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- PDB-4y2n: Structure of CFA/I pili major subunit CfaB trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y2n
タイトルStructure of CFA/I pili major subunit CfaB trimer
要素CFA/I fimbrial subunit B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Enterotoxigenic Escherichia coli / periplasmic chaperone / major pilin / self-assembly / fimbriae
機能・相同性CFA/I fimbrial subunit E, pilin domain / Fimbrial major subunit, CS1-type / CS1 type fimbrial major subunit / pilus / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CFA/I fimbrial subunit B
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O78:H11
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bao, R. / Xia, D.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Off-pathway assembly of fimbria subunits is prevented by chaperone CfaA of CFA/I fimbriae from enterotoxigenic E. coli.
著者: Bao, R. / Liu, Y. / Savarino, S.J. / Xia, D.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CFA/I fimbrial subunit B
A: CFA/I fimbrial subunit B
C: CFA/I fimbrial subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9707
ポリマ－47,8353
非ポリマー1354
水2,882160
1
B: CFA/I fimbrial subunit B
A: CFA/I fimbrial subunit B
ヘテロ分子

B: CFA/I fimbrial subunit B
A: CFA/I fimbrial subunit B
ヘテロ分子

B: CFA/I fimbrial subunit B
A: CFA/I fimbrial subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,07418
ポリマ－95,6696
非ポリマー40512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area20650 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area36990 Å2
手法PISA
2
C: CFA/I fimbrial subunit B
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6696
ポリマ－95,6696
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z1
Buried area19130 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area38270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.723, 114.723, 67.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-204-

MG

21A-233-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CFA/I fimbrial subunit B / CFA/I antigen / CFA/I pilin / Colonization factor antigen I subunit B


分子量: 15944.916 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 25-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O78:H11 (strain H10407 / ETEC) (大腸菌)
株: H10407 / ETEC / 遺伝子: cfaB, ETEC_p948_0400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3PPC4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 3% ethanol glycol, 16.8% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.696 Å / Num. obs: 19692 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1323)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F48

3f48


解像度: 2.4→29.696 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 35.55 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2603 2022 10.27 %
Rwork0.2373 --
obs0.2396 19692 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3203 0 7 160 3370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5554451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9241138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4009-2.46090.35431340.32961199X-RAY DIFFRACTION83
2.4609-2.52740.35491350.31921188X-RAY DIFFRACTION84
2.5274-2.60170.3271340.28891233X-RAY DIFFRACTION86
2.6017-2.68550.33221370.28971213X-RAY DIFFRACTION86
2.6855-2.78140.29971350.26231225X-RAY DIFFRACTION86
2.7814-2.89260.30391390.26331244X-RAY DIFFRACTION87
2.8926-3.02410.27051430.25121237X-RAY DIFFRACTION87
3.0241-3.18320.26071430.24281279X-RAY DIFFRACTION89
3.1832-3.38220.27951400.22981281X-RAY DIFFRACTION89
3.3822-3.64260.31171420.23011275X-RAY DIFFRACTION90
3.6426-4.00780.2481480.22661307X-RAY DIFFRACTION90
4.0078-4.58470.21791490.20261306X-RAY DIFFRACTION90
4.5847-5.76450.19721450.20011323X-RAY DIFFRACTION90
5.7645-25.01650.23621490.23741382X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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