PDB-4y7k: Structure of an archaeal mechanosensitive channel in closed state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y7k

タイトル

Structure of an archaeal mechanosensitive channel in closed state

要素

Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / mechanosensitive channel /

mechanosensation

機能・相同性

機能・相同性情報

riboflavin synthase /

riboflavin synthase activity /

riboflavin synthase complex / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / riboflavin biosynthetic process / monoatomic ion transport /

生体膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌)

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Li, J. / Liu, Z.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Mechanical coupling of the multiple structural elements of the large-conductance mechanosensitive channel during expansion
著者: Li, J. / Guo, J. / Ou, X. / Zhang, M. / Li, Y. / Liu, Z.

履歴

登録	2015年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y7k.cif.gz	237.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y7k.ent.gz	191.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/4y7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y7jC 2b98S 2oarS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dmz-1 6rti-1 4p9s-d 4paa-d 5ujt-d 3bz8-2 2nty-d 6hf1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (4) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase

B: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase

C: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase

D: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase

E: Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase

153 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.292, 140.368, 182.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	3 - 244
2	1	B	3 - 244
1	2	A	3 - 242
2	2	C	3 - 242
1	3	A	3 - 244
2	3	D	3 - 244
1	4	A	3 - 243
2	4	E	3 - 243
1	5	B	3 - 242
2	5	C	3 - 242
1	6	B	3 - 244
2	6	D	3 - 244
1	7	B	3 - 243
2	7	E	3 - 243
1	8	C	3 - 242
2	8	D	3 - 242
1	9	C	3 - 242
2	9	E	3 - 242
1	10	D	3 - 243
2	10	E	3 - 243

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
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5
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7
8
9
10

#1: タンパク質	Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase / MscL 分子量: 30608.977 Da / 分子数: 5 / 変異: K101 deletion / 由来タイプ: 組換発現詳細: chimera of Large conductance mechanosensitive channel protein and Riboflavin synthase 由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌), (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌) 株: C2A, DSM 2661 / 遺伝子: MA_2285, ribC, MJ1184 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8TNK0, UniProt: Q58584

#1: タンパク質

Large conductance mechanosensitive channel protein,Riboflavin synthase / MscL

分子量: 30608.977 Da / 分子数: 5 / 変異: K101 deletion / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chimera of Large conductance mechanosensitive channel protein and Riboflavin synthase
由来: (組換発現)

Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌), (組換発現)

Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: C2A, DSM 2661 / 遺伝子: MA_2285, ribC, MJ1184 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8TNK0, UniProt: Q58584

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.06 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3 / 詳細: 7% PEG4000, 0.4M NH4SCN, 0.1M Citric acid(pH7.3)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 27942 / Num. obs: 27942 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 26.2
反射シェル	解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OAR, 2B98

2oar

2b98

解像度: 3.5→42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 50.294 / SU ML: 0.709 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.596 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28709	1455	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25949	-	-	-
obs	0.26085	27306	99.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 170.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.5 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	12.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9218	0	0	0	9218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	9406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.98	12743
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.569	5	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.137	25.109	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.458	15	1654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.061	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6784
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.545	17.429	4858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.805	26.142	6060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.171	18.016	4548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	18.477		39805
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	107	-
R_work	0.401	1981	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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