PDB-4y3c: I304V 3D polymerase mutant of EMCV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y3c

タイトル

I304V 3D polymerase mutant of EMCV

要素

3D polymerase

キーワード

VIRAL PROTEIN / RNA dependent RNA polymerase Cardiovirus Inhibitor resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

positive stranded viral RNA replication / host cell nucleolus / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / symbiont-mediated suppression of host gene expression / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mengo encephalomyocarditis virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Verdaguer, N. / Ferrer-Orta, C. / Vives-Adrian, L.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: The RNA Template Channel of the RNA-Dependent RNA Polymerase as a Target for Development of Antiviral Therapy of Multiple Genera within a Virus Family.
著者: van der Linden, L. / Vives-Adrian, L. / Selisko, B. / Ferrer-Orta, C. / Liu, X. / Lanke, K. / Ulferts, R. / De Palma, A.M. / Tanchis, F. / Goris, N. / Lefebvre, D. / De Clercq, K. / Leyssen, ...

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月8日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y3c.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y3c.ent.gz	915.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y3c_validation.pdf.gz	471.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y3c_full_validation.pdf.gz	479.8 KB	表示
XML形式データ	4y3c_validation.xml.gz	87.4 KB	表示
CIF形式データ	4y3c_validation.cif.gz	117.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y2aC 4y2cC 4y34C 4nz0S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wq4-1 4ud5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (14) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3D polymerase

B: 3D polymerase

C: 3D polymerase

D: 3D polymerase

E: 3D polymerase

F: 3D polymerase

ヘテロ分子

314 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3D polymerase

登録者が定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3D polymerase

登録者が定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 3D polymerase

登録者が定義した集合体
52.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: 3D polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.6 kDa, 1 ポリマー
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5

E: 3D polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: 3D polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	232.332, 140.775, 171.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	3D polymerase 分子量: 52230.477 Da / 分子数: 6 / 変異: I304V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mengo encephalomyocarditis virus (ウイルス) プラスミド: pEGT20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P12296, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 4.0M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→49.45 Å / Num. obs: 73423 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NZ0

4nz0

解像度: 3.2→138.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 64.307 / SU ML: 0.466 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.46 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24983	3697	5 %	RANDOM
R_work	0.22001	-	-	-
obs	0.22154	69711	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.599 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.22 Å²	0 Å²	-1.56 Å²
2-	-	-5.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→138.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22080	0	61	71	22212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	22672
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	21594
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.773	1.971	30721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.673	3	49691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.463	5	2756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.81	23.208	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.172	15	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.731	15	187
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	3383
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	25428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.637	6.128	11036
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.637	6.128	11035
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.197	9.191	13785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.197	9.191	13786
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.322	6.145	11636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.322	6.145	11636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.678	9.199	16936
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.314	48.225	25004
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.314	48.225	25004
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	259	-
R_work	0.367	5119	-
obs	-	-	99.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5131	0.2457	-0.1058	0.7879	0.1491	1.1793	-0.0229	-0.0883	0.0433	0.0199	0.0134	0.0239	0.0711	0.1246	0.0095	0.4836	0.0424	-0.1065	0.5531	0.0116	0.0284	61.6571	1.9296	42.3274
2	0.8102	0.0866	-0.1456	0.7507	0.0643	0.581	-0.1373	0.0214	0.0289	0.2558	0.1428	-0.1762	-0.1053	-0.0353	-0.0054	0.6622	0.0186	-0.1408	0.3913	-0.1052	0.1157	54.7661	49.7897	34.7634
3	0.5992	-0.0976	0.2302	0.808	0.0252	0.9189	0.124	0.0434	-0.0325	-0.3266	-0.2265	-0.003	0.0056	-0.0937	0.1025	0.7372	0.1545	-0.1669	0.4393	-0.0105	0.0621	-0.1122	75.3674	26.7624
4	1.0922	0.0692	-0.1115	0.5016	0.2777	1.053	-0.0972	0.1358	-0.0605	-0.0867	0.0614	0.1734	0.1385	0.1147	0.0357	0.5462	0.0068	-0.2213	0.4446	-0.0095	0.1415	3.414	-16.7773	37.6897
5	0.5054	0.0984	0.2977	0.6317	-0.1773	0.6532	0.0785	-0.1018	0.0017	-0.1199	0.037	0.0919	0.1721	-0.019	-0.1155	0.6313	-0.0617	-0.1923	0.4608	0.0344	0.0768	42.3312	23.8754	-12.5125
6	0.4102	0.2979	0.1675	0.8878	0.23	0.5598	0.0109	-0.0471	0.0274	-0.0893	-0.0184	-0.0199	-0.0478	-0.0038	0.0075	0.6026	0.0531	-0.1825	0.4174	-0.0148	0.1303	1.8125	24.9842	55.3399

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 460
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 460
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 460
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 460
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 460
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 460

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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