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万見
- PDB-4y1v: Complex of human Galectin-1 and Galbeta1-3GlcNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y1v
タイトルComplex of human Galectin-1 and Galbeta1-3GlcNAc
要素Galectin-1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Complex / Galectin-1 / lectin / type 1 LacNAc
機能・相同性
機能・相同性情報


galectin complex / lactose binding / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...galectin complex / lactose binding / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / collagen-containing extracellular matrix / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of viral entry into host cell / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum lumen / apoptotic process / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Lin, H.Y. / Hsieh, T.J. / Lin, C.H.
資金援助 台湾, 4件
組織認可番号国
Academia SinicaAs-022316 台湾
Ministry of Science and Technology103-2113-M-001-023-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology102-2113-M-001-001-MY3 台湾
Ministry of Science and Technology102-2923-M-001-001-MY3 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of human galectin-1 inhibition with Ki values in the micro- to nanomolar range
著者: Lin, H.Y. / Hsieh, T.J. / Tu, Z. / Huang, B.S. / Wu, S.C. / Chien, C.T. / Hsu, S.T. / Lin, C.H.
履歴
登録2015年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-1
B: Galectin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6174
ポリマ－33,8222
非ポリマー7952
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.715, 58.291, 111.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L- ...Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / HBL / HPL / Lactose-binding lectin 1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / Putative MAPK-activating protein PM12 / S-Lac lectin 1


分子量: 16910.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminus residues are missing due to disorder.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09382
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 397.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAc[1Me]b1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_1*OC_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris (pH 8.0), 0.2 M Li2SO4, 30% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→30 Å / Num. obs: 12886 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 28.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 0.907 / Net I/av σ(I): 30.454 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 57534
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.32-2.43.80.20812140.9660.1230.2430.99795.2
2.4-2.54.40.20312650.9650.1120.2330.97199.9
2.5-2.614.60.16712670.9750.0890.190.94699.8
2.61-2.754.70.1112640.9890.0570.1250.92399.8
2.75-2.924.70.07812940.9940.0410.0890.90699.5
2.92-3.154.70.05712670.9960.030.0650.8799.6
3.15-3.464.60.03712890.9980.020.0420.803100
3.46-3.964.60.02712980.9990.0140.030.75699.9
3.96-4.994.40.0313220.9990.0150.0331.02499.3
4.99-304.10.02714060.9980.0150.0310.90998.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W6N

1w6n


解像度: 2.32→25.833 Å / FOM work R set: 0.8109 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2677 1247 10.03 %
Rwork0.2171 11183 -
obs0.222 12430 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.15 Å2 / Biso mean: 38.4 Å2 / Biso min: 16.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.32→25.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2048 0 54 60 2162
Biso mean--50.84 41.24 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9712910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.121866
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3185-2.41120.34871220.27761083120586
2.4112-2.52090.33131310.26951170130193
2.5209-2.65370.28941340.25871208134295
2.6537-2.81980.27691380.24431229136797
2.8198-3.03720.32141410.25451251139297
3.0372-3.34220.26041400.22551279141999
3.3422-3.82450.26791420.193112831425100
3.8245-4.81340.22081450.16451312145799
4.8134-25.83490.2521540.22031368152299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.3375 Å / Origin y: -22.3516 Å / Origin z: -12.6699 Å
111213212223313233
T0.129 Å20.0127 Å20.0051 Å2-0.2895 Å2-0.0127 Å2--0.1323 Å2
L0.1879 °2-0.2681 °2-0.2989 °2-6.155 °2-1.0302 °2--1.0393 °2
S0.061 Å °-0.0155 Å °0.0089 Å °0.0336 Å °-0.0248 Å °0.2076 Å °-0.0703 Å °-0.0592 Å °-0.015 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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