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- PDB-4y4q: Crystal structure of sortase B from Type II pilus of Streptococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y4q
タイトルCrystal structure of sortase B from Type II pilus of Streptococcus pneumoniae
要素Sortase, SrtB family
キーワードHYDROLASE / pilus / virulence factor / sortase / Type II pilus
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Sortase B family / Sortase; Chain: A; / Sortase / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sortase, SrtB family / :
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae PCS8235 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.162 Å
データ登録者Shaik, M.M. / Dessen, A. / Di Guilmi, A.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11- BSV8-005-02 フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Structural Snapshot of Type II Pilus Formation in Streptococcus pneumoniae.
著者: Shaik, M.M. / Lombardi, C. / Maragno Trindade, D. / Fenel, D. / Schoehn, G. / Di Guilmi, A.M. / Dessen, A.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年9月23日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model / Author supporting evidence
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase, SrtB family
B: Sortase, SrtB family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0292
ポリマ－55,0292
非ポリマー00
水2,774154
1
A: Sortase, SrtB family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5151
ポリマ－27,5151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sortase, SrtB family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5151
ポリマ－27,5151
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.150, 101.140, 143.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sortase, SrtB family


分子量: 27514.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae PCS8235 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: PCS8235_00725 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M7N1R6, UniProt: A0A0M3KL14*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 % / 解説: Stack of Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2.4 M Sodium Formate, 0.1 M Citric Acid / Temp details: Temperature control crystal growth room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0045 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→41.31 Å / Num. obs: 27931 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 9.33
反射 シェル解像度: 2.16→2.24 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / % possible all: 83.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QPS

3qps


解像度: 2.162→41.315 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 1410 5.05 %Random selection
Rwork0.1882 ---
obs0.1904 27894 95.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.162→41.315 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2805 0 0 154 2959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1273886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0651026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.162-2.23930.35771240.28642288X-RAY DIFFRACTION83
2.2393-2.32890.28881240.24522389X-RAY DIFFRACTION88
2.3289-2.43490.27631290.22582478X-RAY DIFFRACTION91
2.4349-2.56330.28321520.21222624X-RAY DIFFRACTION96
2.5633-2.72390.25931400.21072729X-RAY DIFFRACTION99
2.7239-2.93410.27981420.20462722X-RAY DIFFRACTION100
2.9341-3.22930.23781370.19032787X-RAY DIFFRACTION100
3.2293-3.69630.18351460.16662790X-RAY DIFFRACTION100
3.6963-4.65590.17481670.14182776X-RAY DIFFRACTION100
4.6559-41.32240.24981490.19172901X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4193-1.6881-0.12243.9290.77146.0986-0.1423-0.50870.27270.927-0.01730.5054-0.0652-0.4330.04210.4517-0.08820.09910.3907-0.07570.351121.074437.258827.8045
24.54352.59630.35755.4968-0.3434.07920.03110.0811-0.01930.18910.0498-0.10760.0507-0.0382-0.07790.2134-0.03590.03040.2024-0.01520.213326.539531.650313.5809
32.69120.2427-0.26948.9667-0.23265.5297-0.23760.39360.7783-0.28130.10590.8014-0.2227-0.43120.12130.2764-0.0632-0.00930.20780.03430.260222.263334.491212.5037
40.9853-1.41610.32223.6051-1.44716.0755-0.1096-0.3123-0.33991.07940.0558-0.62650.11890.49230.0580.4856-0.0683-0.02170.40220.03280.262116.1180.741527.4834
53.35651.77260.18495.07980.41594.0340.1152-0.17620.03690.268-0.02420.13220.079-0.0005-0.08370.2156-0.04860.040.2016-0.01350.175510.64356.126113.5415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 92 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 93 through 191 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 192 through 216 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 32 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 92 through 216 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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