PDB-4y1o: Oceanobacillus iheyensis group II intron domain 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y1o

タイトル

Oceanobacillus iheyensis group II intron domain 1

要素

group II intron, domain 1

キーワード

RNA / TRANSFERASE / group II intron / domain 1

機能・相同性

: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Oceanobacillus iheyensis HTE831 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Zhao, C. / Rajashankar, K.R. / Marcia, M. / Pyle, A.M.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of group II intron domain 1 reveals a template for RNA assembly.
著者: Zhao, C. / Rajashankar, K.R. / Marcia, M. / Pyle, A.M.

履歴

登録	2015年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月25日	Group: Other
改定 1.3	2015年12月2日	Group: Database references
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y1o.cif.gz	574.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y1o.ent.gz	468.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	4y1n-2 4y1n-1 5iud-2 5l6h-1 5iud-3 6rs1-d 6sj7-d 3jbz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: group II intron, domain 1

B: group II intron, domain 1

ヘテロ分子

179 kDa, 2 ポリマー
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1

A: group II intron, domain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: group II intron, domain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.345, 132.250, 84.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: RNA鎖	group II intron, domain 1 分子量: 89198.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Oceanobacillus iheyensis HTE831 (バクテリア) 参照: GenBank: 42632302
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 80 mM NaCl, 24 mM KCl, 5 mM MgCl2, 40 mM NaCacodylate, 17% MPD, 8 mM spermine-4HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40.25 Å / Num. obs: 75788 / % possible obs: 98.67 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 91.6 Å² / Net I/σ(I): 19.31
反射シェル	解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / % possible all: 94.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
XDS	January 10, 2014	データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: model from an isomorphous crystal

解像度: 2.95→40.25 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.37 / 位相誤差: 29.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2238	3815	5.03 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1811	75788	98.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 107.383 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→40.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	11044	21	2	11067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	12367
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.099	19260
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.939	6129
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	514

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9501-2.9874	0.506	127	0.4563	2393	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9874-3.0267	0.4116	119	0.385	2667	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0267-3.0682	0.4304	143	0.3281	2565	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0682-3.112	0.3505	138	0.2779	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
3.112-3.1584	0.2993	133	0.2405	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1584-3.2078	0.2999	142	0.2222	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2078-3.2603	0.2683	157	0.2195	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2603-3.3165	0.2867	131	0.218	2583	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3165-3.3768	0.3499	165	0.2202	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3768-3.4417	0.2545	131	0.2215	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4417-3.5119	0.2687	127	0.2327	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5119-3.5883	0.2904	128	0.1969	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5883-3.6717	0.2838	136	0.2037	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6717-3.7634	0.2466	131	0.1858	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7634-3.8651	0.2577	142	0.173	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8651-3.9787	0.2455	145	0.1866	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9787-4.107	0.2483	145	0.1739	2626	X-RAY DIFFRACTION	98
4.107-4.2537	0.2216	148	0.1647	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2537-4.4238	0.207	124	0.1687	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4238-4.6249	0.2386	156	0.1605	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6249-4.8683	0.2172	149	0.16	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8683-5.1727	0.1793	159	0.148	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1727-5.5712	0.1931	138	0.132	2667	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5712-6.1301	0.222	133	0.14	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1301-7.013	0.1904	162	0.1596	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
7.013-8.8204	0.2102	144	0.1611	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
8.8204-40.2568	0.1673	162	0.1753	2644	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4402	1.0518	-0.5452	1.0632	-0.094	1.2883	-0.0441	0.127	0.4119	-0.7457	-0.153	0.0426	0.5284	0.2029	-0.0518	0.2646	0.056	-0.1672	0.4963	-0.0115	0.4386	4.4065	-23.737	-42.9699
2	-0.4358	0.1016	-0.6669	0.0698	-0.2163	-0.0306	0.2523	0.0536	0.3795	-0.1561	0.2689	0.6182	0.1189	0.1687	0.0065	0.8859	-0.3117	-0.1431	0.6983	0.0759	0.7363	-11.0006	-53.1482	-24.4111
3	-0.2924	-0.0485	0.3268	0.1287	-0.1148	0.3392	-0.0347	0.1415	-0.1556	0.6047	0.2296	-0.0716	0.4646	0.1628	-0.0104	0.7622	-0.0069	0.0107	0.5	-0.0558	0.4822	5.9908	-20.5145	-14.3484
4	-0.2534	0.6013	0.7284	0.6337	1.0578	0.6721	-0.0865	-0.1291	0.1206	0.3165	-0.19	0.4596	0.3338	-0.2314	-0.008	0.5517	-0.0487	0.129	0.6693	-0.0417	0.7463	-11.4316	-7.1282	-22.4989
5	0.6568	0.0314	0.3787	0.0284	0.0473	0.3125	-0.485	-0.9188	0.3768	0.878	-0.7238	0.0578	0.3495	-0.3845	-0.0921	1.2543	-0.1296	0.397	1.0511	-0.1822	1.2929	-19.137	-1.1291	-12.0128
6	0.0701	-0.1888	0.1326	0.0046	-0.1875	-0.092	0.2038	-0.0838	0.0659	0.1103	-0.1834	0.0268	0.0193	0.0537	0.0001	0.7736	-0.0565	0.0829	0.6023	-0.058	0.6371	10.6394	-32.7339	-22.0063
7	1.2992	-0.4199	-0.5454	0.686	-0.3375	2.2097	-0.6896	-0.3508	-0.1656	0.6749	0.4841	0.101	0.3773	0.2094	-0.0116	0.5869	0.0518	-0.0886	0.4948	0.006	0.4691	-29.484	-39.555	-47.8353
8	0.1331	-0.0155	-0.2565	0.0228	-0.0434	0.0415	-0.1179	-0.2607	0.3837	-0.7178	-0.4883	-0.3679	-0.1317	-0.1305	-0.0106	1.0101	-0.1521	0.0314	1.0976	-0.1281	1.4807	3.3561	-36.9589	-67.5647
9	0.9223	-1.5488	-0.8527	-0.2749	0.1805	0.1023	-0.0979	0.0613	0.2993	0.0371	0.1108	0.0443	0.0203	0.1499	0.0019	0.4733	-0.1373	-0.1365	0.7044	-0.0724	0.7984	-10.1163	-44.5796	-65.8141
10	1.2229	-0.5857	0.2492	0.0183	0.3062	0.7918	0.0034	0.3464	0.1105	-0.0913	-0.1083	-0.1184	-0.0883	0.2318	-0.0001	0.6076	-0.0118	0.0679	0.595	0.0916	0.523	-38.4796	-28.4117	-74.7005
11	0.6211	-0.8155	0.2606	-0.0189	-0.1948	0.4948	-0.5277	-0.0145	0.0731	0.0834	0.5647	0.3116	0.2583	0.1503	0.0146	0.7238	0.0702	0.0064	0.4837	0.0226	0.6628	-11.8735	-59.6919	-65.7022

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 115 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 116 through 144 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 145 through 206 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 209 through 223 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 224 through 270 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid -4 through 71 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 72 through 86 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 87 through 132 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 133 through 246 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 247 through 270 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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