PDB-4ya6: Crystal structure of LigO-apo form from Sphingobium sp. strain SYK-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ya6

タイトル

Crystal structure of LigO-apo form from Sphingobium sp. strain SYK-6

要素

C alpha-dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase/reductase SDR family

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.799 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / McAndrew, R.P. / Heins, R.A. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Early and Late Enzymes in the Lignin beta-Aryl Ether Cleavage Pathway from Sphingobium sp. SYK-6.
著者: Pereira, J.H. / Heins, R.A. / Gall, D.L. / McAndrew, R.P. / Deng, K. / Holland, K.C. / Donohue, T.J. / Noguera, D.R. / Simmons, B.A. / Sale, K.L. / Ralph, J. / Adams, P.D.

履歴

登録	2015年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ya6.cif.gz	164.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ya6.ent.gz	132.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ya6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ya6_validation.pdf.gz	418.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ya6_full_validation.pdf.gz	419.8 KB	表示
XML形式データ	4ya6_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	4ya6_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4ya6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/4ya6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y98C 4y9dC 4yacC 4yaeC 4yagC 4yaiC 4yapC 4yavC 4yam 4yan C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4yac-1 2eic-d 1gog-d 2eie-d 3out-2 2eid-d 2eib-d 4uf0-1 4yq1-1 2jkx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: C alpha-dehydrogenase

32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C alpha-dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.229, 79.229, 72.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	C alpha-dehydrogenase / Calpha-dehydrogenase 分子量: 32761.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingobium sp. SYK-6 (バクテリア) 遺伝子: ligO, SLG_35880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0SUK3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Ammonium Citrate, 0.1 M MES pH 5.5, 20% PEG 3,350, 5% Isopropanol PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 24752 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 % / Net I/σ(I): 46.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.799→50 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2064	1934	8.14 %
R_work	0.1777	-	-
obs	0.18	23770	96.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.799→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2076	0	0	142	2218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2115
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.773	2861
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.094	781
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	315
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7992-1.8442	0.3095	121	0.2517	1373	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8442-1.894	0.2914	123	0.229	1419	X-RAY DIFFRACTION	89
1.894-1.9498	0.2592	133	0.2068	1451	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9498-2.0127	0.2239	131	0.2051	1512	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0127-2.0846	0.2464	136	0.198	1556	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0846-2.1681	0.2337	142	0.1856	1546	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1681-2.2668	0.2384	142	0.1988	1582	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2668-2.3863	0.2251	137	0.1807	1589	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3863-2.5358	0.2352	140	0.1927	1576	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5358-2.7316	0.2481	141	0.1819	1601	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7316-3.0064	0.2001	144	0.1921	1606	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0064-3.4414	0.1714	146	0.1709	1650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4414-4.3354	0.1755	148	0.15	1647	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3354-49.7511	0.1974	150	0.171	1728	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2757	-0.1401	-0.9392	1.274	0.3139	2.6629	-0.0591	-0.4988	-0.0368	0.1837	0.0507	0.1177	-0.1882	-0.3471	-0.0166	0.2329	0.0682	0.0102	0.3779	0.0169	0.1746	7.4075	36.7907	22.5982
2	1.1072	-0.4056	-0.2505	1.1089	0.3063	3.9864	-0.0732	-0.1396	-0.0585	0.0023	0.0101	0.0827	-0.4523	-0.3402	0.0579	0.1513	0.0382	0.0084	0.2191	0.0122	0.2456	8.6233	33.4781	6.9689
3	1.2064	-0.1051	-0.3329	1.0047	0.4695	2.4146	0.0245	-0.1856	-0.1899	0.0291	0.0108	0.0978	0.0257	-0.0734	0.002	0.1924	0.0197	0.0056	0.2461	0.0261	0.291	13.2505	27.5194	7.4412
4	4.4146	-1.0153	1.5402	1.1483	-0.2513	3.1519	-0.0302	-0.1331	-0.281	0.0911	0.0251	0.3025	0.2237	-0.5463	0.1517	0.2213	-0.0412	0.0162	0.3182	0.0693	0.3978	1.252	22.5015	8.8532
5	1.3781	-0.9416	-0.4208	2.0683	2.2454	4.8024	-0.0095	-0.0939	-0.5903	0.0277	-0.13	0.3275	0.374	-0.5383	0.1187	0.3004	-0.115	0.0395	0.344	0.0561	0.5289	2.29	14.9871	6.968
6	5.5629	-1.9143	1.2895	6.1751	-2.3558	6.4495	0.4857	-0.4317	-0.284	-0.5034	0.0494	0.5938	0.6298	0.5907	0.1935	0.7197	0.0054	0.2193	0.5601	-0.168	0.9473	24.2541	-5.9648	-5.6452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 104 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 105 through 174 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 175 through 230 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 231 through 273 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 274 through 295 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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