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- PDB-4y63: AAGlyB in complex with amino-acid analogues -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y63
タイトルAAGlyB in complex with amino-acid analogues
要素Histo-blood group ABO system transferase
キーワードTRANSFERASE / AAGlyB / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-48O / Chem-BHE / : / Histo-blood group ABO system transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Wang, S. / Cuesta-Seijo, J.A. / Striebeck, A. / Lafont, D. / Palcic, M.M. / Vidal, S.
引用ジャーナル: Chempluschem / 年: 2015
タイトル: Design of Glycosyltransferase Inhibitors: Serine Analogues as Pyrophosphate Surrogates?
著者: Wang, S. / Cuesta-Seijo, J.A. / Striebeck, A. / Lafont, D. / Palcic, M.M. / Vidal, S.
履歴
登録2015年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histo-blood group ABO system transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7814
ポリマ－40,9471
非ポリマー8353
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.840, 149.150, 80.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-526-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histo-blood group ABO system transferase / Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N- ...Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase / Histo-blood group A transferase / A transferase / Histo-blood group B transferase / B transferase / NAGAT


分子量: 40946.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-BHE / octyl 2-O-(6-deoxy-alpha-L-galactopyranosyl)-beta-D-galactopyranoside / H-antigen acceptor / alpha-L-Fucp-(1,2)-Beta-D-Galp-O(CH2)7CH3 / オクチル2-O-(α-L-フコピラノシル)-β-D-ガラクトピラノシド


分子量: 438.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H38O10
#3: 化合物 ChemComp-48O / 5'-deoxy-5'-{[(2S)-2-(triaza-1,2-dien-2-ium-1-yl)propanoyl]amino}uridine


分子量: 341.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17N6O6
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350 ammonium sulfate MOPS MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→42.3 Å / Num. obs: 77776 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.69
反射 シェル解像度: 1.3→1.5 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / Num. unique all: 26858 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KC1

4kc1


解像度: 1.3→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.749 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18333 1556 2 %RANDOM
Rwork0.15937 ---
obs0.15984 76190 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.826 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.81 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→42.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2315 0 55 377 2747
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.973351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3223.015353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2185290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.14822.564117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.5815401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4931521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6251.1581137
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.621.1561136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8171.741422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8171.7411423
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0791.3391323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0791.3381322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1341.9441924
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.19211.4613084
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.59610.2092842
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.41234790
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.9265105
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.79354990
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 114 -
Rwork0.261 5590 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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