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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y5r | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a T67A MauG/pre-Methylamine Dehydrogenase Complex | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / MauG / Heme / Electron transfer | ||||||
機能・相同性 | ![]() methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity ...methylamine dehydrogenase (amicyanin) / methylamine dehydrogenase (amicyanin) activity / methylamine metabolic process / aliphatic amine dehydrogenase activity / amine metabolic process / 酸化還元酵素 / cytochrome-c peroxidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, C. / Wilmot, C.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A T67A mutation in the proximal pocket of the high-spin heme of MauG stabilizes formation of a mixed-valent Fe(II)/Fe(III) state and enhances charge resonance stabilization of the bis-Fe(IV) state. 著者: Shin, S. / Feng, M. / Li, C. / Williamson, H.R. / Choi, M. / Wilmot, C.M. / Davidson, V.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 655.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 541.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3l4mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 抗体 / Methylamine dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ABCEDF
#1: タンパク質 | 分子量: 38946.277 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 26-380 / 変異: T67A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: mauG, Pden_4736 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q51658, 酸化還元酵素 #2: 抗体 | 分子量: 13714.224 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 64-188 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: mauA / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P22619, methylamine dehydrogenase (amicyanin) #3: タンパク質 | 分子量: 41408.266 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 42-417 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_4730 / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A1BB97, methylamine dehydrogenase (amicyanin) |
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-非ポリマー , 3種, 12分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-HEC / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 25-30% PEG 8000, 0,1 M sodium Acetate, 0.1 M MES pH 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月23日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.003 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.58→29.61 Å / Num. obs: 51683 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.902 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 98206 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3L4M 解像度: 2.8→29.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 37.461 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.427 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.79 Å2 / Biso mean: 51.054 Å2 / Biso min: 26.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→29.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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