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万見
- PDB-4y9w: Aspartic Proteinase Sapp2 Secreted from Candida Parapsilosis at 0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y9w
タイトルAspartic Proteinase Sapp2 Secreted from Candida Parapsilosis at 0.82 A Resolution.
要素
  • Aspartic acid endopeptidase Sapp2
  • PEPTIDE
キーワードHYDROLASE / Candidapepsin / Aspartic Acid Endopeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


candidapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Secreted aspartic endopeptidase / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Secreted aspartic endopeptidase / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pepstatin / candidapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Candida parapsilosis (酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.83 Å
データ登録者Dostal, J. / Brynda, J. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Rezacova, P. / Mareckova, L. / Pichova, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Atomic resolution crystal structure of Sapp2p, a secreted aspartic protease from Candida parapsilosis.
著者: Dostal, J. / Pecina, A. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Mareckova, L. / Pichova, I. / Rezacova, P. / Lepsik, M. / Brynda, J.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Non-polymer description
改定 1.22019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartic acid endopeptidase Sapp2
B: PEPTIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1612
ポリマ－36,1612
非ポリマー00
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.260, 57.660, 54.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aspartic acid endopeptidase Sapp2


分子量: 35474.992 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 72-405 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Candida parapsilosis (酵母) / 参照: UniProt: G8B6Y8
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE


タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 685.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Pepstatin
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.825→11.368 Å / Num. all: 261700 / Num. obs: 261700 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 8.1 % / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.087 / Net I/av σ(I): 4.512 / Net I/σ(I): 13.2 / Num. measured all: 2124055
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
0.82-0.853.10.3781.843021137050.2890.378265.5
0.85-0.874.70.3282.280124171580.1890.3283.184.6
0.87-0.895.90.3012.3102728172870.1460.3014.186.8
0.89-0.927.10.2482.8125889176870.1060.2485.492
0.92-0.957.60.2053.4134284177550.0840.2056.794.9
0.95-0.998.10.1753.9139768172470.0680.1758.195.6
0.99-1.028.40.1514.4141135168020.0580.1519.596.3
1.02-1.078.90.135143641162210.0480.1311.796.8
1.07-1.119.50.1185.4148134156690.0420.11813.697.3
1.11-1.179.50.1095.8142989150490.0380.10915.297.7
1.17-1.239.50.1026.1137472144090.0360.10216.198.2
1.23-1.39.60.1046130937136810.0360.10416.898.7
1.3-1.399.60.1065.8124152129040.0370.10617.899.1
1.39-1.519.70.16.1116732120920.0350.119.699.4
1.51-1.659.70.0986.3108350111650.0340.0982299.7
1.65-1.849.70.0797.698402100990.0270.07925.399.9
1.84-2.139.70.0718.38700689740.0250.0713199.9
2.13-2.619.30.06796991375220.0250.06733.899.1
2.61-3.698.10.0718.73879947820.0290.07132.581.4
3.69-11.3767.10.0738.41057914920.030.07326.644.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化解像度: 0.83→11.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / WRfactor Rfree: 0.128 / WRfactor Rwork: 0.1197 / FOM work R set: 0.949 / SU B: 0.225 / SU ML: 0.007 / SU R Cruickshank DPI: 0.0119 / SU Rfree: 0.012 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.012 / ESU R Free: 0.012 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1245 13247 5.1 %RANDOM
Rwork0.1169 ---
obs0.1173 248399 92.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.06 Å2 / Biso mean: 8.509 Å2 / Biso min: 2.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0.11 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.83→11.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 0 0 365 2861
Biso mean---19.19 -
残基数----340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.022801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9131.9673861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5023.0024527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4345393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95325.702114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.1415427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.22157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02538
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.96832777
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.367553
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.40552962
LS精密化 シェル解像度: 0.825→0.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 688 -
Rwork0.409 12537 -
all-13225 -
obs--63.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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