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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yc1 | ||||||
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タイトル | Structure of the human TSG101-UEV domain in the P321 space group | ||||||
要素 | Tumor susceptibility gene 101 protein | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / UEV domain Ubiquitin binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of ubiquitin-dependent endocytosis / extracellular transport / ESCRT I complex / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / regulation of extracellular exosome assembly / viral budding / regulation of MAP kinase activity / exosomal secretion / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway ...positive regulation of viral budding via host ESCRT complex / positive regulation of ubiquitin-dependent endocytosis / extracellular transport / ESCRT I complex / negative regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / regulation of extracellular exosome assembly / viral budding / regulation of MAP kinase activity / exosomal secretion / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / membrane fission / positive regulation of exosomal secretion / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body assembly / Flemming body / virion binding / endosome to lysosome transport / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / viral budding via host ESCRT complex / autophagosome maturation / viral release from host cell / keratinocyte differentiation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / multivesicular body / HCMV Late Events / ubiquitin binding / regulation of cell growth / macroautophagy / Late endosomal microautophagy / protein modification process / Budding and maturation of HIV virion / transcription corepressor activity / calcium-dependent protein binding / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / regulation of cell cycle / endosome / cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / cell division / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
Model details | Crystals obtained at pH 4.5 | ||||||
データ登録者 | Camara-Artigas, A. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Structure of the human TSG101-UEV Domain 著者: Camara-Artigas, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yc1.cif.gz | 193.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yc1.ent.gz | 155.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yc1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yc1_validation.pdf.gz | 451.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4yc1_full_validation.pdf.gz | 454 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4yc1_validation.xml.gz | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yc1_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4yc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/4yc1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2f0rS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18241.164 Da / 分子数: 3 / 断片: UEV domain, residues 1-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSG101 / プラスミド: pRSETa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99816 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 % / 解説: hexagonal prism |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25% PEG4k, 0.2 Ammonium sulphate, 0.1 M Sodium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97779 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月23日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) channel-cut crystal monochromator and a pair of KB mirrors プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97779 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 8.6 % / 数: 381505 / Rmerge(I) obs: 0.059 / D res high: 2 Å / D res low: 19.67 Å / Num. obs: 44232 / % possible obs: 99.7 / Rejects: 110 | ||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2→19.67 Å / Num. obs: 44232 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 31.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 22.6 / Num. measured all: 381505 / Scaling rejects: 110 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2F0R 解像度: 2→19.67 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 21.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 160.51 Å2 / Biso mean: 48.8471 Å2 / Biso min: 17.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→19.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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