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- PDB-4y5x: Diabody 305 complex with EpoR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y5x
タイトルDiabody 305 complex with EpoR
要素
  • Erythropoietin receptor
  • diabody 310 VH domain
  • diabody 310 VL domain
キーワードprotein binding/immune system / diabody complex / receptor / protein binding-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Initial triggering of complement / hemopoiesis ...erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Initial triggering of complement / hemopoiesis / decidualization / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / Erythropoietin activates RAS / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Erythropoietin receptor / V1-11 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Moraga, I. / Guo, F. / Ozkan, E. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Tuning Cytokine Receptor Signaling by Re-orienting Dimer Geometry with Surrogate Ligands.
著者: Moraga, I. / Wernig, G. / Wilmes, S. / Gryshkova, V. / Richter, C.P. / Hong, W.J. / Sinha, R. / Guo, F. / Fabionar, H. / Wehrman, T.S. / Krutzik, P. / Demharter, S. / Plo, I. / Weissman, I.L. ...著者: Moraga, I. / Wernig, G. / Wilmes, S. / Gryshkova, V. / Richter, C.P. / Hong, W.J. / Sinha, R. / Guo, F. / Fabionar, H. / Wehrman, T.S. / Krutzik, P. / Demharter, S. / Plo, I. / Weissman, I.L. / Minary, P. / Majeti, R. / Constantinescu, S.N. / Piehler, J. / Garcia, K.C.
履歴
登録2015年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: diabody 310 VL domain
B: diabody 310 VH domain
C: Erythropoietin receptor
D: diabody 310 VL domain
E: diabody 310 VH domain
F: Erythropoietin receptor
G: diabody 310 VL domain
H: diabody 310 VH domain
I: Erythropoietin receptor
J: diabody 310 VL domain
K: diabody 310 VH domain
L: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,05330
ポリマ－205,06012
非ポリマー1,99318
水50428
1
A: diabody 310 VL domain
B: diabody 310 VH domain
C: Erythropoietin receptor
J: diabody 310 VL domain
K: diabody 310 VH domain
L: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,99319
ポリマ－102,5306
非ポリマー1,46313
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: diabody 310 VL domain
E: diabody 310 VH domain
F: Erythropoietin receptor
G: diabody 310 VL domain
H: diabody 310 VH domain
I: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,06111
ポリマ－102,5306
非ポリマー5315
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)239.540, 239.540, 132.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質
Erythropoietin receptor / EPO-R


分子量: 25129.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235

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抗体 , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: 抗体
diabody 310 VL domain


分子量: 14222.671 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体
diabody 310 VH domain


分子量: 11912.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5NV67

-
非ポリマー , 3種, 46分子

#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: sodium citrate, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→24.94 Å / Num. obs: 63411 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 73.51 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 219210
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.15-3.233.40.6271.61548745230.7050.3697.1
14.44-24.943.30.02430.4178153710.01570.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
Aimless0.2.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.15→24.94 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 3997 6.32 %
Rwork0.201 --
obs0.2035 63288 94.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13174 0 132 28 13334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313631
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61418546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9034751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0262053
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.1870.31511390.3172056X-RAY DIFFRACTION97
3.187-3.22580.35061390.3022055X-RAY DIFFRACTION96
3.2258-3.26660.35491370.29062042X-RAY DIFFRACTION97
3.2666-3.30940.34131400.28952065X-RAY DIFFRACTION96
3.3094-3.35470.29871340.27871999X-RAY DIFFRACTION95
3.3547-3.40250.28511400.27222093X-RAY DIFFRACTION97
3.4025-3.45310.36631380.26542020X-RAY DIFFRACTION96
3.4531-3.5070.33731390.26652066X-RAY DIFFRACTION96
3.507-3.56430.27941370.25712042X-RAY DIFFRACTION95
3.5643-3.62560.30781380.25652039X-RAY DIFFRACTION96
3.6256-3.69130.27141380.24752060X-RAY DIFFRACTION96
3.6913-3.76210.26771380.23932053X-RAY DIFFRACTION96
3.7621-3.83860.25071400.2252063X-RAY DIFFRACTION96
3.8386-3.92170.26681390.22442070X-RAY DIFFRACTION96
3.9217-4.01260.27741390.19792066X-RAY DIFFRACTION96
4.0126-4.11250.26091380.19892024X-RAY DIFFRACTION95
4.1125-4.22320.25871380.1912050X-RAY DIFFRACTION96
4.2232-4.34680.20351370.17482049X-RAY DIFFRACTION95
4.3468-4.48640.19531380.16712040X-RAY DIFFRACTION95
4.4864-4.64570.24041360.1592024X-RAY DIFFRACTION94
4.6457-4.83050.17891350.15522010X-RAY DIFFRACTION93
4.8305-5.04860.16871360.15552017X-RAY DIFFRACTION94
5.0486-5.31230.18831410.14822069X-RAY DIFFRACTION95
5.3123-5.64150.1961360.16082035X-RAY DIFFRACTION94
5.6415-6.07130.21961410.17542081X-RAY DIFFRACTION95
6.0713-6.67170.2371370.18622036X-RAY DIFFRACTION93
6.6717-7.6130.22391330.1821975X-RAY DIFFRACTION89
7.613-9.50250.17081380.16612053X-RAY DIFFRACTION91
9.5025-24.94220.23461380.19892039X-RAY DIFFRACTION87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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