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- PDB-4y97: Crystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y97
タイトルCrystal Structure of human Pol alpha B-subunit in complex with C-terminal domain of catalytic subunit
要素
  • DNA polymerase alpha catalytic subunit
  • DNA polymerase alpha subunit B
キーワードTRANSFERASE / human DNA polymerase alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / Polymerase switching / alpha DNA polymerase:primase complex / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / DNA replication, synthesis of primer ...DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / regulation of type I interferon production / Polymerase switching / alpha DNA polymerase:primase complex / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / DNA replication, synthesis of primer / lagging strand elongation / mitotic DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / Activation of the pre-replicative complex / Defective pyroptosis / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / protein import into nucleus / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase alpha, zinc finger / Hypothetical protein af0941 / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily ...DNA Polymerase alpha, zinc finger / Hypothetical protein af0941 / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / : / DNA polymerase alpha subunit B, OB domain / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA polymerase alpha subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Suwa, Y. / Gu, J. / Baranovskiy, A.G. / Babayeva, N.D. / Tahirov, T.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM101167 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Human Pol alpha B Subunit in Complex with the C-terminal Domain of the Catalytic Subunit.
著者: Suwa, Y. / Gu, J. / Baranovskiy, A.G. / Babayeva, N.D. / Pavlov, Y.I. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2015年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase alpha subunit B
B: DNA polymerase alpha catalytic subunit
C: DNA polymerase alpha subunit B
D: DNA polymerase alpha catalytic subunit
E: DNA polymerase alpha subunit B
F: DNA polymerase alpha catalytic subunit
G: DNA polymerase alpha subunit B
H: DNA polymerase alpha catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,35116
ポリマ－348,8278
非ポリマー5238
水3,639202
1
A: DNA polymerase alpha subunit B
B: DNA polymerase alpha catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3384
ポリマ－87,2072
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area27500 Å2
手法PISA
2
C: DNA polymerase alpha subunit B
D: DNA polymerase alpha catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3384
ポリマ－87,2072
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
3
E: DNA polymerase alpha subunit B
F: DNA polymerase alpha catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3384
ポリマ－87,2072
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27810 Å2
手法PISA
4
G: DNA polymerase alpha subunit B
H: DNA polymerase alpha catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3384
ポリマ－87,2072
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.593, 137.135, 132.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA polymerase alpha subunit B / DNA polymerase alpha 70 kDa subunit


分子量: 66015.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 / 参照: UniProt: Q14181
#2: タンパク質
DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA polymerase alpha catalytic subunit p180


分子量: 21191.299 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 1265-1444 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA1, POLA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta-2 / 参照: UniProt: P09884, DNA-directed DNA polymerase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 % / 解説: elongated plate
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: The diffraction quality crystals are growing in 2-3 weeks in 100 mM ammonium acetate, 50 mM Na citrate pH 5.6, 10 - 10.4% w/v PEG 4000, 2 mM TCEP and 50 mM guanidine HCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 116900 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 13.35
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FLO

3flo


解像度: 2.51→47.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Data cutoff high absF: 3140059.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 5894 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 116874 94.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.1168 Å2 / ksol: 0.324432 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å22.32 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---0.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.79 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→47.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 0 0 0
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 868 5.2 %
Rwork0.416 15819 -
obs--80.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1../TOPPAR/protein_rep.param../TOPPAR/protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR/dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3../TOPPAR/water_rep.param../TOPPAR/water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR/carbohydrate.paramCNS_TOPPAR/carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION5../TOPPAR/ion.paramCNS_TOPPAR/ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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