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万見
- PDB-4yb0: 3',3'-cGAMP riboswitch bound with c-di-GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yb0
タイトル3',3'-cGAMP riboswitch bound with c-di-GMP
要素RNA (84-MER)
キーワードRNA / riboswitch / 3' / 3'-cGAMP / spinach / RNA structure / c-di-GMP
機能・相同性Chem-C2E / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Geobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.121 Å
データ登録者Ren, A.M. / Patel, D.J. / Rajashankar, R.K.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Molecular Discrimination by a 3',3'-cGAMP Sensing Riboswitch.
著者: Ren, A. / Wang, X.C. / Kellenberger, C.A. / Rajashankar, K.R. / Jones, R.A. / Hammond, M.C. / Patel, D.J.
履歴
登録2015年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (84-MER)
A: RNA (84-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,13513
ポリマ－53,6682
非ポリマー2,46711
水75742
1
R: RNA (84-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1198
ポリマ－26,8341
非ポリマー1,2857
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: RNA (84-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0165
ポリマ－26,8341
非ポリマー1,1824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.829, 44.901, 68.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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RNA鎖 , 1種, 2分子 RA

#1: RNA鎖 RNA (84-MER)


分子量: 26834.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geobacter (バクテリア) / 遺伝子: AE017180.2
発現宿主: in vitro transcription vector pT7-Fluc(deltai) (その他)

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非ポリマー , 5種, 53分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Na/K-phosphate, pH 6.2-6.6, 0.2 M NaCl and 40-45% PEG400
PH範囲: 6.2-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→85.1 Å / Num. obs: 28937 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.12→2.24 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YAZ

4yaz


解像度: 2.121→85.1 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 1466 5.07 %
Rwork0.228 --
obs0.2297 28916 97.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.121→85.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3616 99 42 3757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4576470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7392052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.121-2.19720.37131510.3562677X-RAY DIFFRACTION97
2.1972-2.28520.35711570.33942710X-RAY DIFFRACTION98
2.2852-2.38920.39831590.35082695X-RAY DIFFRACTION97
2.3892-2.51520.39381320.33952774X-RAY DIFFRACTION99
2.5152-2.67280.34151280.3252748X-RAY DIFFRACTION99
2.6728-2.87910.34031370.33212741X-RAY DIFFRACTION98
2.8791-3.16890.3021500.26492785X-RAY DIFFRACTION99
3.1689-3.62740.26491480.20322747X-RAY DIFFRACTION97
3.6274-4.57020.20521630.18432777X-RAY DIFFRACTION98
4.5702-85.12710.20591410.17282796X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 161.1264 Å / Origin y: 34.9699 Å / Origin z: 150.5993 Å
111213212223313233
T0.4339 Å20.0343 Å20.1348 Å2-0.4342 Å2-0.0701 Å2--0.4793 Å2
L0.6981 °2-0.3071 °20.9327 °2-0.9247 °2-0.3079 °2--1.7555 °2
S-0.0342 Å °-0.0705 Å °0.1592 Å °-0.0499 Å °-0.0721 Å °0.0709 Å °-0.325 Å °-0.3889 Å °0.0925 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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