAY DIFFRACTION100
1.6788-1.72410.15491400.1353462X-RAY DIFFRACTION100
1.7241-1.77490.1721450.13273478X-RAY DIFFRACTION100
1.7749-1.83220.1847800.13673537X-RAY DIFFRACTION100
1.8322-1.89760.140720.13493592X-RAY DIFFRACTION100
1.8976-1.97360.1465350.1353599X-RAY DIFFRACTION100
1.9736-2.06340.14641970.13443405X-RAY DIFFRACTION100
2.0634-2.17220.13861690.13243496X-RAY DIFFRACTION100
2.1722-2.30820.13152110.13453435X-RAY DIFFRACTION100
2.3082-2.48640.14731770.13863454X-RAY DIFFRACTION100
2.4864-2.73650.16731690.14333506X-RAY DIFFRACTION100
2.7365-3.13210.18121940.1473493X-RAY DIFFRACTION100
3.1321-3.9450.12151800.12983553X-RAY DIFFRACTION100
3.945-31.56910.12931780.13593725X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1941-0.73330.03541.3564-1.96834.16880.0316-0.22730.27210.1880.04660.1975-0.0409-0.098-0.07030.1130.013-0.00240.1228-0.05530.1453-6.34229.09535.1745
27.21166.8503-0.17559.0221-0.24991.00320.1688-0.54070.02190.3254-0.2655-0.0850.0128-0.01210.08420.151-0.0045-0.01170.1771-0.02780.0968-0.541423.485741.0331
36.75163.56010.84782.48030.43180.11130.0913-0.28670.260.2418-0.11590.03190.0302-0.0160.02480.14310.005-0.01180.1456-0.05250.1191-8.213627.632836.0607
46.7175.3782-37.7532-2.9251.4753-0.06030.03490.4758-0.01620.09780.3167-0.0299-0.1128-0.03260.1010.0246-0.0140.1021-0.04240.1433-16.630930.498928.1704
51.4423-0.10730.31881.02280.38121.15-0.0352-0.04960.229-0.0862-0.04430.0564-0.1028-0.06710.05950.09950.0064-0.01350.0855-0.02330.1232-8.022626.863526.7846
62.0416-1.261-0.46837.2681-0.11554.75660.1027-0.4199-0.35460.7665-0.1221-0.3150.22830.04650.09060.1816-0.026-0.02370.15840.03640.1355-4.4745.850234.5125
71.46530.98180.40261.93770.30641.06620.0024-0.05590.06990.0602-0.0334-0.0023-0.06470.00280.02760.07210.0081-0.00120.0776-0.01430.07911.118322.016826.6405
84.3185-3.71082.06895.7994-1.49612.05190.00840.04530.117-0.10190.0123-0.0163-0.07020.0482-0.02230.123-0.0289-0.03280.1242-0.02620.121715.364632.202934.6586
97.8116-4.92232.95324.3846-3.70016.2981-0.0921-0.4164-0.40260.71310.14480.01350.47910.1885-0.07360.29160.0274-0.05950.1844-0.01470.144424.26714.525843.2396
103.9091-0.3645-0.21960.46651.12552.83150.01960.1790.2559-0.2623-0.01990.0035-0.23970.05010.04720.1387-0.0315-0.00780.1170.03170.093613.239928.179611.4794
112.6197-2.1506-2.41552.53492.58342.87660.03460.24150.1032-0.3027-0.09610.1296-0.1709-0.17890.05470.148-0.0177-0.03750.13860.01990.11446.460822.59355.8934
121.11-0.0635-0.09781.1266-0.17980.7608-0.01030.02510.1330.0017-0.0183-0.0623-0.11350.09180.03470.1183-0.022-0.01710.09330.00660.100516.501824.564617.5781
133.12242.05921.51552.6097-1.27984.8940.0070.3871-0.2498-0.6773-0.00740.25490.29450.0470.05990.19220.0129-0.02650.1469-0.02910.15125.76164.698612.1904
141.1851-0.66810.1142.2944-0.21871.2018-0.01630.00230.091-0.01260.0113-0.0105-0.08730.00880.00180.0657-0.0122-0.00380.0761-0.00310.07614.418621.770920.4677
158.93227.1981.6656.15511.01380.8853-0.04820.130.47680.09070.04350.308-0.1726-0.07460.03920.19840.0407-0.03810.11490.03250.1916-7.342334.917611.9903
165.19172.56422.59625.80152.91547.7542-0.20550.2517-0.2627-0.28550.14340.0040.27170.06350.08420.15330.00270.01760.14240.02270.1209-20.392916.2660.5716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 46 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 61 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 62 through 72 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 107 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 108 through 114 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 115 through 154 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 155 through 171 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 172 through 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 20 through 30 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 31 through 46 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 47 through 107 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 108 through 114 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 115 through 154 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 155 through 171 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 172 through 182 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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