PDB-4yaa: YopH W354Y Yersinia enterocolitica PTPase apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yaa

タイトル

YopH W354Y Yersinia enterocolitica PTPase apo form

要素

Tyrosine-protein phosphatase YopH

キーワード

HYDROLASE / phosphatase / PTP

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Moise, G.E. / Johnson, S.J. / Hengge, A.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Conservative Tryptophan Mutants of the Protein Tyrosine Phosphatase YopH Exhibit Impaired WPD-Loop Function and Crystallize with Divanadate Esters in Their Active Sites.
著者: Moise, G. / Gallup, N.M. / Alexandrova, A.N. / Hengge, A.C. / Johnson, S.J.

履歴

登録	2015年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yaa.cif.gz	189.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yaa.ent.gz	152.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yaa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yaa_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yaa_full_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示
XML形式データ	4yaa_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4yaa_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yaa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4yaa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z6bC 4zi4C 4zn5C 3f99S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z6b-d 3d9w-3 1m73-d 3d9w-1 3zsc-d 2i82-2 2aam-6 4nig-d 6bb7-d 3w67-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (12) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein phosphatase YopH

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.888, 60.512, 89.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Tyrosine-protein phosphatase YopH / Virulence protein 分子量: 33530.848 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 164-468 / 変異: C235R, W354Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica (腸炎エルシニア) 遺伝子: yopH, yop51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P15273, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.31 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: peg 3350, HEPES / PH範囲: 6.5-7.5 / Temp details: constant temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 194 K / Ambient temp details: under liquid nitrogen
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-3 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→50 Å / Num. obs: 133901 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 48.3
反射シェル	解像度: 1.05→1.09 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
AUTOMAR		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F99

3f99

解像度: 1.05→34.13 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.14	6728	5.03 %
R_work	0.128	-	-
obs	0.129	133795	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.62 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.5397 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.7999 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2602 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→34.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2164	0	9	447	2620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2469
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.317	3410
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.415	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	397
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.0493-1.0613	0.1933	209	0.1769	4065	X-RAY DIFFRACTION	97
1.0613-1.0737	0.1972	238	0.1648	4195	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0737-1.0868	0.1548	228	0.1376	4181	X-RAY DIFFRACTION	100
1.0868-1.1006	0.1353	224	0.1248	4244	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1006-1.1151	0.1344	233	0.1145	4165	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1151-1.1304	0.1185	227	0.1117	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1304-1.1465	0.127	219	0.1019	4220	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1465-1.1636	0.128	226	0.1012	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1636-1.1818	0.1147	226	0.104	4190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1818-1.2012	0.1178	212	0.0987	4228	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2012-1.2219	0.1107	234	0.0992	4186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2219-1.2441	0.1151	215	0.1022	4191	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2441-1.268	0.125	220	0.1083	4237	X-RAY DIFFRACTION	100
1.268-1.2939	0.1213	219	0.1034	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2939-1.3221	0.1451	204	0.1038	4217	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3221-1.3528	0.1188	256	0.0995	4192	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3528-1.3867	0.1294	235	0.1052	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3867-1.4241	0.1209	213	0.1023	4228	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4241-1.4661	0.1231	195	0.1024	4298	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4661-1.5134	0.1292	211	0.1015	4245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5134-1.5675	0.1294	223	0.102	4231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5675-1.6302	0.1038	194	0.1029	4280	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6302-1.7044	0.128	231	0.1113	4245	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7044-1.7943	0.126	237	0.1193	4282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7943-1.9067	0.1528	213	0.1253	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9067-2.0539	0.1257	238	0.1197	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0539-2.2605	0.1344	240	0.1242	4297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2605-2.5875	0.1585	237	0.1366	4336	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5875-3.2596	0.1401	241	0.1492	4355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2596-34.1484	0.1716	230	0.1708	4335	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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