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万見
- PDB-4y8d: Crystal structure of Cyclin-G associated kinase (GAK) complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y8d
タイトルCrystal structure of Cyclin-G associated kinase (GAK) complexed with selective 12i inhibitor
要素
  • Cyclin-G-associated kinase
  • nanobody
キーワードTRANSFERASE / kinase / nanobody / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin coat assembly / Golgi to lysosome transport / synaptic vesicle uncoating / protein localization to Golgi apparatus / clathrin coat assembly / clathrin coat disassembly / clathrin-dependent endocytosis / endoplasmic reticulum organization / clathrin-coated vesicle / clathrin binding ...regulation of clathrin coat assembly / Golgi to lysosome transport / synaptic vesicle uncoating / protein localization to Golgi apparatus / clathrin coat assembly / clathrin coat disassembly / clathrin-dependent endocytosis / endoplasmic reticulum organization / clathrin-coated vesicle / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Golgi organization / : / intracellular transport / receptor-mediated endocytosis / cyclin binding / protein localization to plasma membrane / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / vesicle / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain ...Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-49J / Cyclin-G-associated kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Heroven, C. / Nowak, R. / De Jonghe, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Selective Inhibitors of Cyclin G Associated Kinase (GAK) as Anti-Hepatitis C Agents.
著者: Kovackova, S. / Chang, L. / Bekerman, E. / Neveu, G. / Barouch-Bentov, R. / Chaikuad, A. / Heroven, C. / Sala, M. / De Jonghe, S. / Knapp, S. / Einav, S. / Herdewijn, P.
履歴
登録2015年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年5月6日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-G-associated kinase
C: nanobody
B: Cyclin-G-associated kinase
D: nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,53311
ポリマ－106,5384
非ポリマー9957
水7,098394
1
A: Cyclin-G-associated kinase
C: nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7365
ポリマ－53,2692
非ポリマー4673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cyclin-G-associated kinase
D: nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7986
ポリマ－53,2692
非ポリマー5294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.706, 68.703, 89.868
Angle α, β, γ (deg.)109.70, 95.08, 99.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLUAA27 - 33316 - 322
21ASPASPGLUGLUBC27 - 33316 - 322
12GLNGLNVALVALCB1 - 1191 - 119
22GLNGLNVALVALDD1 - 1191 - 119

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Cyclin-G-associated kinase


分子量: 38183.551 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 14-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAK / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 pRARE2
参照: UniProt: O14976, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 nanobody


分子量: 15085.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lama glama (ラマ)
#3: 化合物 ChemComp-49J / 2-methoxy-4-[3-(morpholin-4-yl)[1,2]thiazolo[4,3-b]pyridin-6-yl]aniline / 2-メトキシ-4-(3-モルホリノイソチアゾロ[4,3-b]ピリジン-6-イル)アニリン


分子量: 342.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N4O2S
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 9% Broad-molecular weight PEG Smears (BMW PEG smears), 0.1M MES pH 6.2, 0.15M calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.58 Å / Num. obs: 45797 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C58

4c58


解像度: 2.1→43.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.053 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23154 2310 5 %RANDOM
Rwork0.19234 ---
obs0.19432 43487 94.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6 Å20.31 Å2-0.64 Å2
2--0.5 Å2-0.55 Å2
3----1.93 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.342 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→43.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5909 0 68 394 6371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.025891
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9688339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.893.00313511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8535779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14123.714280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.354151055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6351549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3051.7783074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3051.7783073
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2312.653834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2312.653835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6452.033090
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6422.033090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6172.9614495
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.2615.5116983
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.25915.5166984
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A164180.03
12B164180.03
21C65860.04
22D65860.04
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 163 -
Rwork0.279 3132 -
obs--93.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8571-0.00610.60093.0363-0.74954.1270.1485-0.0389-0.4099-0.22540.00290.13091.3716-0.272-0.15140.7410.0469-0.02820.37-0.17710.422231.919747.2778-70.9393
21.3163-0.84380.09842.29850.56763.7512-0.0322-0.0774-0.15890.0650.02440.2340.619-0.10420.00780.18020.01610.01460.1841-0.13660.167528.491365.3621-53.2098
39.97020.1680.48695.13541.57634.71250.0091-1.0710.4913-0.22410.0753-0.1394-0.98090.0719-0.08440.7880.06670.00260.3936-0.08050.548830.310297.3901-85.4437
41.07590.35030.29011.71391.09853.6705-0.0639-0.00910.2144-0.06610.00280.1565-0.7277-0.04910.06120.2360.0724-0.04080.1431-0.11550.193429.137974.8334-95.6231
53.06610.86581.26322.26421.03812.8085-0.15570.26680.2612-0.01210.0529-0.1875-0.07990.23620.10270.02680.0129-0.02690.187-0.11580.225440.638891.3684-46.6586
63.0341-0.5752-0.8322.01120.58212.902-0.0944-0.1966-0.4079-0.05460.003-0.20880.01110.18230.09140.0160.0398-0.00870.1642-0.1230.272940.664544.7959-107.1691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2A119 - 333
3X-RAY DIFFRACTION3B27 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4B50 - 333
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6D1 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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