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- PDB-4yb9: Crystal structure of the Bovine Fructose transporter GLUT5 in an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yb9
タイトルCrystal structure of the Bovine Fructose transporter GLUT5 in an open inward-facing conformation
要素Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GLUT5 Transporter / Fructose / Bovine MFS / Open Inward-facing conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


Intestinal hexose absorption / regulation of systemic arterial blood pressure mediated by a chemical signal / fructose transmembrane transporter activity / fructose import across plasma membrane / fructose transmembrane transport / fructose binding / cellular response to fructose stimulus / response to fructose / Neutrophil degranulation / sarcolemma ...Intestinal hexose absorption / regulation of systemic arterial blood pressure mediated by a chemical signal / fructose transmembrane transporter activity / fructose import across plasma membrane / fructose transmembrane transport / fructose binding / cellular response to fructose stimulus / response to fructose / Neutrophil degranulation / sarcolemma / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fructose transporter, type 5 (GLUT5) / Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Growth Hormone; Chain: A; ...Fructose transporter, type 5 (GLUT5) / Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Growth Hormone; Chain: A; / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Verdon, G. / Kang, H.J. / Iwata, S. / Drew, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/G02325/1 英国
Wellcome Trust062164/Z/00/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure and mechanism of the mammalian fructose transporter GLUT5.
著者: Nomura, N. / Verdon, G. / Kang, H.J. / Shimamura, T. / Nomura, Y. / Sonoda, Y. / Hussien, S.A. / Qureshi, A.A. / Coincon, M. / Sato, Y. / Abe, H. / Nakada-Nakura, Y. / Hino, T. / Arakawa, T. ...著者: Nomura, N. / Verdon, G. / Kang, H.J. / Shimamura, T. / Nomura, Y. / Sonoda, Y. / Hussien, S.A. / Qureshi, A.A. / Coincon, M. / Sato, Y. / Abe, H. / Nakada-Nakura, Y. / Hino, T. / Arakawa, T. / Kusano-Arai, O. / Iwanari, H. / Murata, T. / Kobayashi, T. / Hamakubo, T. / Kasahara, M. / Iwata, S. / Drew, D.
履歴
登録2015年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9461
ポリマ－52,9461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.610, 112.150, 139.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 5 / Fructose transporter / Glucose transporter type 5 / small intestine / GLUT-5


分子量: 52946.023 Da / 分子数: 1 / 変異: N51A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SLC2A5, GLUT5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P58353

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.69 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: PEG 300, Hepes, Lithium Sulfate, Sodium Chloride, HEGA-10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→33.317 Å / Num. obs: 13346 / % possible obs: 66.99 % / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1951)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rat GLUT5 crystal structure

解像度: 3.2→33.317 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.04 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 1331 9.97 %
Rwork0.2368 --
obs0.2388 13346 66.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→33.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3379 0 0 0 3379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0741208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004581
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2005-3.31480.3655280.3285223X-RAY DIFFRACTION13
3.3148-3.44740.3488440.2995335X-RAY DIFFRACTION19
3.4474-3.60410.3242600.2723487X-RAY DIFFRACTION28
3.6041-3.79390.2511870.2477721X-RAY DIFFRACTION41
3.7939-4.03120.29211240.24261175X-RAY DIFFRACTION66
4.0312-4.34180.24081960.21651793X-RAY DIFFRACTION100
4.3418-4.77760.24942030.18321764X-RAY DIFFRACTION100
4.7776-5.46630.21251960.18921808X-RAY DIFFRACTION100
5.4663-6.8770.28511890.25671845X-RAY DIFFRACTION100
6.877-33.3190.26262040.26741864X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.9302 Å / Origin y: -11.3213 Å / Origin z: -36.1469 Å
111213212223313233
T0.8499 Å20.0769 Å2-0.0054 Å2-0.7974 Å20.0794 Å2--0.9795 Å2
L4.4359 °2-0.6924 °22.5774 °2-13.4355 °20.7271 °2--8.6792 °2
S0.077 Å °-0.1985 Å °0.0655 Å °-0.269 Å °-0.4498 Å °1.7636 Å °-0.0068 Å °-0.8322 Å °0.0701 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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