PDB-4y5z: T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y5z

タイトル

T=1 capsid structure of SeMV Ndel65CP fused with B-domain of S. aureus protein SpA at the N-terminus (P1 crystal form)

要素

Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

キーワード

VIRUS / coat protein / chimeric VLP / in vitro assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

IgG binding / viral capsid / structural molecule activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

Sesbania mosaic virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Gulati, A. / Murthy, M.R.N.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: Structural studies on chimeric Sesbania mosaic virus coat protein: Revisiting SeMV assembly.
著者: Gulati, A. / Murthy, A. / Abraham, A. / Mohan, K. / Natraj, U. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.

履歴

登録	2015年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	4y5z.cif.gz	2.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4y5z_full_validation.pdf.gz	839.2 KB	表示
XML形式データ	4y5z_validation.xml.gz	352.1 KB	表示
CIF形式データ	4y5z_validation.cif.gz	491.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y4yC 1vakS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1vb4-1 1vak-1 4y4y-1 1vb2-1 2buk-1 3s4g-1 4v4m-d 1x36-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (3)
#211 - 2017年7月
線毛機械 (Pilus Machine)
類似性 (4)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (3)

登録構造単位

A: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

B: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

C: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

D: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

E: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

F: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

G: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

H: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

I: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

J: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

K: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

L: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

M: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

N: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

O: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

P: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

Q: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

R: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

S: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

T: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

U: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

V: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

W: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

X: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

Y: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

Z: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

a: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

c: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

e: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

g: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

i: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

k: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

m: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

o: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

q: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

r: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

s: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

t: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

u: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

v: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

w: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

x: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

y: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

z: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

0: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

1: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

2: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

3: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

4: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

5: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

6: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

7: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

b: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

d: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

f: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

h: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

j: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

l: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

n: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

p: Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein

ヘテロ分子

1.83 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	186.480, 187.420, 187.930
Angle α, β, γ (deg.)	61.090, 89.240, 60.200
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

#1: 抗体	... Immunoglobulin G-binding protein A,Coat protein / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A 分子量: 30543.213 Da / 分子数: 60 / 断片: UNP RESIDUES 158-211,UNP RESIDUES 66-268 / 由来タイプ: 組換発現詳細: THE FUSION PROTEIN OF SPA (158-211), LINKER, AND COAT PROTEIN (66-268) 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌), (組換発現) Sesbania mosaic virus (ウイルス) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: spa, SAOUHSC_00069 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P02976, UniProt: Q9EB06
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 15-25% PEG 400, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日

放射

モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95372 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.95→41.92 Å / Num. all: 365689 / Num. obs: 365689 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.83 Å² / R_pim(I) all: 0.092 / R_rim(I) all: 0.176 / R_sym value: 0.149 / Net I/av σ(I): 4.649 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 1255405

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.95-3.11	2.7	0.469	2.2	131461	48441	0.315	0.469	2.2	85.2
3.11-3.3	2.8	0.317	2.4	135868	47867	0.212	0.317	3.2	89.1
3.3-3.53	3.1	0.227	3.3	143433	46778	0.149	0.227	4.5	92.6
3.53-3.81	3.4	0.164	4.4	152862	45202	0.104	0.164	6.5	96.3
3.81-4.17	3.7	0.14	5	157534	42323	0.084	0.14	7.9	97.9
4.17-4.66	3.9	0.11	6.1	150954	38372	0.064	0.11	9.8	98.3
4.66-5.39	4	0.103	6.6	134839	33914	0.059	0.103	10	98.4
5.39-6.6	4	0.113	6	113963	28643	0.065	0.113	8.7	98.6
6.6-9.33	4	0.09	6.5	87732	22180	0.053	0.09	10.1	98.7
9.33-41.916	3.9	0.077	6.6	46759	11969	0.045	0.077	11.7	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHENIX	1.9-1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VAK

1vak

解像度: 2.95→41.916 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2494	18383	5.03 %	Random selection
R_work	0.196	347223	-	-
obs	0.1987	365606	94.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.93 Å² / B_iso mean: 27.2502 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.95→41.916 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	85411	0	60	1451	86922
B_iso mean	-	-	11.86	20.67	-
残基数	-	-	-	-	11534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	87439
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.255	119808
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	14521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	14704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.348	29578

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	2	B	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	3	C	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	4	D	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	5	E	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	6	F	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	7	G	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	8	H	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	9	I	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	10	J	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	11	K	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	12	L	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	13	M	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	14	N	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	15	O	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	16	P	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	17	Q	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	18	R	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	19	S	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	20	T	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	21	U	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	22	V	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	23	W	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	24	X	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	25	Y	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	26	Z	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	27	a	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	28	b	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	29	c	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL
1	30	d	51669	X-RAY DIFFRACTION	6.921	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.95-2.9835	0.3543	543	0.2789	10431	10974	84
2.9835-3.0186	0.3301	533	0.2804	10471	11004	85
3.0186-3.0554	0.3342	530	0.2638	10438	10968	85
3.0554-3.0941	0.3085	605	0.254	10539	11144	86
3.0941-3.1348	0.321	549	0.2519	10774	11323	87
3.1348-3.1777	0.3219	593	0.2542	10909	11502	89
3.1777-3.2231	0.3067	561	0.2671	10822	11383	88
3.2231-3.2712	0.3179	567	0.2443	11079	11646	90
3.2712-3.3223	0.2942	566	0.2448	11218	11784	91
3.3223-3.3767	0.2921	570	0.2332	11199	11769	91
3.3767-3.4349	0.2983	604	0.2275	11397	12001	93
3.4349-3.4973	0.2622	664	0.2148	11529	12193	94
3.4973-3.5646	0.279	614	0.2117	11676	12290	95
3.5646-3.6373	0.2608	624	0.2065	11791	12415	96
3.6373-3.7163	0.2622	612	0.2028	11847	12459	96
3.7163-3.8027	0.2394	622	0.1838	11975	12597	97
3.8027-3.8978	0.2325	683	0.1758	11993	12676	98
3.8978-4.0031	0.2356	624	0.1835	12021	12645	98
4.0031-4.1208	0.2251	657	0.1729	11996	12653	98
4.1208-4.2536	0.2341	643	0.1689	12130	12773	98
4.2536-4.4055	0.199	621	0.1599	11989	12610	98
4.4055-4.5817	0.2048	614	0.1503	12193	12807	98
4.5817-4.7899	0.2055	683	0.159	12060	12743	98
4.7899-5.0421	0.2076	636	0.1589	12094	12730	98
5.0421-5.3574	0.2132	630	0.1678	12142	12772	99
5.3574-5.7701	0.221	658	0.1703	12049	12707	99
5.7701-6.349	0.2252	628	0.174	12123	12751	99
6.349-7.2635	0.2238	656	0.1772	12113	12769	99
7.2635-9.1357	0.2059	659	0.1731	12108	12767	99
9.1357-41.92	0.2604	634	0.2095	12117	12751	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)