[日本語] English
万見
- PDB-4y2d: Crystal structure of the mCD1d/7DW8-5/iNKTCR ternary complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y2d
タイトルCrystal structure of the mCD1d/7DW8-5/iNKTCR ternary complex
要素
  • (Chimeric TCR ...) x 2
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
  • Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC-fold / Ig-fold / glycolipid antigen presentation / T cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection ...regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of NK T cell activation / NK T cell differentiation / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive thymic T cell selection / positive regulation of macrophage activation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / T cell receptor complex / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation / regulation of immune response / cellular defense response / T cell receptor binding / positive regulation of interleukin-2 production / Neutrophil degranulation / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / late endosome / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / early endosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...MHC-I family domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7DW / alpha-L-fucopyranose / T cell receptor alpha variable 11 / Beta-chain / Beta-2-microglobulin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Zajonc, D.M. / Yu, E.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI074952 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural modifications of alphaGalCer in both lipid and carbohydrate moiety influence activation of murine and human iNKT cells
著者: Birkholz, A. / Nemcovic, M. / Yu, E.D. / Girardi, E. / Wang, J. / Khurana, A. / Pauwels, N. / Franck, R.W. / Tsuji, M. / Howell, A. / Calenbergh, S. / Kronenberg, M. / Zajonc, D.M.
履歴
登録2015年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02017年11月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain, human constant domain)
D: Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain, human constant domain)
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: Beta-2-microglobulin
G: Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain, human constant domain)
H: Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,93017
ポリマ－188,7518
非ポリマー3,1799
水00
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
B: Beta-2-microglobulin
C: Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain, human constant domain)
D: Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7818
ポリマ－94,3764
非ポリマー1,4064
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d1
F: Beta-2-microglobulin
G: Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain, human constant domain)
H: Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain, human constant domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1499
ポリマ－94,3764
非ポリマー1,7735
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.422, 150.264, 100.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21E
12B
22F
13C
23G
14D
24H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 280
2114E1 - 280
1124B1 - 100
2124F1 - 100
1134C1 - 210
2134G1 - 210
1144D1 - 250
2144H1 - 250

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.997578, -0.033907, 0.060737), (0.033131, -0.999357, -0.013742), (0.061164, -0.011697, 0.998059)24.86112, -37.81958, -0.19629
3given(1), (1), (1)
4given(-0.996659, -0.04813, 0.065985), (0.047908, -0.998839, -0.004938), (0.066146, -0.001761, 0.997808)24.14159, -38.582081, 0.00479
5given(1), (1), (1)
6given(-0.999713, -0.00016, 0.02395), (0.000169, -1, 0.000354), (0.02395, 0.000358, 0.999713)27.228661, -38.245419, 0.55387
7given(1), (1), (1)
8given(-0.999918, -0.001527, 0.012746), (0.001457, -0.999984, -0.005499), (0.012754, -0.00548, 0.999904)27.98807, -37.80426, 0.12503

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d1


分子量: 32632.668 Da / 分子数: 2 / 断片: Ectodomain, UNP residues 19-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd1d1, Cd1.1 / プラスミド: pBACpHp10 / 詳細 (発現宿主): dual promotor
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P11609
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11660.350 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pBACp10pH / 詳細 (発現宿主): dual promotor
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P01887

-
Chimeric TCR ... , 2種, 4分子 CGDH

#3: タンパク質 Chimeric TCR Valpha14/Jalpha18 chain (mouse variable domain, human constant domain) / Protein Trav11d / Human nkt tcr beta chain


分子量: 23055.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 遺伝子: Trav11, Trav11d, HDCMA22P / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A0A0B4J1J9*PLUS
#4: タンパク質 Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (mouse variable domain, human constant domain) / Beta-chain / T-cell receptor beta-2 chain C region


分子量: 27026.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 遺伝子: TRBC2, TCRBC2 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: A2NTY6*PLUS

-
糖 , 3種, 7分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 2分子

#7: 化合物 ChemComp-7DW / 11-(4-fluorophenyl)-N-[(2S,3S,4R)-1-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-3,4-dihydroxyoctadecan-2-yl]undecanamide / 7DW8-5


分子量: 742.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H72FNO9

-
詳細

配列の詳細Chimeric TCR Valpha14Jalpha18 chain (chain C) is made of: Mouse variable domain ...Chimeric TCR Valpha14Jalpha18 chain (chain C) is made of: Mouse variable domain (MKTQVEQSPQSLVVRQGENCVLQCNYSVTPDNHLRWFKQDTGKGLVSLTVLVDQKDKTSNGRYSATLDKDAKHSTLHITATLLDDTATYICVVGDRGSALGRLHFGAGTQLIVI) and Human constant domain (PDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS) Chimeric TCR Vbeta8.2 chain (chain D) is made of: Mouse variable domain (MEAAVTQSPRNKVAVTGGKVTLSCNQTNNHNNMYWYRQDTGHGLRLIHYSYGAGSTEKGDIPDGYKASRPSQENFSLILELATPSQTSVYFCASGDEGYTQYFGPGTRLLVLEDLRNVTPPKVSLFEPSK) and Human constant domain (AEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYSLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRA)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.45 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 17% PEG 4000, 8% tascimate pH 4.0 / PH範囲: 4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月17日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 44418 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.373 / Net I/av σ(I): 13.194 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 135018
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.05-3.1230.53629501.02999.8
3.12-3.230.43329751.04499.8
3.2-3.2930.3429331.11799.5
3.29-3.3830.2629641.18999.8
3.38-3.4930.20729651.23399.8
3.49-3.6230.17929931.25599.9
3.62-3.7630.14929711.36299.8
3.76-3.9330.12629441.47999.9
3.93-4.1430.10529721.62799.7
4.14-4.430.08629901.81699.7
4.4-4.743.10.07129501.82399.5
4.74-5.213.10.06529641.62299.2
5.21-5.9730.06729551.46398.9
5.97-7.513.10.05729661.37698.2
7.51-503.10.03129261.14396.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q7Y and 3QUZ

2q7y

3quz


解像度: 3.05→49.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 45.123 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2574 1388 3.1 %RANDOM
Rwork0.2168 43007 --
obs0.2181 43007 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 182.39 Å2 / Biso mean: 70.5 Å2 / Biso min: 39.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å2-0.19 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→49.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11627 0 316 0 11943
Biso mean--74.1 --
残基数----1559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0212272
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210655
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9941.9516783
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8033.01324344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.59751541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4524.217517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.081151591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3831550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02114086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022890
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4682.416218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4682.416217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8393.6157741
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3232MEDIUM POSITIONAL0.250.5
1A3232MEDIUM THERMAL1.942
2B1041MEDIUM POSITIONAL0.290.5
2B1041MEDIUM THERMAL2.582
3C2815MEDIUM POSITIONAL0.20.5
3C2815MEDIUM THERMAL1.212
4D3434MEDIUM POSITIONAL0.230.5
4D3434MEDIUM THERMAL1.132
LS精密化 シェル解像度: 3.051→3.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 104 -
Rwork0.315 3126 -
all-3230 -
obs--99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.81351.20980.90963.37620.28611.7833-0.05380.5185-0.4639-0.30350.0245-0.08090.1327-0.14940.02930.3370.0555-0.03220.4081-0.12220.379919.5720.47722.841
20.5868-0.5114-0.99465.7588-1.13422.61380.11870.77660.2315-1.06350.41640.0905-0.1393-1.427-0.53510.7864-0.0974-0.23232.3363-0.01210.3684-9.5061.9743.674
310.97992.7683-0.28552.3380.11882.2134-0.27360.7375-0.1499-0.00890.24130.31780.3126-0.6160.03240.40250.0149-0.10270.7924-0.16170.4239-8.857-1.24723.03
45.8103-1.91852.17572.3375-0.75181.9373-0.06360.17-0.12310.1522-0.0176-0.05340.0320.07360.08120.2432-0.006-0.0630.2332-0.06190.309747.721-7.8441.903
52.2673-0.95321.55833.4061-0.6817.107-0.1121-0.57140.20370.44780.11620.0141-0.4252-0.1172-0.00410.3669-0.0079-0.01490.3727-0.13070.342535.3116.37755.951
64.0748-0.152-1.88465.56081.95085.0133-0.0273-0.1803-0.37560.92130.0864-0.24321.11050.5142-0.05910.7270.0521-0.30690.4884-0.05860.685970.427-10.01769.569
76.617-0.5256-0.65823.50421.03263.98440.0364-0.3594-0.56510.5995-0.0893-0.01540.2946-0.06830.05280.5264-0.0488-0.16580.3228-0.03790.30160.5464.00472.257
82.7454-0.0542-1.54034.78280.38382.65060.13590.04710.0747-0.99960.1645-0.5595-0.30870.2784-0.30040.5119-0.03450.17830.3302-0.07350.3767.87-38.42922.034
95.25890.8166-2.04822.4682.5425.40220.27960.44080.2851-0.47780.3783-0.5669-0.19090.553-0.65791.0172-0.21440.76691.0546-0.22991.064834.294-37.9431.099
104.27590.44241.89060.25020.29992.77710.022-0.3874-0.1906-0.23490.1885-0.6195-0.37431.0247-0.21050.5939-0.23810.72910.9773-0.48641.796234.689-36.57120.958
115.4767-2.6059-2.8973.9171.26222.682-0.00740.1308-0.1083-0.0968-0.06070.388-0.0652-0.01680.06810.2061-0.0035-0.07470.20530.02470.2674-19.466-30.47741.967
121.695-0.4686-1.10162.45840.29087.0196-0.1788-0.401-0.23470.5845-0.0635-0.08730.58440.30970.24220.35370.0104-0.01470.3850.11030.3194-6.704-44.43255.591
134.9661-1.64821.04424.6381-2.46856.6938-0.0623-0.11750.71971.12470.16030.5085-1.4101-0.63-0.0980.76190.02870.34970.4135-0.00460.8282-41.59-28.39470.181
145.9750.1461.11773.9601-1.02713.96540.1542-0.32990.37170.6185-0.1880.1578-0.3469-0.0310.03380.4971-0.07230.12490.29950.02810.2212-31.969-42.36671.964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 185
2X-RAY DIFFRACTION1A302 - 303
3X-RAY DIFFRACTION1E505
4X-RAY DIFFRACTION1A304
5X-RAY DIFFRACTION2A186 - 275
6X-RAY DIFFRACTION3B1 - 97
7X-RAY DIFFRACTION4C2 - 114
8X-RAY DIFFRACTION5D2 - 112
9X-RAY DIFFRACTION6C115 - 204
10X-RAY DIFFRACTION7D113 - 240
11X-RAY DIFFRACTION8E6 - 185
12X-RAY DIFFRACTION8A301
13X-RAY DIFFRACTION8E501 - 504
14X-RAY DIFFRACTION8E506
15X-RAY DIFFRACTION9E186 - 275
16X-RAY DIFFRACTION10F2 - 97
17X-RAY DIFFRACTION11G2 - 114
18X-RAY DIFFRACTION12H2 - 112
19X-RAY DIFFRACTION13G115 - 204
20X-RAY DIFFRACTION14H113 - 240

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る