PDB-4y6m: Structure of plasmepsin II from Plasmodium falciparum complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y6m

タイトル

Structure of plasmepsin II from Plasmodium falciparum complexed with inhibitor PG418

要素

Plasmepsin-2

キーワード

HYDROLASE / plasmepsin II Hydroxyethylamine-basd Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Recacha, R. / Akopjana, I. / Tars, K. / Jaudzems, K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structures of plasmepsin II from Plasmodium falciparum in complex with two hydroxyethylamine-based inhibitors.
著者: Recacha, R. / Leitans, J. / Akopjana, I. / Aprupe, L. / Trapencieris, P. / Jaudzems, K. / Jirgensons, A. / Tars, K.

履歴

登録	2015年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y6m.cif.gz	409.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y6m.ent.gz	337.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y6m_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y6m_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	4y6m_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	4y6m_validation.cif.gz	58.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/4y6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/4y6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ya8C 2bjuS 4cku S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ya8-4 4ya8-2 2igy-2 4ya8-1 4ya8-3 5yia-d 3zh8-3 2b3f-5 4z22-2 4gdn-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Plasmepsin-2

B: Plasmepsin-2

C: Plasmepsin-2

ヘテロ分子

113 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Plasmepsin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Plasmepsin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Plasmepsin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.220, 104.600, 111.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	chain A	A	A	1 - 329	1 - 329
2	chain B	B	B	2 - 329	2 - 329
3	chain C	C	C	1 - 329	1 - 329

#1: タンパク質	Plasmepsin-2 / Aspartic hemoglobinase II / PFAPD 分子量: 36953.734 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 125-453 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46925, plasmepsin II
#2: 化合物	ChemComp-48Q / ~{N}1-[(~{Z},3~{R})-4-[2-(3-methoxyphenyl)propan-2-ylamino]-3-oxidanyl-1-phenyl-but-1-en-2-yl]-5-piperidin-1-yl-~{N}3,~{N}3-dipropyl-benzene-1,3-dicarboxamide 分子量: 640.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₅₂N₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Sodium citrate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

MAX II

/ ビームライン: I711 / 波長: 0.972 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.972 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→77.218 Å / Num. all: 45010 / Num. obs: 45010 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.16 / R_sym value: 0.148 / Net I/av σ(I): 4.929 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 320286

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.27-2.39	6.1	0.71	1.1	39146	6470	0.31	0.71	2.6	99.9
2.39-2.53	7.3	0.565	1.3	44528	6136	0.224	0.565	3.6	100
2.53-2.71	7.4	0.424	1.8	42707	5791	0.167	0.424	4.9	100
2.71-2.92	7.4	0.29	2.6	39651	5373	0.114	0.29	6.9	100
2.92-3.2	7.4	0.195	3.9	36801	4985	0.077	0.195	9.9	100
3.2-3.58	7.4	0.113	6.7	33367	4535	0.044	0.113	15.4	100
3.58-4.14	7.3	0.07	10.6	29423	4009	0.028	0.07	22	100
4.14-5.06	7.3	0.053	12.6	25012	3435	0.021	0.053	28.7	100
5.06-7.16	7.1	0.076	8.3	19208	2689	0.03	0.076	24.7	100
7.16-81.22	6.6	0.03	20.1	10443	1587	0.012	0.03	29.1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BJU

2bju

解像度: 2.27→64.152 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2191	2286	5.09 %
R_work	0.1716	42647	-
obs	0.1741	44933	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.02 Å² / B_iso mean: 31.681 Å² / B_iso min: 8.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.27→64.152 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7815	0	177	383	8375
B_iso mean	-	-	51.16	32.54	-
残基数	-	-	-	-	986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8321
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.236	11331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1251
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.207	3012

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4515	X-RAY DIFFRACTION	7.979	TORSIONAL
1	2	B	4515	X-RAY DIFFRACTION	7.979	TORSIONAL
1	3	C	4515	X-RAY DIFFRACTION	7.979	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.265-2.3143	0.304	148	0.2592	2614	2762
2.3143-2.3681	0.2824	152	0.2447	2597	2749
2.3681-2.4273	0.2789	159	0.2239	2617	2776
2.4273-2.493	0.2673	130	0.2148	2648	2778
2.493-2.5663	0.2624	138	0.2127	2639	2777
2.5663-2.6492	0.2727	126	0.212	2643	2769
2.6492-2.7439	0.2755	148	0.1996	2625	2773
2.7439-2.8537	0.2324	148	0.1879	2643	2791
2.8537-2.9836	0.2215	138	0.1831	2657	2795
2.9836-3.1409	0.2052	134	0.1684	2669	2803
3.1409-3.3377	0.2199	137	0.1621	2666	2803
3.3377-3.5953	0.1829	119	0.1516	2698	2817
3.5953-3.9571	0.1791	135	0.1408	2681	2816
3.9571-4.5296	0.1857	182	0.1356	2657	2839
4.5296-5.7063	0.185	131	0.1333	2743	2874
5.7063-64.1772	0.2134	161	0.1688	2850	3011

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8402	0.677	1.0963	1.1406	-0.1551	2.6983	-0.006	-0.155	0.0895	0.0133	-0.054	0.0566	0.0712	-0.3167	0.0356	0.1018	0.028	0.0449	0.1466	-0.0037	0.1113	27.7164	-23.0258	-48.218
2	0.8207	0.7258	-1.0273	0.7659	-0.785	3.0604	0.0205	-0.1375	0.046	0.1073	-0.0431	-0.0788	0.1559	0.2952	0.0319	0.1531	0.0202	-0.0135	0.1711	-0.0176	0.1895	40.9839	-27.967	-27.6821
3	8.1523	-1.1736	-2.1	1.35	-1.9806	4.7871	-0.1396	0.5601	-0.5402	-0.1473	0.3654	0.5043	0.009	-0.7317	-0.0604	0.2445	0.0528	0.0236	0.2833	0.0161	0.2177	26.3169	-1.4136	-9.0684
4	2.4223	0.6494	-1.2211	2.1668	0.233	2.3589	0.0219	0.0054	-0.097	-0.1083	-0.0532	-0.1587	-0.0559	0.1827	0.0156	0.1543	0.004	-0.0094	0.0881	0.0199	0.1092	37.5763	-0.8688	-5.0593
5	1.2164	0.5021	-0.1182	1.7826	1.0405	1.3322	0.0524	-0.0505	-0.0864	0.1577	-0.1116	0.1003	0.1541	-0.1083	0.0546	0.1916	-0.0045	-0.0005	0.1623	0.0174	0.1105	18.4696	-15.829	4.548
6	1.9572	-0.8885	-0.8982	2.6252	0.8826	2.3752	0.2831	0.0454	0.636	-0.0926	-0.0514	-0.3097	-0.4408	0.0053	-0.1602	0.2986	-0.0007	0.0892	0.1981	0.0874	0.3364	-7.1959	-12.8718	-21.7353
7	2.8885	-0.4806	0.1566	0.6291	0.0645	1.3696	0.0847	0.1641	-0.1183	-0.0138	-0.0122	-0.035	-0.038	-0.0851	-0.0635	0.2152	-0.0274	0.043	0.1565	0.0297	0.1453	3.0787	-32.4179	-28.6438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 177 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 178 through 329 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 22 )	B
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 23 through 177 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 178 through 329 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 1 through 201 )	C
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 202 through 329 )	C

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