[日本語] English
万見
- PDB-4y2w: Crystal structure of a thermostable alanine racemase from Thermoa... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y2w
タイトルCrystal structure of a thermostable alanine racemase from Thermoanaerobacter tengcongensis MB4
要素Alanine racemase 1
キーワードISOMERASE / Alanine racemase / Gln360
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine racemase / D-alanine biosynthetic process / alanine racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Alanine racemase, pyridoxal-phosphate attachment site / Alanine racemase pyridoxal-phosphate attachment site. / Alanine racemase / Alanine racemase, C-terminal / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, C-terminal domain / Alanine racemase, N-terminal / Alanine racemase, N-terminal domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / PHOSPHATE ION / Alanine racemase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xu, X. / Ju, J. / Dong, H.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31400630 中国
Zhejiang Provincial Natural Science Foundation of ChinaLY14C050002 中国
Natural Science Foundation of Hebei ProvinceC2015205212 中国
Hangzhou Normal UniversityPE13002004007 中国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of a Thermostable Alanine Racemase from Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 Reveals the Role of Gln360 in Substrate Selection
著者: Sun, X. / He, G. / Wang, X. / Xu, S. / Ju, J. / Xu, X.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alanine racemase 1
B: Alanine racemase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6956
ポリマ－88,3272
非ポリマー3684
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7020 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area28320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.843, 73.077, 218.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Alanine racemase 1


分子量: 44163.266 Da / 分子数: 2 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis MB4 (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: alr1, TTE1207 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RAK6, alanine racemase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 22% PEG 4000, 0.1M Bis-Tris pH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 26832 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SFT

1sft


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 12.927 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 1353 5.1 %RANDOM
Rwork0.2136 25425 --
obs0.2155 25425 96.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.78 Å2 / Biso mean: 45.735 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.73 Å20 Å2-0 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---2.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6212 0 22 0 6234
Biso mean--67.32 --
残基数----776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0196341
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9861.9798536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.66314594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3785774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.79623.5280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.095151204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.631548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0574.5043108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0574.5043107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8596.7533878
LS精密化 シェル解像度: 2.696→2.766 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 82 -
Rwork0.306 1620 -
all-1702 -
obs--83.88 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る